生物信息
Ethan Chen
这个作者很懒,什么都没留下…
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windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵)
1、下载blast+程序2、下载nr数据库,也可选择下载nt数据库或其他数据库,操作一样。3、修改环境变量并本地化blast程序4、将自己的序列与数据库文件对比,生成pssm矩阵5、通过python程序批量生成pssm矩阵原创 2019-03-28 22:16:33 · 4984 阅读 · 19 评论 -
psiblast生成pssm矩阵及psiblast参数详解
PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对:一般用来生成pssm打分矩阵其常用命令有USAGEpsiblast [-h] [-help] [-import_search_strategy filename][-export_search_strategy filename] [-db database_name][-dbsize num_letters] [-gili...原创 2019-03-28 22:42:20 · 13780 阅读 · 24 评论