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RSS订阅原创 安装chip的时候的报错解决
但是在下载airway这个包的时候出现了报错error reading from connection。本来做chip-seq的时候，需要下载所有依赖R包。选择镜像的时候尽量去除http后面的s。后续所有R包的安装免费分享给大家。
2023-03-20 20:04:51
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原创 【无标题】绘制颜值杠杠的云雨图
spread_x_ticks = FALSE) # 2个x_axis为 FALSE，如果4个x_axis则为TRUE。labels = (c('control','test')), #两个组标签的连接字符串。colors = (c('#0da9ce','#e74a32')), #描边颜色。fills = (c('#0da9ce','#e74a32')), #填充颜色。spread_x_ticks = TRUE) #4刻度(x_axis)，设为T。line_color = 'grey', #配对连线颜色。
2023-03-18 10:18:46
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原创 CuratedAtlasQueryR
为了通过R对数据集、组织和疾病进行探索和分析，我们开发了CuratedAtlasQueryR，这是一种细胞解析查询系统，允许研究人员根据细胞类型、来源组织和人口统计信息选择细胞。使用tidyverse过滤感兴趣的细胞，无论是特定的数据集还是跨组织和疾病的细胞类型。与cellxgenedp不同的是，我们可以基于注释跨数据集查询特定的单元格，元数据探索和数据下载在磁盘上完成，无需加载到内存中。我们使用现有的Bioconductor包cellxgenedp作为CELLxGENE中包含的数据集的下载源。
2023-03-02 21:02:37
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原创 浅谈对原始生殖细胞的理解
这篇文章中对PGC的筛选，为了筛选PGC，我们在原始条纹簇中的细胞上运行了RaceID算法（RaceID包v0.1.5）45，该算法可以识别罕见的细胞类型。在小鼠中，PGC大约在E7.25出现。最近的研究表明，在非人灵长类动物和体外培养的人类胚胎中，PGCs在大约人怀孕后3-5周在人类性腺中定植，并在雄性和雌性支持细胞的引导下，以在第六周胚胎左右开始分化为前精原细胞或卵原细胞。早期人类PGC的转录谱与小鼠和非人类前配偶的转录谱的比较表明，这些物种与其他不同物种（如DND1和PDPN）之间存在共同的标记。
2023-03-02 10:43:37
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原创 浅谈自己对IMeLC（原始生殖细胞前体的看法）
尽管小鼠，猕猴，猪相关研究已经比较成熟，不过，由于人的生殖谱系依然没有完成整体的构成的原因，即无法知晓是否原始中胚层样细胞（iMeLC）为PGC的前体依然困扰着我们对人类生殖细胞发育机制的研究。
2023-02-28 10:24:55
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翻译 单细胞转录组基础知识详解
这篇关于单细胞的综述发表于2017年7月的Molecular Aspects of Medicine，Identifying cell populations with scRNASeq 第一作者是Tallulah，通讯是Martin HembergAbstract摘要单细胞转录组在进行单个细胞的表达定量检测是强有力的工具，但是它产出的数据噪音和维度都比较高，相比bulk RNA-seq增加了分析难度。文章就介绍了几种不同的实验流程和最流行的分析方法，可以识别具有重要生物学意义的基因，可以将数据投射到低维，
2023-02-22 14:47:37
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空空如也
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