R 单细胞
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云归兮星辰
深圳大学在读研究生
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CuratedAtlasQueryR
为了通过R对数据集、组织和疾病进行探索和分析,我们开发了CuratedAtlasQueryR,这是一种细胞解析查询系统,允许研究人员根据细胞类型、来源组织和人口统计信息选择细胞。使用tidyverse过滤感兴趣的细胞,无论是特定的数据集还是跨组织和疾病的细胞类型。与cellxgenedp不同的是,我们可以基于注释跨数据集查询特定的单元格,元数据探索和数据下载在磁盘上完成,无需加载到内存中。我们使用现有的Bioconductor包cellxgenedp作为CELLxGENE中包含的数据集的下载源。原创 2023-03-02 21:02:37 · 160 阅读 · 0 评论 -
单细胞转录组基础知识详解
这篇关于单细胞的综述发表于2017年7月的Molecular Aspects of Medicine,Identifying cell populations with scRNASeq 第一作者是Tallulah,通讯是Martin HembergAbstract摘要单细胞转录组在进行单个细胞的表达定量检测是强有力的工具,但是它产出的数据噪音和维度都比较高,相比bulk RNA-seq增加了分析难度。文章就介绍了几种不同的实验流程和最流行的分析方法,可以识别具有重要生物学意义的基因,可以将数据投射到低维,翻译 2023-02-22 14:47:37 · 1246 阅读 · 0 评论