分子振动,这是我们都知道的。这些振动特征可能对未来的研究有用。工业上常用红外光谱法测量振动。所以让我们从上次我们只估计 Z-Matrix 形式的坐标的甲醇中获取:
H11
O11 H11 0.9600
C11 O11 1.4000 H11 108.0000
H12 C11 1.1000 O11 112.0000 H11 -60.0000
H13 C11 1.1000 O11 112.0000 H11 60.0000
H14 C11 1.1000 O11 111.8699 H11 -180.0000
所以我们的计划是优化分子的几何形状,一旦我们达到最小状态,我们就想返回那个波函数并对分子进行谐波分析以获得振动模式。Whew 听起来很多,所以让我们分解一下,首先让我们按照您可以在我之前的博客中找到的方式进行一些初始配置。
import psi4
psi4.set_memory('1000mb')
psi4.core.set_num_threads(1)
psi4.set_options({
'scf_type': 'df',
'g_convergence': 'gau_tight',
'freeze_core': 'true',
})
zmatrix = '''\
H11
O11 H11 0.9600
C11 O11 1.4000 H11 108.0000
H12 C11 1.1000 O11 112.0000 H11 0.0000
H13 C11 1.1000 O11 112.0000 H11 120.0000
H14 C11 1.1000 O11 111.8699 H11 -120.0000
0 1
'''
universe = psi4.geometry(zmatrix)