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原创 机器学习开源分子生成系列(2)-基于三维形状和静电相似性的DeepFMPO v3D安装及使用

本文是基于 3D 的分子生成方法DeepFMPO v3D的介绍及安装使用。

2024-07-11 17:45:00 937

原创 蛋白结构预测OmegaFold的安装及使用

OmegaFold的工作原理是将蛋白质的序列输入到一个深度神经网络模型中，该模型经过训练可以从序列中学习到蛋白质的结构信息。模型使用的是大量已知结构的蛋白质数据进行训练，并通过比对已知结构与预测结构之间的相似性来评估预测结果的准确性。

2024-04-04 20:08:56 989 7

原创 Ubuntu系统Psi4 使用conda安装及编译安装

Psi4是一个量子化学软件包，用于计算分子和固体的电子结构。本文提供本地安装及在Python中使用的安装。以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了psi4安装方法，在后续的QM计算将使用到。

2024-03-17 20:37:56 1439

原创 开源分子对接程序rDock使用方法(2)-高通量虚拟筛选HTVS

rDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接；选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接（Docking with explicit waters）以及药效团限制性对接（Docking with pharmacophore restraints），也可以用来做高通量虚拟筛选（HTVS）。本文介绍 rDock采用Multi-Step Protocol进行高通量虚拟筛选HTVS的流程及使用案例。

2024-03-13 19:50:02 1266 2

原创 生物分子体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的conda环境部署及使用

本文提供了生物体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的Conda安装及使用体验。

2024-03-12 10:46:42 3934 22

原创 机器学习开源分子生成系列(1)-DeepFrag的本地部署及使用

本文提供了开源程序DeepFrag的在本地conda版本的部署及使用方法，满足用户避免数据上传到web app使用的需求。

2024-03-08 13:30:28 1495 3

原创 开源分子对接程序rDock使用方法(1)-Docking in 3 steps

rDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接；选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接（Docking with explicit waters）以及药效团限制性对接（Docking with pharmacophore restraints），也可以用来做高通量虚拟筛选（HTVS）。本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接（Docking in 3 steps），为研究其他模式下的分子对接打好基础。

2024-03-08 07:00:00 1674 2

原创 蛋白结构预测RoseTTAFold2的安装及使用

本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验。本文介绍了蛋白结构预测开源程序RoseTTAFold2的安装及使用体验，并在实例上与AlphaFold2和ESMFold的表现与耗时做了比较。

2024-03-07 07:00:00 2900 5

原创 Mol2文件处理-拆分、合并、提取名称、计数与格式转换

Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件，可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。本文介绍Mol2分子处理的常见操作，包括文件合并与拆分，分子名称修改，分子计数与变量传递等。

2024-03-06 07:00:00 1845

原创 UCSF DOCK 分子对接详细案例（05）- 遗传算法用于分子生成 DOCK_GA

本文是UCSF DOCK的使用案例分享，关于DOCK中基于配体-靶标相互作用的遗传算法用于分子生成，模块名称 DOCK_GA。利用进化原理的构建方法， 包括分子重组、突变和自然选择， 以指导与靶标有特定相互作用的配体的从头设计。DOCK_GA可用于：（1）生成与靶标具有特定相互作用的结构类似物；（2）作为从分子片段生长分子的从头设计方法；（3）作为筛选靶向结合位点分子的方法的补充。

2024-03-05 19:00:00 1264

原创 UCSF DOCK 分子对接详细案例（04）-基于RDKit描述符的分子从头设计DOCK_D3N

本文是UCSF DOCK的使用案例分享，我们将使用DOCK 6.11自带的片段库，使用DOCK/RDKit的 DOCK_D3N功能从头设计分子。在本实例中，我们使用DOCK的通用片段库，使用DOCK_D3N的方式，从头开始为我们的受体构建新的配体，这只是一个运行案例，在实际项目任务中，需要进一步优化加载的片段库、设置合适的片段生长方式、过滤条件等，不断生成接近预期的目标新分子。

2024-03-04 18:00:00 1307 2

原创 UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design

本文是UCSF DOCK的使用案例分享，包括DOCK 6.11的de novo Design 模块包含的三项功能：（3）用户自定义生成片段库并实现Focused De Novo Design在本实例中，我们使用DOCK的通用片段库，从头开始为我们的受体构建新的配体；也使用DOCK片段数据库构建功能建立片段数据库用于分子生成。

2024-03-03 07:00:00 1740 1

原创 UCSF DOCK 分子对接详细案例（02）-并行用于高通量虚拟筛选

本文是UCSF DOCK的高通量虚拟筛选的使用案例分享，内容包括：（1）高通量虚拟筛选及数据库过滤；（2）对虚拟筛选结果进行能量最小化；（3）通过描述符等重新打分，综合排序。

2024-03-02 00:12:03 1247

原创 UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）- rigid, fixed anchor, flexible dock

本文是UCSF DOCK的使用案例分享，包括：（1）配体、受体输入文件处理；（2）分子对接；（3）配体-受体相互作用中范德华与静电能量分解的指纹footprint。

2024-03-01 19:45:33 1360

原创 UCSF DOCK 6.11安装并行与RDKit功能

2023年更新的UCSF DOCK 6.11版本增加了新功能，可以使用RDKit描述符及基于描述符的全新分子设计（descriptor-driven de novo design），本文介绍 了DOCK 6.11在本地的安装，为分子对接和高通量虚拟筛选做准备。

2024-02-28 16:00:26 1281 1

原创 蛋白结构预测模型评价指标

本文汇总了AlphaFold和AlphaFold-multimer等蛋白结构推理预测中，不同蛋白结构预测模型的评价指标。供大家参考。

2024-02-26 22:18:56 4662 3

原创 机器学习打分函数在分子对接中的应用系列-GB_Score

基于机器学习和深度学习构建打分函数，可以预测对接过程中生成的蛋白质-配体位姿或晶体复合物的结合得分，已成为CADD领域一个活跃的研究命题。GB-Score是一种最先进的基于机器学习的评分函数，利用PDBbind-v2019 general sets作为数据集，使用距离加权的原子间接触特征和梯度提升树算法来预测结合亲和力。GB-Score在CASF-2016基准测试中的得分能力指标非常优异，实现Pearson相关性0.862和RMSE 1.190

2024-02-25 18:21:34 1593 2

原创 化学分子Mol2文件格式与使用注意事项

Mol2格式文件是一个ASCII 文件，由Tripos公司编制的用于表示化学分子的文件格式，在其药物设计软件套装SYBYL中使用。Mol2格式文件被分子模拟的众多软件所支持，包括计算化学、分子对接，分子动力学软件，如Gaussian，VMD，UCSF DOCK，rDock，LeDock，MOE，Schrodinger，Openbabel，RDKit，Amber，Gromacs等。本文介绍了Mol2文件格式。

2024-02-24 23:31:28 3123

原创 基于生成扩散模型的分子对接程序-DiffDock安装及使用

分子对接是采用计算模拟的方式，预测受体与配体之间的结合模式，即Pose，以便于后续的Pose评估（打分）。传统对接基于构象搜索，深度学习将分子对接抽象为回归问题，但都没有很好的解决对接准确性问题。DiffDock来自MIT CSAIL的Regina教授和Tommi教授课题组的工作，他们将分子对接视为一种生成任务，并采用了时下在图像生成等领域相当热门的生成扩散模型（DGM）。

2024-02-23 18:00:00 3018 8

原创 开源分子对接程序rDock的安装及使用流程

本文介绍了rDock的两种安装方式及使用流程，为开始使用rDock的朋友提供参考以及快速入门指导。后续系列文章将结合案例详细介绍rDock使用。

2024-02-22 18:00:00 2971 1

原创 UCSF Chimera和ChimeraX的安装及使用

本文是关于UCSF Chimera和ChimeraX的介绍以及安装。

2024-02-21 12:23:17 4558 1

原创 ESMFold conda安装、使用及与AlphaFold的简单比较

ESMFold 是一款由 Meta AI 团队开发的高精度蛋白质结构预测工具。相较于其他蛋白质结构预测方法，例如 AlphaFold2 和 RoseTTAFold，ESMFold 具备更快的预测速度。（1）ESMFold官方提供安装指引较为繁琐，本文提供了conda版本的快速便捷安装方法。（2）通过案例介绍ESMFold单个结构序列和批量结构序列的预测方法。

2024-02-20 15:30:32 4700 21

原创 化学空间可视化(chemical space visualization)开源软件ChemPlot的安装及使用

数据可视化提供了将高维分子数据减少到二维（2D）或三维（3D）空间的实用手段。在低维化学空间中的数据的视觉检查使得能够更真实地筛选具有用户期望的性质的分子，用于化学库设计，高通量筛选，多样性分析和离群值检测。本文介绍开源化学空间可视化工具ChemPlot从conda环境在本地安装及使用方法，避免化学信息数据上传，帮助化学工作者使用不同的降维方法可视化数据库。

2024-02-19 19:00:00 1873 1

原创 分子对接软件UCSF DOCK的新功能介绍及安装

本文介绍分子对接软件UCSF DOCK的新功能及在Linux上安装，后续将结合案例介绍具体使用方法。

2024-02-18 19:00:12 1523 1

原创 Ubuntu22.04上作业调度管理软件PBS Torque的安装、配置及主要使用方法

PBS Torque作为一种开源的作业调度和资源管理系统，广泛用于高性能计算环境中。它提供了一个集中式的作业调度器，可以有效地管理计算集群中的作业，并将它们分配给可用的资源。Torque目前最新版本为7.0.1，本文将介绍Linux Ubuntu 22.04上PBS Torque 6.1.3的安装、配置及主要使用方法。以上是PBS Torque 6.1.3在Ubuntu22.04上的安装、基本配置和使用方法。

2024-02-17 19:00:00 4174 5

原创 Linux系统MPI library之OpenMPI的安装及使用

OpenMPI是一个开源的消息传递接口（Message Passing Interface，MPI）的实现，用于并行计算。它允许多个计算节点之间进行通信和数据交换，从而实现分布式计算。这里介绍OpenMPI的安装和基本使用。安装是后续的分子对接虚拟筛选以及分子动力学研究的准备工作。

2024-02-15 19:30:20 6304 1

原创 Linux系统MPI library之MPICH的安装及使用

本文介绍Linux系统MPICH的安装，为HPC并行计算做准备。

2024-02-13 17:36:33 3221 4

原创 开源分子对接软件Ledock之--CPU并行用于虚筛选

LeDock是一款开源分子对接软件，过往的对比研究显示LeDock在配体构象生成和打分上具有比较优势，从使用上看对接计算速度亦具有明显优势。LeDock默认使用单线程CPU计算分子对接任务，单机使用对当前多核心多线程的CPU利用不够。本文介绍采用GNU parallel并行计算以及使用Slurm提交任务提高CPU利用率，实现高通量虚拟筛选，适合单机及HPC。过往使用案例中，100个线程的机器每天可实现30~50万+小分子数据库的虚拟筛选，每天可以完成一个靶点在Specs数据库上的虚拟筛选工作。

2024-02-12 13:19:32 2167 1

原创 Linux 并行GNU parallel的安装及主要使用方法

本文介绍了GNU parallel的Linux安装及主要使用方法，为实现CPU并行处理任务做准备。GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务，一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。

2024-02-09 07:00:00 4447 2

原创 作业调度开源软件Slurm的安装与使用

Linux作业调度开源软件Slurm的单机安装与简单使用

2024-02-08 18:00:00 5245 4

原创 开源分子对接软件LeDock之--在单机上快速部署及使用

本文介绍开源分子对接软件LeDock在Linux Ubuntu上快速便捷安装及简易使用

2024-02-07 18:00:00 1931

原创 分子对接软件gnina主要功能与使用案例

通过案例介绍开源分子对接软件gnina的常见主要功能和使用方法，分享软件使用体验

2024-02-04 20:08:51 1317

原创 AlphaFold2.3 conda版本详细安装与使用

（1）结合AlphaFold官方提供了Docker安装指引，本文提供了conda版本的安装，配合run_alphafold.sh脚本使用更加方便。（2）根据AlphaFold官方python脚本，更新了run_alphafold.sh中的models_to_relax参数，便于AF2.3版本使用。（3）对alphafold预测结果使用Pymol根据pLDDT染色。

2024-02-02 19:31:51 3937 17

原创 卷积神经网络算法分子对接软件-gnina的编译安装

计算机辅助设计开源软件gnina的编译安装记录。

2024-02-01 23:18:11 757

ChimeraX-1.7.1.exe 支持Windows 10 和Windows11
UCSF ChimeraX**是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。 ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX的主要目标是处理大型分子结构的可视化和分析，尤其是那些在实验中难以观察或理解的复杂结构。 ChimeraX支持多种常见的分子文件格式，包括PDB、MRC、EMDB等。它可以加载和显示分子结构，并提供各种工具和功能来操纵和分析这些结构。用户可以通过旋转、平移和缩放来查看和操纵结构，也可以使用剖面图、表面网格、轮廓和草图等可视化效果来呈现结构的不同方面。此外，ChimeraX还提供了一系列的分析工具，如结构比对、密度图显示、电荷计算和互动式模型构建等。 ChimeraX还支持脚本编程，允许用户通过编写Python脚本来自动化任务和批量处理数据。这使得ChimeraX在高通量计算和大规模数据分析中特别有用

2024-03-03

ucsf-chimerax-1.7.1ubuntu22.04-amd64.deb Ubuntu22版本
UCSF ChimeraX**是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。 ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX的主要目标是处理大型分子结构的可视化和分析，尤其是那些在实验中难以观察或理解的复杂结构。 ChimeraX支持多种常见的分子文件格式，包括PDB、MRC、EMDB等。它可以加载和显示分子结构，并提供各种工具和功能来操纵和分析这些结构。用户可以通过旋转、平移和缩放来查看和操纵结构，也可以使用剖面图、表面网格、轮廓和草图等可视化效果来呈现结构的不同方面。此外，ChimeraX还提供了一系列的分析工具，如结构比对、密度图显示、电荷计算和互动式模型构建等。 ChimeraX还支持脚本编程，允许用户通过编写Python脚本来自动化任务和批量处理数据。这使得ChimeraX在高通量计算和大规模数据分析中特别有用。

2024-03-03

chimera-1.17.3-win64.exe 分子作图、处理、可视化工具Windows版本
分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin，Windows版本。 **UCSF Chimera**是一种用于可视化和分析生物分子结构的计算机程序。它是由加州大学旧金山分校的计算机图形实验室开发的，旨在帮助研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。 UCSF Chimera可以用于显示和操纵蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。它可以从各种来源获取分子结构数据，包括从实验室得到的数据、计算模型和公开可用的数据库。 UCSF Chimera具有强大的可视化功能，可以生成高质量的图像和动画，以展示分子的结构和动态变化。它还提供了一系列工具和功能，用于分析和比较不同分子的结构、计算物理属性以及进行分子对接和模拟等操作。 除了基本的可视化和分析功能，UCSF Chimera还支持各种插件和扩展，可以根据用户的需求进行定制和扩展功能。它在生物结构研究、药物发现、生物工程等领域得到了广泛的应用。

2024-03-03

分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux-x86-64.bin，Linux版本
分子作图、处理、可视化工具chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin，Linux版本。 **UCSF Chimera**是一种用于可视化和分析生物分子结构的计算机程序。它是由加州大学旧金山分校的计算机图形实验室开发的，旨在帮助研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。 UCSF Chimera可以用于显示和操纵蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。它可以从各种来源获取分子结构数据，包括从实验室得到的数据、计算模型和公开可用的数据库。 UCSF Chimera具有强大的可视化功能，可以生成高质量的图像和动画，以展示分子的结构和动态变化。它还提供了一系列工具和功能，用于分析和比较不同分子的结构、计算物理属性以及进行分子对接和模拟等操作。 除了基本的可视化和分析功能，UCSF Chimera还支持各种插件和扩展，可以根据用户的需求进行定制和扩展功能。它在生物结构研究、药物发现、生物工程等领域得到了广泛的应用。

2024-03-03

UCSF DOCK 分子对接详细案例（04）-基于RDKit描述符的分子从头设计DOCK-D3N-输入文件.tar.xz
本资料是UCSF DOCK的使用案例分享的输入资料，将使用DOCK 6.11自带的片段库，使用DOCK/RDKit的 DOCK_D3N功能从头设计分子。便于使用者直接从这部分设计工作开始，不需花时间来准备输入文件。

2024-03-03

UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design.tar.xz
https://bbdrug.blog.csdn.net/article/details/136388328，案例资料，输入文件。 在本实例中，我们将使用DOCK的通用片段库，从头开始为我们的受体构建新的配体： 首先，展示通用的Generic de novo design，随后是基于anchor的优化生成De Novo Refinement，最后是基于用户自定义生成片段库的Focused De Novo Design。

2024-03-02

UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）输入文件
UCSF DOCK 分子对接详细案例（01）输入文件,可作为案例复现的对照。

2024-03-01

UCSF DOCK分子对接 指纹查看python脚本 plot-footprint-single-magnitude.py
配体-受体相互作用中范德华与静电能量分解的指纹footprint查看，适用于DOCK对接结果。 输出指纹图片。官网链接打不开时，备用。

2024-03-01

计算化学+分子模拟+分子力场说明文档+TRIPOS，SYBYL
本文档是计算化学分子模拟领域的分子力场说明文档，介绍TRIPOS分子力场，Kollman 分子力场，AMBER分子力场和默克MMFF分子力场。内容包括SYBYL分子力场，原子电荷，能量最小化，分子动力学，扭转能等等物理的能量计算方法以及TRIPOS立场参数生成原理。

2024-02-28

Tripos Mol2 Format File，分子结构 mol2格式文件的详细介绍
文件扩展名 MOL2 有 一 种文件类型，并且与 二 种不同的软件程序相关联，但主要相关联软件程序是由 Open Babel development team开发的 Open Babel。 通常这些被格式化为 Tripos Mol2 Format File。 这些文件大多数被归类为 Data Files。

2024-02-24

分子对接机器学习打分函数GB-score文章
https://doi.org/10.1002/minf.202200135 GB-score: Minimally designed machine learning scoring function based on distance-weighted interatomic contact features All Python codes, PDB IDs for all training and test sets, and Jupyter notebook for repeating this report are provided in GitHub (https://github.com/miladrayka/GB_Score).

2024-02-23

PyMOL-2.5在Linux系统上的版本，用于分子结构展示
PyMOL_2.5在Linux系统上的版本，用于分子结构展示

2024-02-18

rDock Reference Guide.pdf
开源分子对接软件rDock的用户指南文档。rDock可以实现蛋白-配体，RNA-配体的分子对接，也可以用于高通量虚拟筛选，可以在对接过程中加入药效团限定，提高虚拟筛选的命中率。适用于部署在单机或者HPC用于虚拟筛选。

2024-02-17

Pymol-1.8-win-7-64bit
Pymol_1.8_win-7_64bit安装包

2024-02-17

Torque Resource Manager Administrator Guide 6.1.3

torque 6.1.3版本的user guide，详细介绍了torque的安装部署，适用于集群用户的参考，以及排除安装、使用的疑难问题。

2024-02-17

Torque Resource Manager Administrator Guide 5.1.3
torque 5.1.3版本的user guide，详细介绍了torque的安装部署，适用于集群用户的参考，以及排除安装、使用的疑难问题。

2024-02-16

Torque-5.1.3
Torque作为一款开源免费的PBS排队管理系统，被许多使用服务器和集群的小组广泛使用。

2024-02-16

Linux化学结构编辑软件JDRaw
可以在、Linu系统中用来编辑化学结构式，包括2D结构，Markush结构，

2024-02-16

ledock-hts-mod.sh
ledock_hts.sh是基于LeDock，采用GNU Parallel和Slurm，在集群上用来高通量虚拟筛选的脚本，可以部署在单机或者HPC。脚本来源：https://github.com/cemilcansaylan/ledock_hts. 原脚本存在一些typo，使用的话需要做一些调整。调整后的脚本ledock_hts_mod.sh可在此下载。

2024-02-08

这是AlphaFold运行bash脚本更新版本，适用于AF2.1及以后，新脚本名称run-alphafold23.sh
对于AF2.1以后的版本，run_relax 已被models_to_relax替代，为了顺利运行run_alphafold.sh，笔者对 -r 参数做了修改，保持默认对最优输出结构（5个输出中pLDDT最高的1个）做relax（models_to_relax=“best”）。 新脚本命名为run_alphafold23.sh，脚本内容、使用方法和脚本使用示例如原文。 原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40192882/article/details/135993286

2024-02-03

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