双核的机子如何编译lammps[转贴]

最近有好多人在问我，双核的机子该如何编译lammps。其实就是实现并行的功能。如果不能充分的利用多cpu的优势，其实是很可惜的。下面是一些过程：
首先我们要安装MPICH（MPICH提供一个并行的环境），推荐MPICH2，可以从官方网站下： www.mcs.anl.gov/mpi/mpich2，安装过程见说明书，也可以参考如下的网址 http://www.xxlinux.com/linux/article/accidence/i......70514/8413.html，根据上面的网址内容，创建ssh信任连接。
下面是修改lmamps的makefile，我用的是ubuntu，Makefile 内容如下，希望对大家有所帮助：
# debian = Debian, g++, MPICH, no FFTW for PTMD

SHELL = /bin/sh
#.IGNORE:

# System-specific settings

CC = mpicxx
#CCFLAGS = -g -O -I/usr/lib/mpich/include/ -DFFT_FFTW -DGZIP #-I/home/ptmd/Science/lammps-15Dec07/src/STUBS
CCFLAGS = -g -O -I/home/ptmd/Science/lammps-15Dec07/lib/meam \
-DFFT_NONE -DGZIP -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK
DEPFLAGS = -M
LINK = mpicxx
#LINKFLAGS = -g -O -L/home/ptmd/Science/lammps-15Dec07/src/STUBS
LINKFLAGS = -g -O -L/home/ptmd/Science/lammps-15Dec07/lib/meam \
-L/opt/intel/fc/10.1.008/lib/
USRLIB = -lmeam -lstdc++
SYSLIB = -lgfortran -lpthread
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size

# Link target

$(EXE): $(OBJ)
$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
$(SIZE) $(EXE)

# Library target

lib: $(OBJ)
$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

# Compilation rules

%.o:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) -c $<

%.d:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $#

# Individual dependencies

DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
include $(DEPENDS)
--------------------------------------
至于MPICH2的用法，可以参考上面的网页，测试MPICH2是不是已经安装成功了，MPICH2里面也有一些examples，自己可以试一下。
mpd& %开启MPICH
将lmp_debian拷到~/Science/lammps-15Dec07/bench目录下，在此目录下运行。
mpdrun -n 2 ./lmp_debian
mpdallexit %关闭MPICH

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