转：一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具

原作者是分子模拟论坛的元老级会员sobereva。谨在此表示由衷的感谢。

[原创]一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
(2009-AUG-4)
2009-07-11 21:31
这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下列网址于2009年7月8日验证皆可用，若无法访问可尝试代 理。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充。

1 在线信息数据库部分

√ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以 商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、 元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。

生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit

CRYSTAL程序基组数据库：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html

√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http://cccbdb.nist.gov
简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。

√ 量化频率计算校正因子：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp
简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。

IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http://www.acadsoft.co.uk
注：需要付费，可免费下载试用版。

√ NIST化学数据库：http://webbook.nist.gov/chemistry
简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。

RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php
简介：分子的RESP电荷的数据库

Uppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds
简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。

√ 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm
简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。

√ EMSL基组数据库：https://bse.pnl.gov/bse/portal

Clarkson大学相对论有效势数据库：http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html

含重原子全电子STO基组数据库：http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html

原子间势参数数据库：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials

Stuttgart赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.html

ChemBioFinder：