视网膜血管分割代码(Pytorch实现)

最新推荐文章于 2024-09-20 21:30:39 发布
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分类专栏： python 文章标签： 图像处理 深度学习 算法 pytorch
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本文链接：https://blog.csdn.net/cos_lee/article/details/114075762
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简介：本文主要分享我在做视网膜血管分割深度学习算法的过程中，整理出来的一套视网膜血管分割代码。简单介绍一下，我的研究方向是计算机视觉（侧重于语义分割），主要做一些医学图像分割算法和偏工程的机器视觉部署方面的工作，具体研究课题是基于深度学习的视网膜血管分割算法研究。在这，把我的视网膜血管分割代码分享给大家，项目地址：

GitHub仓库地址：https://github.com/lee-zq/VesselSeg-Pytorch

该项目是基于pytorch深度学习框架实现的视网膜血管分割代码，包括数据预处理、模型训练、模型测试以及可视化等功能，可以在此基础上进一步研究视网膜血管分割算法。最近我把这套代码进行了重构和简化，在比较晦涩的地方也添加了注释，力求任何一个入门者都能看懂。当然也可能存在bug和表述不清的地方，也希望大家能提issue指明问题，我会尽可能快速debug并更新代码，不胜感激。Besides，Star⭐是我Git push的动力，后续我会搜集经典和SOTA的视网膜血管分割模型进行复现。

可视化分割示例：
DRIVE示例
CHASE_DB1示例
STARE示例

lee-zq
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DRIVE视网膜血管分割——基于像素点分割（BP网络和CNN网络）
Chaoy6565的博客
05-18 2245
视网膜血管分割是一种计算机视觉任务，旨在从眼底图像中分割出视网膜图像的血管。这个任务对于糖尿病视网膜病变等眼部疾病的早期诊断和治疗至关重要。视网膜血管分割的方法主要有两种：基于规则的方法和基于深度学习的方法。基于规则的方法通常需要手工设计特征提取器和分类器，而基于深度学习的方法则利用深度神经网络来自动地学习特征并进行分类。近年来，基于深度学习的方法在视网膜血管分割中取得了许多优秀的成果，成为当前的主流方法。
利用python深度学习神经网络预测五年内糖尿病的发生（全代码）
环湖数据科学知识共享平台
07-23 2620
各位朋友大家好，今天我们做一个深度学习神经网络的项目，预测五年内糖尿病的发生。神经网络但凡入门数据科学的人都知道，我觉得叫神经网络是从仿生学角度的命名，从数据科学角度我更喜欢称它为多层感知机（multi-layer perceptron）。对于初学者来讲，我们是首先推荐使用keras库的，因为keras的代码易懂性强，比TensorFlow更容易书写。这个项目用到的数据是糖尿病数据集，我在写代码时会把数据链接发给大家。 import os import pandas as pd os.chdir(r"G:
视网膜血管图像分割,视网膜血管图像分割算法,Python
09-10
基于CNN的视网膜血管图像分割，模型采用U-net架构搭建而成，使用keras作为框架，使用Tensorflow作为后端。使用python作为接口语言。
Vessel-wgan-pytorch:用生成的对抗网络实现《眼底镜中的视网膜血管分割》
05-15
船-维根-火炬 作者：谷玉超 电子邮件： 日期：2018-05-27 说明：该代码是的pytorch实现。 概述 数据 您可以从此服务器下载火车和测试数据。 您也可以在eyedata文件夹中找到数据。 前处理 该数据集包含20个训练图像，我的预处理的第一步是随机裁剪为512 * 512。 第二步是随机更改火车图像的亮度，对比度和色相。 我在代码中实现了此方法，因此可以方便地使用它。 此外，基于gan的生成视网膜图像的方法可以用作额外的数据源。 模型 训练 python train.py 如何使用 依存关系 此代码取决于以下库： Python 3.6 火炬 皮尔 结构体 vessel gan │ ├── eyedata # drive data │  ├── gycutils # my utils for data augmentation │  ├── Criterion.p
Pytorch实现U-net视网膜血管分割
lwf1881的博客
12-12 5132
网络结构 U-net是MICCAI2015的专门针对医学影像分割设计的网络结构，直到今天还是很好用，效果任然很好。网络的左半部分是Encode 部分，此部分将输入图像逐步下采样得到高层的语义信息。右半部分是Decoder部分，将Encode提取的语义特征逐步恢复为原始图像的尺寸，中间是跳跃连接，将下采样过程中提取到的不同level的特征加入到Decoder中，得到更好的分割结果。 完整训练代码和数据可以去我的github上面下载：https://github.com/SPECTRELWF/Semantic
眼底血管分割with an improved cross-entropy loss function.pdf
07-17
Retinal vessel segmentation of color fundus images using multiscale convolutional neural network with an improved cross-entropy loss function
视网膜血管分割pytorch代码
07-28
我在GitHub上找到了一个基于PyTorch实现的视网膜血管分割代码项目，该项目包括数据预处理、模型训练、模型测试和可视化等功能。这个项目的地址是https://github.com/lee-zq/VesselSeg-Pytorch。作者对代码进行了重构...
Unet眼底血管图像分割数据集+代码+模型+系统界面+教学视频.zip
02-17
然而，由于受眼底图像采集技术的限制以及视网膜血管自身结构的复杂性和多变性，使得视网膜血管的分割变得非常困难。传统方法依靠人工手动分割视网膜血管，不仅工作量巨大，极为耗时，而且受主观因素影响严重。通过...
Retinal-Vessel-Segmentation:用DenseNet在眼底镜图像中进行视网膜血管分割
05-09
Retinal Vessel Segmentation Author：zhiyu-Lin Date：2018-7-1 E-mail: Description: 眼底图像中视网膜血管的分割，数字图像处理大作业。 前言 随着近年医学设备和科技的发达，越来越多的医学图像被运用到病理诊断和医学研究当中去。其中视网膜图像是其中非常重要一类的医学图像，对于一些眼球疾病的预测和诊断有非常高的指导意义。 本篇报告讲述如何使用深度卷积神经网络对眼底图像进行视网膜分割。方法: 训练二分类分割神经网络和多分类分割神经网络（粗和细血管分二类），使用二分类网络结果图像指导增强原图像，使用多分类网络进行二次分割。结果: 实验结果表明，对于大部分眼底图像进行二次分割比一次分割得到的准确率更高，在测试集上的F1值达到0.8253。 环境 python>=3.5 pytorch==0.3.0.post4 torchvisi
retinal_blood_vessels_extraction:从视网膜眼底图像中提取血管
03-25
从视网膜眼底图像中提取血管 参见项目演示： 进行该研究项目是为了对视网膜图像中的血管进行比较研究。 视网膜血管的分割以及视网膜血管的不同形态属性（例如宽度，长度，分支模式，曲折度和角度）的描绘用于各种眼科和心血管疾病的筛查，治疗，诊断和评估例如糖尿病，动脉硬化，高血压和脉络膜新生血管形成。 对于视网膜图像镶嵌合成以及多峰或时间图像配准，已经使用了视网膜图的自动生成和分支点的提取。 脉管系统的自动检测和分析可以帮助眼科医生实施糖尿病性视网膜病变和糖尿病性黄斑水肿的筛查程序。 它还可以帮助研究高血压性视网膜病变与血管曲折之间的关系，计算机辅助激光手术以及与高血压诊断有关的血管直径测量。 为此项目执行了以下任务。 •受过训练的CNN架构（修改了著名的U-Net：用于生物医学图像分割的卷积网络），用于血管分割。 •通过AUC-ROC（接收器工作特性下的面积）性能测量指标来测量视网膜血管分割性能
u-net眼底图像血管分割keras，kaggle竞赛代码修改版
10-19
修改后，输入图像可以是任何大小要求jpg格式，如果不是要修改resize文件，需要基于keras（这个很好装的），图像放入指定文件，然后运行就可以了，输出在test里面，输出图像改为输出血管结果图像，且只能应用于测试，亲测对一般眼底图像数据库分割效果都很好。有问题或不能运行戳我。
Opencv-python（cv2）图像读取、显示与保存(眼底视网膜血管）
panqihuan33的博客
03-06 849
Opencv-python（cv2）图像读取、显示与保存 这位博主已经说得很详细了，把经常容易忽略错误已经说得很详细了。下面就说一下我打开图像时候出现得一些错误。先看代码： import cv2 image = cv2.imread(r'DRIVE/training/images/21_training.tif')#读取图片 blue,green,red = cv2.split(image)#分离蓝，绿，红，三个通道 cv2.imshow('original',image)#显示图片 cv2.imshow(
论文复现之医学图像应用：视网膜血管分割
Francis的博客
03-02 7837
论文复现之医学图像应用：视网膜血管分割0.导语今日研究为继续上次论文中的一个内容：U-Net网络，于是找了一篇经典论文，并学习论文及代码解读。在学习U-Net网络后，使用...
采用Segmentation Transformer（SETR）（Pytorch版本）训练CityScapes数据集步骤
一只大憨憨的博客
05-08 5646
官方的Segmentation Transformer源码是基于MMSegmentation框架的，不便于阅读和学习，想使用官方版本的就不用参考此博客了。 这里采用的是GitHub上某大佬复现Segmentation Transformer的版本 Segmentation Transformer 源码下载链接https://github.com/gupta-abhay/setr-pytorch，此源码缺少训练脚本 我将SETR网络模型去替换了DeepLabV3的网络模型，有关DeepLabV3模型的..
深度学习实战（十）：使用 PyTorch 进行 3D 医学图像分割
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与君共勉，一起学习
06-21 1万+
MedicalZoo论文： Deep learning in medical image analysis: a comparative analysis of multi-modal brain-MRI segmentation with 3D deep neural networks 代码已开源：MedicalZooPytorch  深度网络在计算机视觉领域的兴起，为经典的图像处理技术表现不佳的问题提供了最先进的解决方案。在泛化的图像识别任务中，包括物体检测、图像分类和分割、活动识别、光流和姿势估计等问
FCN实现语义分割-Pytorch（三）
sunxiaojun
04-17 3916
##3.4、验证（Validation） 当我们在训练集上指标表现良好时，需要使用验证集来检验一下训练的结果是否存在过拟合现象。 ###3.4.1、模型与参数的保存 模型的训练可能是一个漫长的过程，在模型训练过程中，以及模型训练完成准备发布时，我们需要保存模型或模型参数，以便在此基础上继续训练，或者把训练好的模型发布上线。 # 保存模型 torch.save(net, './fcn8s.pth') # 保存模型参数 torch.save(net.state_dict(), './fcn8s.pth') #
Pytorch语义分割准确率计算
JINGXINGE的博客
04-10 681
import numpy as np class Evaluator(object): def __init__(self, num_class): self.num_class = num_class self.confusion_matrix = np.zeros((self.num_class,)*2) def Pixel_Accuracy(self): Acc = np.diag(self.confusion_matrix).su
深度学习-图像处理篇1.1-1.2神经网络
最新发布
凯的博客
09-20 88
对彩色RGB图像进行卷积1.卷积核的通道数与输入特征层的通道数相同2.卷积输出的特征矩阵通道数与卷积核个数相同。
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