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coffeeii
这个作者很懒,什么都没留下…
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生信学习之通路富集一(GO分析)
生信学习之通路富集(一)原创 2023-04-25 01:11:02 · 31132 阅读 · 0 评论 -
跟着官网学CellChat 从空间成像数据推断和分析空间信息的细胞间通信
2022 年 11 月 12 日加载所需的库第一部分:CellChat对象的数据输入&处理和初始化加载数据创建一个 CellChat 对象设置配体-受体相互作用数据库预处理细胞间通讯分析的表达数据第二部分:细胞间通信网络的推断计算通信概率并推断蜂窝通信网络在信号通路水平上推断细胞间通讯计算聚合的细胞间通信网络第三部分:细胞间通信网络的可视化第五部分:保存 CellChat 对象。原创 2023-06-07 00:26:16 · 1411 阅读 · 0 评论 -
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程——R(monocle3)
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程——R(monocle3)原创 2024-01-14 22:27:14 · 1113 阅读 · 1 评论 -
生信学习之通路富集二(通路打分)
通路打分原创 2023-04-26 01:56:47 · 511 阅读 · 0 评论 -
Spateo工具使用指南(细胞染色质分割)
Spateo工具指南,细胞染色质分割原创 2023-05-06 00:55:04 · 707 阅读 · 0 评论 -
跟着Seurat官网学空间转录组(10X数据集为例,包含细胞映射,无监督学习)
本教程演示如何使用 Seurat (>=3.2) 分析空间分辨的 RNA-seq 数据。虽然分析流程类似于用于单细胞 RNA-seq 分析的 Seurat 工作流程,但我们引入了更新的交互和可视化工具,特别强调空间和分子信息的整合。本教程将涵盖以下任务,我们相信这些任务对于许多空间分析来说都是常见的:正常化降维和聚类检测空间变化的特征交互式可视化与单细胞 RNA-seq 数据整合使用多个切片。原创 2023-05-30 23:48:38 · 3009 阅读 · 0 评论 -
Spateo工具使用指南(RNA分割)
使用核定位基因识别细胞核(在我们的例子中,我们将使用Malat1和Neat1基因)。使用未剪接的 RNA 识别额外的细胞核。[可选] 将细胞核标签扩展到细胞质。原创 2023-05-07 23:39:22 · 275 阅读 · 0 评论 -
跟着Seurat官网学空间转录组(Slide-seq数据集为例)
Slide-seq版本。原创 2023-05-31 18:04:04 · 1469 阅读 · 0 评论