LAMMPS剪切作用的两种实现方法及对比 — Deform和Velocity MATLAB

LAMMPS剪切作用的两种实现方法及对比 — Deform和Velocity MATLAB

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个用于分子动力学模拟的开源软件包。在进行分子动力学模拟时，经常需要施加剪切应力以模拟物质的变形行为。LAMMPS提供了多种方法来实现剪切作用，其中比较常用的有Deform和Velocity MATLAB两种方法。本文将介绍这两种方法的原理以及对比，并提供相应的源代码。

Deform方法是通过改变模拟单元的尺寸来实现剪切作用的。它通过改变模拟单元的形状和尺寸来施加剪切应力。具体而言，Deform方法将应力场施加到原子模型的每个周期性方向上，并通过改变周期性边界来引入剪切应力。以下是使用Deform方法在LAMMPS中实现剪切作用的示例代码：

# LAMMPS input script for Deform method
 
units           lj
dimension       2
boundary        p p p
atom_style      atomic
 
# create atoms
 
lattice         square 0.8
region          box block 0 20 0 20 -0.25 0.25
create_box      1 box
create_atoms    1 box
 
# define potentials
 
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5
 
# define deformation
 
fix             1 all deform 1 x erate 0.01 remap v
 
# run simulation
 
velocity        all create 1.44 87287
timestep        0.005
thermo          100
r