BOLD signal change _ROI 如何实现

最新推荐文章于 2022-03-31 09:17:47 发布
最新推荐文章于 2022-03-31 09:17:47 发布
阅读量853 收藏 1
点赞数
分类专栏： FMRI相关 Python 文章标签： python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/cocosion/article/details/109583354
版权
本文介绍如何计算并可视化BOLD信号变化，特别是在ROI（感兴趣区域）中。通过平均timecourse、基线timecourse的比值来求得信号变化，并使用PyMVPA库处理4D nii文件。参考了相关论文和教程，提供了具体的计算步骤和绘图方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

原创，转载请指明出处！

 

首先找到一篇微博，理解了下BOLD signal change http://blog.sina.com.cn/s/blog_92f37ae20102vsqp.html

 翻译一下就是：

  1. 找个每个ROI 的平均 timecourse  
  2. 找到baseline 的平均timecourse
  3. 用ROI 的timecourse / baseline  timecourse
  4. 每个条件下 onsets 的时间点的 平均这个条件的开始的时间点的 平均timecourse
  5. 遍历时间  差不多30秒的样子  其实20秒差不多了
  6. 例子

  然后翻开论文看看人家是怎么画的图

人家的图是这样的

最低0.47元/天 解锁文章
cocosion
关注
专栏目录
node笔记_express结合formidable实现前后端的文件上传
编程知识分享，主打前端
05-14 3万+
大家好，我是yma16，本文分享node使用express结合formidable实现前后端联调的文件上传。
Laravel 使用PHP_XLSXWriter实现大数据量Excel导出
谷子的博客
05-31 5379
我在去年写过一篇关于laravel的Excel导出文章：Laravel Excel 实现 Excel/CSV 文件导入导出功能，使用的是Laravel Excel实现的。 该扩展包含Excel导入导出功能，功能点是比较完善的，但是有一个地方，当实现大量数据导出到Excel的时候，会发现侠侣很慢，然后如果开启任务管理器查看的时候会发现CPU使用率飙升，内存使用率飙升，功能是没问题，但是总体导出效果不...
bold信号MATLAB代码-spm12-dartel:使用SPM12和DARTEL将功能和结构MRI数据预处理为标准化的MNI空间
06-20
粗体信号MATLAB代码spm12-dartel 使用 SPM12 和 DARTEL 将功能和结构 MRI 数据预处理到标准化 MNI 空间的代码。 仅可用于一次结构扫描（例如 T1 MPRAGE 或 T2 匹配带宽） 可用于两个结构扫描（例如 T1 MPRAGE和T2 匹配带宽）。 二级扫描（例如 MBW）用作将功能配准到一级结构（例如 MPRAGE）的中介 指示： 仅调用包装器脚本，因为它将在 parfor 循环中调用run函数。 所有用户可编辑的参数都在包装器的同义部分中。 除非您知道自己在做什么，否则不应编辑包装器脚本和运行函数的其他部分。 包含每个主题的 pre-dartel 状态的“runStatus”结构将保存在“batchDir”中指定的文件夹中。 pre-dartel 之后的matlab 工作区也将保存在“batchDir”中，您可以使用它重新运行DARTEL，而无需重新运行pre-dartel。 matlab 控制台输出的文本日志将为 predartel 和 dartel 保存在“batchDir”文件夹中。 所有 pre-dartel 和 DARTEL matla
[spm操作] 什么是ROI，如何做ROI以及批量提取ROI的%signal change的示例程序
热门推荐
yuelulu0629的专栏
11-29 2万+
本帖作为《用Matlab和SPM批量处理被试的经验总结》的一部分 目录贴请见http://home.52brain.com/forum.ph ... =1&extra=#pid158525 ROI (region of interest, 感兴趣区)，顾名思义，就是研究者感兴趣的地方。通常在脑成像数据处理中，会把某些ROI中的信号提取出来，来和行为或是其它脑区数据做相关。做静息态的朋友
如何理解fMRI BOLD信号的神经起源？
qq_27273607的博客
06-28 1万+
Functional magnetic resonance imaging (fMRI) is becoming a popular non-invasive tool for imaging functionally active brain regions in health and in disease.功能磁共振成像最常见的方法是血氧水平相关(BOLD)成像，自发现以来一直主导着这一领域。...
PNAS：复杂系统方法定义脑状态：外部刺激促使不同大脑状态之间的转换
cc1609130201的博客
03-31 1067
系统神经科学的一个基本问题是：如何通过外部刺激，例如唤醒、睡眠、昏迷或神经精神疾病等因素，促使大脑从一种状态转换到另一种状态。这就需要对大脑状态进行准确的定义，而迄今为止对大脑状态的定义依然是难以确定的。本文中作者对功能状态进行全新的定义，在这个定义中作者针对模拟的大脑刺激如何促使不同大脑状态之间进行转换进行系统的研究。具体来说，作者使用特别的人类睡眠神经成像数据集，系统地研究在何处刺激大脑可以强制地唤醒大脑，反之亦然。作者将大脑状态定义为若干个“子亚稳态”的集合，每个子亚稳态都有一个概率稳定性和发生频率，
＜Principles of fMRI 1＞课程笔记8 信号、噪音与血流
u011661076的博客
09-03 1012
回顾一下之前学到的知识。MRI扫的是大脑的结构图像，也叫T1权重图像。它有着很高的空间分辨率，可以从中看到非常清晰的解剖结构，也可以从中区分出各种不同的组织。 fMRI往往用于研究大脑的具体功能，扫出来的是功能图像，也叫做T2*权重图像。虽然它的空间分辨率比较低，但是时间分辨率很高，可以在很短的时间内扫出一叠功能图像。这样子就可以研究实验操作究竟是如何影响大脑的MRI信号的。 一个fMRI实验相当于包含了一个MRI图像序列。我们可以从中看出血氧信号随着时间的变化。例如这里有一个M
巴特沃斯带通滤波器matlab代码-dcan_bold_processing:dcan-fmri管道的静止状态fMRI输出的功能连接预处理
05-21
巴特沃斯带通滤波器的matlab代码...dcan_bold_proc.py 信号处理脚本的主包装。 usage: dcan_bold_proc.py [-h] [-v] [--setup] --subject SUBJECT --task TASK [--output-folder OUTPUT_FOLDER] [--filter-order FILT
java font.bold_Java中的字形有三种，分别是Font.PLAIN，Font.BOLD和Font.ITALIC。
weixin_32298151的博客
02-16 3831
【判断题】衡量数据压缩技术性能好坏的重要指标是标准化。【多选题】反射弧包括 ( )【填空题】MPEG是 (___________ ) 图像压缩标准。【判断题】库存现金日记账和银行存款日记账不论在何种会计核算形式下,都是根据收款凭证和付款凭证逐日逐笔顺序登记的。( )【多选题】呼吸...
时间序列数据的特征提取
CDA数据分析师
04-03 8878
CDA数据分析师 出品 当你想对时间序列数据做分类时，有两种选择，一个是用时间序列特定的方法，比如说说LSTM模型。另外一种方法就是来从时间序列中提取特征从而将这些特征用在有监督的模型上。在这篇文章中，我们来看下如何使用tsfresh包自动的提取时间序列数据。 这份数据的来源是 。这个网站中提供对很多数据集有高精度的模型，如何有兴趣的，可以去详细了解一下。时间序列比一般标准的目标要难一些，这...
Python实现的神经影像学机器学习库
05-22
Python实现的神经影像学机器学习库
MarsBar教程
梦中注定的博客
12-06 1万+
MarsBar教程工具包及示例数据下载安装MarsBar数据集描述数据处理和分析定义功能性ROI开始处理一、预处理二、Define ROIs三、ROI analysis 工具包及示例数据下载 本文是按照MarsBar0.44官方文档的教程来对MarsBar工具包来进行学习的，感兴趣的同学可以直接参考Mar sBar官方文档（tutorial）来进行学习（百度网盘 提取码:0clb）。教程中所使用...
学习笔记2021
clancy_wu的博客
11-14 3275
总的来说，做完DPABISurf，就会生成一堆文件夹， 然后开始做统计。 做统计需要选择ResultsS下的文件，S是平滑，这样更容易出结果，smooth kernel是[6 6 6]。 选择ResutlsS -》 AnatSurfLH -》Thickness -》 fsaverage下的XXthickness.gii文件，进行皮层厚度的对比。 AnatSurf是结构像皮层，fsaverage是结构像皮层空间的标准坐标，而功能空间就需要fsaverage5这个标准坐标。 也可以选择ResultsS -》
fMRI之dpabi处理经验（一）
ScarlettGuo的博客
08-10 1万+
fMRI dpabi处理经验（一） fMRI dpabi处理经验（一） dpabi用以处理fMRI、MRI数据非常好的matlab工具箱，下载地址：link。下面来介绍下我在学习使用的过程中遇到的问题及操作吧。 fMRI处理常见问题 打开matlab后再命令窗口输入dpabi打开界面，fMRI使用dparsf界面： 脑区划分 ，点击Define ROI，进入后默认有9种脑区划分模板（各种自带模板介绍网址link），Remove不需要的，保留需要的，也可以通过“+Mask”添加；（ps：贴一个搜集到的脑区划
PyMVPA_manual 4.2&4.3基础知识和处理流程
cocosion的博客
07-12 1378
所有环境和包全部准备完毕后，来看mvpa的数据结构 所有volume的数据全部都保存在dataset中，所有的操作都离不开dataset,所以需要了解pymvpa中的dataset的数据结构 4.2数据集基础和概念 pymvpa中的大多数数据集被表示为二维数组，其中第一轴是样本轴，第二轴代表样本的特征。在最简单的情况下，数据集只包含数值矩阵的数据。 在上面的示例中，数据矩阵中...
MATLAB 打开创建文件夹详细说明
cocosion的博客
07-29 4237
在打开一个系统盘时，利用命令 cd ‘盘名：’ 命令创建 如 cd ‘D：’ 打开系统盘下的文件夹时 用 cd ‘C:\Program Files\MATLAB\R2017a\examples\matlab_featured’ 也可以一层一层的打开文件夹 cd ‘C:\Program Files‘ cd ‘MATLAB’ cd ……………… 返回上一级目录 用 cd ‘../...
PyMVPA_manual_4.4 -4.7分类和searchlight笔记
cocosion的博客
07-15 1838
4.4分类器-All Alike, Yet Different 在本章中，我们将从上一章Getting data in shape中继续我们的工作，以便复制Haxby等人（2001年）的研究。对于本教程，有一个小帮手函数，可以在以下情况下手动生成我们所生成的数据集： 原始研究采用所谓的1-最近邻分类器，使用相关性作为距离测量。在pymvpa中，这种类型的分类器由knn类提供，这使得可以...
PyMVPA_manual_6.2.4笔记
cocosion的博客
07-16 1069
6.2.4 fMRI数据的Searchlight 空间探照灯算法的最初思想来源于Kriegeskorte等人的一篇论文。(2006年)，并随后在一些研究中使用。探照灯最常见的用途是计算大脑中每个球状区域(ROI)的交叉验证分析。这种分析产生了一个分类精度的地图(通常)，通常被解释或后处理，类似于GLM统计输出图(例如，随后的分析与推理统计)。在本例中，我们将研究如何在pymvpa中进行这种类型的...
unhashable type: 'list'
cocosion的博客
05-28 3996
在我定义常量矩阵的时候我只加了一个[] #创建一个常量op m1=tf.constant([3,3]) #创建一个常量op m2=tf.constant([2],[3]) #创建一个矩阵乘法的op 把m1,m2 传入 product=tf.matmul(m1,m2) print(product) 结果报错：unhashable type: 'list' 所以 我给每个list多加一个[]...
g.setFont(new Font("Console", Font.BOLD, FONT_SIZE));
最新发布
07-13
根据提供的代码，`g.setFont(new Font("Console", Font.BOLD, FONT_SIZE));` 是在Java中使用Graphics对象设置字体的示例代码。该代码将字体设置为"Console"，加粗样式(Font.BOLD)，并且字体大小由变量FONT_SIZE指定。 假设您有一个继承了JPanel的自定义组件，可以在绘制过程中使用该代码来设置绘图上下文的字体。例如： ```java import java.awt.Font; import java.awt.Graphics; import javax.swing.JPanel; public class MyPanel extends JPanel { private static final int FONT_SIZE = 20; @Override protected void paintComponent(Graphics g) { super.paintComponent(g); g.setFont(new Font("Console", Font.BOLD, FONT_SIZE)); g.drawString("Hello, World!", 50, 50); } } ``` 在这个例子中，我们重写了JPanel的paintComponent()方法，在绘制过程中设置了字体。通过调用`g.setFont(new Font("Console", Font.BOLD, FONT_SIZE));`来设置字体为"Console"，加粗样式(Font.BOLD)，以及指定的字体大小(FONT_SIZE)。然后，使用`g.drawString()`方法在坐标(50, 50)处绘制字符串"Hello, World!"。 请注意，这只是一个示例，并且需要在适当的上下文中使用该代码。具体的应用可能会有所不同。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值