windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）

最新推荐文章于 2024-04-22 20:30:30 发布
最新推荐文章于 2024-04-22 20:30:30 发布
阅读量4.9k 收藏 35
点赞数 3
分类专栏： 生物信息 文章标签： blast windows pssm NR
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/cpc784221489/article/details/88879650
版权

本文的主要内容分为

1、下载blast+程序

2、下载nr数据库，也可选择下载nt数据库或其他数据库，操作一样。

3、修改环境变量并本地化blast程序

4、将自己的序列与数据库文件对比，生成pssm矩阵

5、通过python程序批量生成pssm矩阵

一、下载blast+程序 (#mark1)

从 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载blast+程序
或者进入NCBI输入blast进入界面
在这里插入图片描述

最低0.47元/天 解锁文章
Ethan Chen
关注
  • 3
    点赞
  • 踩
  • 35
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 19
    评论
专栏目录
本地化blast及应用测试.pdf
11-12
本地化blast及应用测试 本地化blast及应用测试是生物信息学领域中的一个重要工具，主要用于蛋白序列比对和核酸序列比对。下面是关于本地化blast及应用测试的详细知识点： 一、简介 本地化blast是一种生物信息学...
blast命令
Curry_chenhu的博客
10-21 4446
蛋白质序列比对蛋白质数据库（blastp） blastp -query seq.fast -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_des criptions 10 -num_threads 8 核酸序列比对核算数据库（blastn） blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thread
【生信学习笔记】--nr/nt 数据库（总+子）构建
parkzx的博客
06-01 6260
nr/nt 数据库（总+子）构建(linux)
如何手动拆分Nr数据库（持续更新）
最新发布
weixin_52590176的博客
04-22 1127
Nr 库是生信分析中可能使用到的，但是文件较大，而且可能分析仅仅是针对某个物种分析，并不需要对所有种类的生物分析，如果利用整个Nr库进行分析，则可能耗费太多时间，所以有必要拆分Nr库，因此这里介绍了在linux中如何拆分Nr文件
NCBI下载nt/nr/swissprot库
weixin_44616693的博客
11-24 1万+
NCBI下载nt/nr/swissprot库 1. 确定你要下载文件的位置 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 2. 进行下载 方法一：使用wget，nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 2>&1 & 方法二：使用ascp，nohup /path/.aspera/connect/bin/ascp -v -QT -l 400m -k1 -i /path
对测序返还结果进行处理，并进行批量blast
weixin_30446197的博客
12-08 1565
引言 背景介绍 因为实验室用的seqHunter年代太老了，而且最近需要进行很多扩增，测序，所以考虑搭建一个简单的批量化处理流程。 软件 python Windows下的cmd命令 ncbi的blast+ 步骤 blast+的本地化搭建 在ncbi网站上下载blast+（好像blast+的运行需要JAVA环境） 安装 新建db文件夹作为数据库文件夹 input和output作为输入输出文...
让你轻松搞定在线blast
m0_37680131的博客
03-10 361
注：下面在root管理员账户下完成，普通用户无法操作。安装bioconda。
Blast生成蛋白质序列位置特异性矩阵-PSSM矩阵详细版
Daisy4的博客
10-16 5777
在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。 1.下载安装 网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 2.正常运行安装 此处并不产生任何快捷方式，不要反复下（都是踩过的坑）。 会产生一个blast文件夹 3.cmd-运行-powershell cd指令进入blast 或者 在blast中shift键+右击，进入powershell 4.下载数据库 网址：​..
Windows下本地blast安装方法.docx
07-06
Windows下本地blast安装方法
序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf
05-19
序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pdf
大数据-算法-昆虫基因数据库平台的构建及其关键技术的研究.pdf
04-19
《大数据-算法-昆虫基因数据库平台的构建及其关键技术的研究》 该研究主要关注的是在大数据背景下，如何构建昆虫基因数据库平台以及在这个过程中所涉及的关键技术。大数据在此领域扮演着核心角色，因为它涉及到海量...
序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx
05-09
序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx序列比对基础与BLAST入门打分矩阵.pptx
使用Blast本地数据库获得PSSM特征矩阵
Javis486的专栏
04-08 4555
1.下载数据db文件 这次主要用到2中类型的蛋白质数据nr和nt，下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db，由于nr和nt比较大，建议使用迅雷下载分割的小文件(nr64个,nt45个)，如nr.00.tar.gz 2.解压所有的.gz文件 可以使用通配符解压(不知为何中途出错)， tar -xzvf *.gz 也可以使用脚本命令解压，下面给出pyt
BLAST原理和用法总结(二）
withbeginner的博客
04-12 6306
LINUX生物信息技术课程笔记，BLAST本地和网页用法，原理见另一篇文章
BLAST（2004版）本地化安装与使用，生成PSSM打分矩阵
u013313168的专栏
01-02 3648
BLAST（2004版）本地化安装与使用，生成PSSM打分矩阵 一、软件安装        1、软件下载：该软件目前已更新到2.3.0+（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/），我使用的是师姐给的2004年2.2.9版（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/rel
BLAST原理和用法总结（一）
withbeginner的博客
04-12 1万+
linux生物信息技术课程笔记
一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
11-17 1万+
背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblast db：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih...
本地BLAST的使用方法及基本操作步骤
热门推荐
keepaware的博客
07-26 3万+
网页版BLAST的功能很强大，但是有时候使用本地版BLAST才能更方便快捷地达到我们的目的。本地BLAST的优点有很多，当查询序列很多需要进行批量BLAST或是网上没有自己需要的序列时本地BLAST就是更好的选择，并且本地版的安全性会更高，也不需要网络支持，可以自己设置BLAST数据库，因此若是需要的话可以选择使用本地BLAST，但是要注意本地BLAST建库需要的空间可能比较大。
ncbi-blast 本地安装
weixin_30565327的博客
08-15 3546
详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你...
如何批量获得PSSM矩阵
06-09
要批量获取PSSM矩阵，您需要进行以下步骤： 1. 收集您要获取PSSM矩阵的蛋白质序列。 2. 使用一个PSSM生成软件，例如PSI-BLAST、HHblits或者Jackhmmer，来生成PSSM矩阵。这些软件都能够批量处理多个蛋白质序列。 3. 将生成的PSSM矩阵保存到文件中，以备后续使用。 请注意，不同的PSSM生成软件可能会产生略微不同的PSSM矩阵。为了确保结果的准确性，您应该选择一个可靠的软件，并根据需要进行参数调整，以获得最佳的PSSM矩阵。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 19
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值