”AI制药知识库“-通义智能体应用

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1. 使用方法

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2. 使用效果

👨：ADMET预测进展如何？

🤖：ADMET（吸收、分布、代谢、消除和毒性）预测是药物发现过程中的一个重要组成部分，旨在早期识别潜在药物分子的有效性和安全性。近年来，随着人工智能（AI）和机器学习（ML）技术的发展，ADMET预测领域取得了显著进展。以下是一些关键进展：

多任务学习：研究者们采用了多任务学习策略，即同时训练模型预测多个相关属性，以提高药物候选物的ADMET属性预测准确性。这种方法通过共享底层特征表示，能够从不同任务之间的关联中获益，从而获得更好的泛化性能。
深度学习和图卷积网络：利用深度学习技术，特别是图卷积网络（GCNs），研究人员能够更加准确地建模分子结构及其ADMET性质之间的关系。这些技术不仅提高了预测精度，还能够处理更为复杂的分子结构。
数据驱动的预测模型：制药公司如默克等正在利用其庞大的内部数据库，结合假设驱动和模型导向的方法来指导早期实验设计。这有助于减少实验成本和时间，加速药物发现过程。
AI成药性预测平台：市场上已经出现了一些专门针对ADMET性质预测的AI平台，如药智网与上海交通大学、天鹜科技合作开发的AI成药性预测平台。这些平台通常具有强大的预测能力和用户友好的界面，能够帮助科研人员更高效地进行药物设计。
国际制药公司的实践：例如，拜耳制药在过去二十年间致力于构建一个ADMET计算平台，用于早期药物发现阶段的药代动力学和理化性质预测。这类平台在创新先导化合物的选择和优化过程中发挥了重要作用。
国内AI药物研发企业的布局：中国的一些AI药物研发企业也在积极探索和应用ADMET预测技术，旨在提高药物研发效率和成功率。这些企业通常会整合多种AI技术，包括但不限于机器学习、深度学习等，以应对药物研发中的各种挑战。

综上所述，ADMET预测技术正随着AI和ML的进步而快速发展，这些技术的应用不仅提高了药物发现的效率，也为提高药物的安全性和有效性提供了强有力的支持。未来，随着算法的不断优化和更多高质量数据的积累，ADMET预测将会变得更加精确可靠，进一步推动新药的研发进程。

👨：分子从头设计进展如何？

🤖：分子从头设计（De Novo Molecular Design）是指利用计算机辅助手段，从零开始设计具有特定生物活性的新分子的过程。这一领域近年来取得了显著进展，尤其是在人工智能（AI）、机器学习（ML）和大数据技术的推动下。以下是分子从头设计领域的一些最新进展：

1. 基于AI的分子生成模型

生成对抗网络（GANs）：通过生成器和判别器之间的竞争机制，GANs能够生成具有特定性质的分子结构，这些性质可能包括药效团匹配、溶解度、毒性等。
变分自编码器（VAEs）：VAEs通过学习分子结构的潜在表示，能够有效地探索化学空间，并生成新的分子结构。
强化学习（RL）：利用强化学习算法，可以根据特定的目标函数（如生物活性、合成可及性等）来优化分子的设计。

2. 多目标优化

分子设计通常涉及多个目标，如生物活性、物理化学性质、合成可行性等。最近的研究集中在开发能够同时优化多个目标的算法，确保生成的分子不仅具有理想的生物活性，还具备良好的药代动力学性质和易于合成的特点。

3. 结构-活性关系（SAR）的深度学习模型

图神经网络（GNNs）：GNNs能够直接处理分子图结构，从而更准确地捕捉分子间的复杂相互作用，这对于理解结构-活性关系尤为重要。
注意力机制：通过引入注意力机制，模型可以更好地聚焦于分子结构中的关键部分，从而提高预测精度。

4. 实验验证与反馈循环

越来越多的研究团队开始将计算设计与实验验证相结合，形成一个闭环系统。这种做法不仅能够验证理论设计的有效性，还能为模型提供更多的训练数据，进一步提升设计能力。

5. 跨学科融合

分子从头设计的成功越来越依赖于跨学科的合作，包括化学、生物学、计算机科学等多个领域的专家共同参与。这种跨学科的合作促进了新技术的开发和应用，加快了从设计到应用的转化速度。

6. 案例研究

酶分子的从头设计：2023年，华盛顿大学David Baker教授团队利用AI与机器学习平台，首次精准地从头设计出了具有特定催化功能的酶分子。
药物分子设计：湖南大学研究团队提出了基于片段的多尺度分子表征框架t-SMILES，该框架能够灵活地描述分子，并应用于分子从头设计中，实现了100%有效的分子设计。
基于数据/知识双驱动AI的药物分子从头设计：四川大学杨胜勇教授团队在该领域取得了重要进展，成功地从头生成了具有生物活性的分子，并通过结构生物学方法验证了其有效性。