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FMRI相关
FMRI 分析相关
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BOLD signal change _ROI 如何实现
下面的是教程 翻译一下就是:找个每个ROI 的平均 timecourse 找到baseline fixation 的平均timecourse 用ROI 的timecourse / baseline timecourse 每个条件下 onsets 的时间点的 平均这个条件的开始的时间点的 平均timecourse 遍历时间 差不多30秒的样子 其实20秒差不多了 例子思路:1.求出每个 ambiguity下的Bold 值 然后画点图 看下nii文件的时间进...原创 2020-11-09 19:08:58 · 788 阅读 · 0 评论 -
pymvpa——如何计算一个普通列表的相似性矩阵
在计算roi的bold平均信号的rdm矩阵时,由于用rsa.PDist ()函数help(rsa.PDist )Function of mvpa2.measures.rsa moduleThis Measure returns the upper triangle of the n x n disimilarity matrix defined as the pairwise distances between samples in the dataset, and where n is the原创 2020-11-04 17:57:40 · 431 阅读 · 0 评论 -
安装pymvpa2时报错:swig.exe没有安装的一波三折及解决办法
只适用于windows在安装pymvpa2时一直不成功 我就试着手动下载了pymvpa2的包 解压放在了anaconda文件夹下Lib文件夹下的site-packages里面然而手动安装的时候也出错了一直提醒我要安装swig.exe 所以我屁颠屁颠的去下载了swig 但是没有用,说是要下载Microsoft Visual C++ 14.0 下载方法见博...原创 2019-05-29 22:04:18 · 5553 阅读 · 5 评论 -
PyMVPA_manual 4.8 event related 设计的数据分析 笔记
4.8时间相关的实验设计与前几节不同的是,事件相关设计的数据分析时将time时间这一因素考虑进去了这里介绍两个方法:1)实验条件的建模和模型参数估计的分析2)时间空间数据样本的提取。4.8.1 事件相关设计数据的预处理不是事件相关的对于与事件相关的分析,大多数处理都是对从一组事件中派生出来的数据样本进行的。其余的数据可以被认为是无关的。然而,某些预处理只有在对完整的时...原创 2019-07-28 15:57:05 · 374 阅读 · 0 评论 -
mvpa2包中的vstack 可以将列表变成数据集
在处理fmri数据的时候肯定会遇到将不同的数据集分割后需要一个一个追加,但是想把他们按照列的方式叠加就是个问题了。举例子:append方法append是追加数据的意思引入两个包from mvpa2.suite import *from mvpa2.measures import *然后调用vstackd=vstack(d,a=0)现在d是fmri类...原创 2019-07-18 21:31:09 · 172 阅读 · 0 评论 -
PyMVPA_manual_6.2.4笔记
6.2.4 fMRI数据的Searchlight空间探照灯算法的最初思想来源于Kriegeskorte等人的一篇论文。(2006年),并随后在一些研究中使用。探照灯最常见的用途是计算大脑中每个球状区域(ROI)的交叉验证分析。这种分析产生了一个分类精度的地图(通常),通常被解释或后处理,类似于GLM统计输出图(例如,随后的分析与推理统计)。在本例中,我们将研究如何在pymvpa中进行这种类型的...翻译 2019-07-16 10:28:25 · 978 阅读 · 0 评论 -
PyMVPA_manual_4.4 -4.7分类和searchlight笔记
4.4分类器-All Alike, Yet Different在本章中,我们将从上一章Getting data in shape中继续我们的工作,以便复制Haxby等人(2001年)的研究。对于本教程,有一个小帮手函数,可以在以下情况下手动生成我们所生成的数据集:原始研究采用所谓的1-最近邻分类器,使用相关性作为距离测量。在pymvpa中,这种类型的分类器由knn类提供,这使得可以...原创 2019-07-15 16:02:22 · 1791 阅读 · 2 评论 -
PyMVPA_manual 4.2&4.3基础知识和处理流程
所有环境和包全部准备完毕后,来看mvpa的数据结构所有volume的数据全部都保存在dataset中,所有的操作都离不开dataset,所以需要了解pymvpa中的dataset的数据结构4.2数据集基础和概念pymvpa中的大多数数据集被表示为二维数组,其中第一轴是样本轴,第二轴代表样本的特征。在最简单的情况下,数据集只包含数值矩阵的数据。在上面的示例中,数据矩阵中...翻译 2019-07-12 16:23:12 · 1332 阅读 · 0 评论 -
SPM_PPI心理生理交互作用讲解及实现
1.PPI是做什么的?PPI是用来检验两个ROI之间在任务状态下是否联系加强的一个工具,如果在实验条件下,这两个ROI之间的联系要显著大于在基线条件下两个ROI之间的联系,那么就认为这个实验任务引起了这两个ROI之间的交流加强。我的理解:实验条件就是引起心理反应的关键。而生理这个词 指的就是我们的ROI区域的血流动力学响应所以叫做生理心理交互作用2.PPI的操作流程解读2...原创 2019-07-19 10:47:07 · 6401 阅读 · 0 评论