MPI点到点通信之一:阻塞通信


阻塞通信中,消息发送有四种模式:

1).标准模式,MPI_Send

2).缓存(Buffer)模式,MPI_Bsend

3).就绪(Ready)模式,MPI_Rsend

4).同步(Synchonous)模式,MPI_Ssend

1.   标准通信模式中,理论上send会阻塞直到目标进程recv执行接收数据后send才会返回。但是这种模式下MPI环境基本上会对发送进程send的数据进行缓冲,这时即使接收进程没有进行recv发送进程的send也会立即返回。如果发送数据超过MPI提供的缓冲区大小,那么send就会阻塞到缓冲区这里。

    int MPI_Send(void *buf , int count , MPI_Datatype datatype , int dest , int tag , MPI_Comm comm);

    int MPI_Recv(void *buf , int count , MPI_Datatype datatype , int source , int tag ,MPI_Comm comm , MPI_Status *status);

  send和recv是非对称的。recv会因为没有接收到目标进程的消息而阻塞,不过可以指定接收进程接收通用信封:MPI_ANY_SOURCE(任意源进程),MPI_ANY_TAG(任意标志)。(关于标志tag后面再讨论)然后可以从返回的MPI_Status的成员MPI_SOURCE和MPI_TAG中解读出相关信息。

       发送进程向自己send数据是直接阻塞引发死锁,这个暂时没搞明白。

2.  缓冲通信模式中,因为有内存到内存的复制开销,会导致一定的性能损失和资源占用。不过与标准通信模式中MPI环境提供的缓冲机制不同,缓冲发送不受接收进程的影响可以直接完成,但消息大于缓冲区时程序将会报错。

    int MPI_Pack_size(int , MPI_Datatype , MPI_comm  , int*);    //返回消息所需缓冲区大小(字节数)

    定义MPI_BSEND_OVERHEAD为分配使用缓冲区时的系统(BSEND routines)所需最大字节空间。

    int MPI_Buffer_attach(void *buffer ,  int size);    //将用于缓冲通信的缓冲区绑定到进程

    当然一个进程同一时刻只允许绑定一个缓冲区。如果没有缓冲区绑定到进程,MPI环境默认的操作会有一个长度为0的缓冲区绑定到进程上(解除绑定操作类似)。需要注意线程安全问题。   

    int MPI_Buffer_detach(void *buffer, int *size);    //解除绑定到进程的用于缓冲通信的缓冲区

    参数返回已解除绑定缓冲区地址和大小,allow nested libraries to replace and restore the buffer。

    (未完待续……)   

转载于:https://my.oschina.net/llmm/blog/89704

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蛋白质是生物体中普遍存在的一类重要生物大分子,由天然氨基酸通过肽键连接而成。它具有复杂的分子结构和特定的生物功能,是表达生物遗传性状的一类主要物质。 蛋白质的结构可分为四级:一级结构是组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列;二级结构是依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠;三级结构是通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构;四级结构用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子。 蛋白质在生物体内具有多种功能,包括提供能量、维持电解质平衡、信息交流、构成人的身体以及免疫等。例如,蛋白质分解可以为人体提供能量,每克蛋白质能产生4千卡的热能;血液里的蛋白质能帮助维持体内的酸碱平衡和血液的渗透压;蛋白质是组成人体器官组织的重要物质,可以修复受损的器官功能,以及维持细胞的生长和更新;蛋白质也是构成多种生理活性的物质,如免疫球蛋白,具有维持机体正常免疫功能的作用。 蛋白质的合成是指生物按照从脱氧核糖核酸(DNA)转录得到的信使核糖核酸(mRNA)上的遗传信息合成蛋白质的过程。这个过程包括氨基酸的活化、多肽链合成的起始、肽链的延长、肽链的终止和释放以及蛋白质合成后的加工修饰等步骤。 蛋白质降解是指食物中的蛋白质经过蛋白质降解酶的作用降解为多肽和氨基酸然后被人体吸收的过程。这个过程在细胞的生理活动中发挥着极其重要的作用,例如将蛋白质降解后成为小分子的氨基酸,并被循环利用;处理错误折叠的蛋白质以及多余组分,使之降解,以防机体产生错误应答。 总的来说,蛋白质是生物体内不可或缺的一类重要物质,对于维持生物体的正常生理功能具有至关重要的作用。

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