生物工程
DNA晶体管
一种新的DNA测序技术将会导致我们对遗传学理解的一次革命,伊丽莎白·斯沃博达撰写。
自从人类基因组首次测序完成以来的10年里,揭示基因与单个病例间的联系的速度已经变慢(参见2010年10月的《科学美国人》上斯蒂芬·S·霍尔撰写的《延迟的革命》一文)。现在,很多科学家相信,基因组学的真正的进步不是来自“X基因导致Y疾病”这种简单的因果关系,而是建立在对数百万个基因组序列测序后,而进行的丰富的统计分析——这样的海量分析数据会揭示,我们的遗传密码如何与环境互作,使我们成为今天这个样子。
因此,这就需要一种低成本的测序技术,费用低于1000美元的那种。目前,测定一个基因组序列的费用在5000-15000美元之间,虽然比起最初的27亿美元已是很大的进步,但离1000美元的目标还很远。IBM和罗氏公司的研究人员正试图重新设计一种DNA测序仪,以达到这一目标。现有测序仪大小与洗碗机相当,在测定基因组序列时,需要使用昂贵的化学试剂来分析事先切成数千个的基因片段。一种称之为“DNA晶体管”的DNA测序仪,采用了一种返璞归真的测序方式:一个完整的DNA分子穿过硅芯片中央的一个直径为3纳米的小孔时,电子传感器一次识别DNA分子的单元或者碱基。
其他实验室已经试验过类似的纳米孔测序方法,但研究人员发现,很难控制DNA链穿过纳米孔的速度。IBM的研发团队利用DNA本身带负电的性质可以做到这一点。参与该项目的科学家古斯塔沃·A·斯托洛维茨基说:“我们认为,如果测序仪的纳米孔中用绝缘材料把金属薄层隔开,制成电极,那么电场就会与DNA发生互作。”电场会“抓住”DNA,将它固定在纳米孔中。当电场关闭,DNA会继续穿过纳米孔,但当下一个碱基到达测序位置时,电场又会自动出现。不断重复这一过程,直到整个DNA链穿过纳米孔。
这种技术不是一个扣篮(译者注:没有扣篮得分说明这种技术还不保险)。要想固定DNA,纳米孔就必须产生很强的电场。这需要在电极上施加很高的电压,但高电压会导致所谓的“介电击穿”,导致火花四溅和电场短路。由于纳米孔中的电极距离很近,这种现象特别容易发生。斯托洛维茨基说:“就好像你头顶的云层离地面很近时,你更容易被闪电击中一样。”目前,科学家正在寻找能承载更多电荷的电极材料。
尽管还存在这些问题,一些产业观察家仍认为,DNA晶体管会成为一种快速、低廉、高效的基因组测序技术。专门评估新型生物技术商业潜力的顾问布鲁斯·斯基安伯格说:“这种技术大大简化了测序步骤——它只是读取DNA的序列信息,它不需要昂贵的化学试剂或光学设备来识别荧光标记。测序速度将变得更快。”
在未来几年内,借助DNA晶体管技术的支持,测定一个全基因组的成本就能降到1000美元以内。斯托洛维茨基认为,借助这种设备,科学家更容易在基因、健康弱点和理想药物疗法间建立起联系。如果通过统计分析弄清楚了基因与疾病间的关系,制药公司就可以更精确地寻找目标药物,因为到了那时,他们就应该已经清楚新型药物的靶标集中的区域了。斯托洛维茨基指出了一个早前的成功案例——那些过度表达癌基因HER2的病人,服用一种治疗乳腺癌的药物——赫赛汀,后能终止肿瘤的生长。斯托洛维茨基说:“这样的例子一只手就可以数的过来(译者注:现在还不多的意思),我们很乐意看到这种的例子越来越普遍。”
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