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RSS订阅原创 20180510 CentOS7(原gcc-4.8.5) gcc-4.9.3 安装
遇到问题： gcc-4.9.3无法使用./contrib/download_prerequisites脚本自动安装依赖组件解决方法： 下载组件后拷入gcc-4.9.3目录下进行手动安装 （下载好的组件已经打包放在我的下载页面里了） 不用./contrib/download_prerequisites脚本注意事项： 1. 下载解压后按 ./configuration...
2018-05-10 21:38:18
1182
原创 20180324
1. CentOS7设置终端快捷键设置-键盘2. 切换root用户su 3. Yum源的替换和添加mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backupcurl http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo >> /etc/yum.repos....
2018-03-24 10:58:16
315
翻译 SRA Toolkit - prefetch
SRA Toolkit: prefetchSRA Toolkit Documentation Back to List of the Tools Tool: prefetchUsage:prefetch [options] Frequently Used Options:General:-h | –help Displays ALL options, general usage, and
2017-10-28 19:40:57
11155
原创 Xbrowser远程连接显示灰屏
问题：本地win10用xbrowser连接ubuntu14.04 server时， 尝试xfe4桌面，Gnome， mstsc远程桌面全都不好用解决办法：直接换用Xming 参考网址： http://www.zw1840.com/blog/zw1840/2008/10/putty-xming-linux-gui.html启示：问题实在无法解决时，降低标准，满足基本需求。一个工具不好用时，换其他
2017-09-23 16:43:44
2667
转载 BLAST中的E值(E-value)
dotplot中提到的概念：E-value.表明在随机的情况下，其它序列与目标序列相似度要大于S值的可能性。所以它的分值越低越好。E值的计算：（某处公式为MEAN/SD，应该是不对的，说不通）E=K*m*n*(e-lambda*S)其中，K和lambda与数据库和算法有关，是个常量；m代表目标序列的长度，n代表数据库的大小，S就是前面提到的S值。
2017-07-13 17:05:00
12269
原创 RODBC安装报错
问题：在WIN的Rstudio中安装RODBC包提示：unable to access index for repository r解决方法： 切换到32位R安装分析： 兼容性？
2017-07-10 10:18:43
859
原创 easy_install 提示错误
问题：easy_install -m adm Traceback (most recent call last): File “/usr/bin/easy_install”, line 11, in load_entry_point(‘setuptools==36.0.1’, ‘console_scripts’, ‘easy_install’)() File “/usr/l
2017-06-27 09:25:10
1751
原创 python-pip工具的安装
yum -y install pip提示错误解决方法：先安装epel扩展源 sudo yum -y install epel-release再安装pip yum -y install python-pip注意都是在root权限下进行的
2017-06-26 10:48:25
455
原创 执行linux中bin目录下的程序
问题：直接输入bin目录下的list.modules后，提示can not found commands解决方法：chmod +x filename/bin/list.modules注意这里chmod +x 为固定语法， 后面的文件名和命令为绝对路径分析： 通过chmod赋予文件执行权限 目前只能用绝对路径可能是因为环境变量没有配置好
2017-06-26 09:17:32
1532
转载 解决Can’t locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC
http://www.ttlsa.com/perl/solution-cant-locate-extutilsmakemaker-pm-in-inc/ 在安装perl的模块时候，出现这个错误：Can’t locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC解决方法如下：cd /rootwget http://files.directadmin.com/services/9.0
2017-06-24 08:37:47
1534
转载 Linux安装 VMware tools 工具
http://jingyan.baidu.com/article/d5a880eb92227a13f147cc05.html1. mkdir /mnt/cdrom2. mount /dev/cdrom /mnt/cdrom/3. cd /mnt/cdrom/4. cp VMwareTools-7.8.4-126130.tar.gz /tmp5. cd /tmp/6. tar zxvf VM
2017-06-22 11:27:25
297
原创 Linux 分区挂载
问题： 1. mount /dev/sdb1 mnt挂载时提示错误如下： can not find /dev/sdb1 in /etc/fastab解决方式： mount /dev/sdb1 /mnt分析原因： 挂载目录的路径不对，加上/就好了方法： 用umount /mnt 来删除刚才的挂载不过感觉这个方法仅仅适合/mnt下只有一个挂载的情况
2017-06-17 09:08:08
538
原创 GE凝胶成像 AI600
欢迎来到数字工业时代 | GE China http://www.ge.com/cn/AI 600——帮您告别暗室和X胶片AI600,凝胶成像,GE解决方案_中国化工仪器网 http://www.chem17.com/Tech_news/Detail/780529.html您是否还在暗室里苦苦的摸索——反复曝光、显影、定影、洗片、失败、再曝光、显影、定影、洗片，甚至重新抽提蛋白…… 如
2017-03-22 11:54:40
3593
原创 SMAT,PACbio
PacBio PacBio测序平台基于其独特的单分子实时测序技术（Single Molecule Real Time，SMRT），通过其超长读长，均一的覆盖度，高度的一致性准及确性提供无与伦比的遗传信息深度解析。该技术帮助科学家获得超越碎片化的基因组草图，得到最完整的从头组装结果，已经使许多极富挑战性的基因组学研究成为可能。Pacific Biosciences Pacific Bioscie
2017-03-22 11:48:45
1128
转载 配置Xmanager连接Ubuntu 14.04远程桌面
配置Xmanager连接Ubuntu 14.04远程桌面 - jwq2011的专栏 - 博客频道 - CSDN.NET http://blog.csdn.net/jwq2011/article/details/54970540
2017-03-22 11:14:44
7494
原创 github提交
git remote add origin https://github.com/Marysgithub/rstudio-demo.git链接远程库 备选，建好后不用rstudio-demo切换到远程仓库目录下git push origin master提交当前mastergit add + 待提交的多个文件5.git commit -m “add 5 files” #注释
2017-03-16 14:26:34
411
原创 linux下环境变量的设置
什么是环境变量？简单说，就是指定一个目录，运行软件的时候，相关的程序将会按照该目录寻找相关文件。 设置变量对于一般人最实用的功能就是： 不用拷贝某些dll文件到系统目录中了，而path 这一系统变量就是系统搜索dll文件的一系列路径在Linux系统下，如果你下载并安装应用程序，很有可能在键入它的名称的时候出现 “command not found ” 的提示内容。 如果每次都到安装目录文件夹内
2017-03-13 14:47:41
347
原创 Bioinfo excerise 20170309-1
1.批量建立文件touch tmp_{1..10}.txt注意大括号内是两个点，不是三个点！结果：一次性建立如下共10个文件 tmp_1.txt tmp_5.txt tmp_9.txt 2.查找当前目录下包含某一字符的文件find ./ -name "*_*"结果： 所有带_的文件就显示了 /ucsc_cds ./tmp_9.txt ./tmp_3.txt ./uc
2017-03-09 13:49:55
367
原创 Rstudio server 的github绑定
参考资料1.安装gitsudo apt-get install git2.生成密钥ssh-keygen -t rsa3.将.ssh目录下pub结尾的文件打开，将密钥输入github的setting里 创建新项目4.绑定项目~ cd /home/conan/R/github~ git init~ git add .~ git commit -m 'first comment'~ git r
2017-03-08 15:20:04
588
原创 Ubuntu14.04 下配置eclipse等IDE
目的： 在Ubuntu Server上实现R, python, java等的IDE方法： Rstudio 之前博客发过了 Ubuntu 16.04 安装和使用 R和R studio - Cs_mary的博客 - 博客频道 - CSDN.NET http://blog.csdn.net/cs_mary/article/details/54811968Eclipse 这篇很详细，重点看JDK的
2017-03-08 08:31:33
493
原创 Ubuntu 环境下 vim 打造成 IDE
入门用这个教程 一个小博客教你把vim用飞起来 - 逝雪 - 博客园 http://www.cnblogs.com/songfy/p/5635757.html配置基本的展示形态首先, 我们建立目录存放我们的主题 mkdir -p ~/.vim/colors这个目录就是给我们存放主题用的, 我们用什么主题呢? 这里我们采用molokai这个主题, 当然如果读者愿意用别的主题, 也是可以的,
2017-03-06 20:11:47
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原创 linux命令
1.如何实时查看linux下的日志 - lclc - 博客园 http://www.cnblogs.com/lcword/p/5917395.htmlcat /var/log/*.log2.linux下文件夹的创建、复制、剪切、重命名、清空和删除命令 - zengjs - 博客园 http://www.cnblogs.com/zengjs/p/3169473.html文件改名： mv 源文件
2017-03-05 17:24:26
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原创 RNA-seq experiment
需要下载的RNA-seq的数据： https://www.ncbi.nlm.nih.gov//sra/?term=SRP029245 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP029245 ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/S
2017-03-03 18:35:46
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原创 KPGP0001初步处理
KPGP0001个体的全基因组测序数据：代码解析ls *gz |xargs ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc -t 10大多数 Linux 命令都会产生输出： 文件列表、字符串列表等。 如果要使用其他某个命令并将前一个命令的输出作为参数该怎么办？ 例如，file 命令显示文件类型（可执行文件、ascii 文本等）； 你能处理输出，使其仅显示文件名，目前你希望将这些
2017-03-03 10:55:12
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原创 fastqc
1.下载 fastqc下载地址2.unzip解压fastqc的zip压缩文件。里面有个fastqc的文件，就是fastqc的程序了。3.使用 用fastqc -o output dir [-(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN的命令让它进行质量控制。-o是用来指定输出文件的目录，注意
2017-03-03 10:39:39
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原创 TreeFam数据库
TreeFam: Home page http://www.treefam.org/[博士论文] Treefam数据库的建立_百度文库 http://wenku.baidu.com/link?url=4NR5N6TwlUyynORtiK_FrXkxPMQbm5BxKBYOx5cdSDOCWxXAuE24Dr3nrEcifgcJkHSFAf0Ihl8SBtfFDXEmAepSe3ya8icaHv1
2017-03-03 10:00:34
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原创 In-VitroCell ES NU-5810 Direct Heat 7 ft3 (200L) CO2 Incubator with Dual Sterilization Cycles
CO2 Incubator NU-5810The In-VitroCell ES (Energy Saver) NU-5810 Microbiological CO2 Incubator features a 145°C dry sterilization cycle 干灭菌循环 and 95°C humidified decontamination cycle 湿去污循环 as an
2017-03-02 15:20:33
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原创 whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记5 全基因组测序数据的变异位点
变异为什么是相对的？有的变异现象是由于生殖细胞内的遗传物质的改变引起的，因而能够遗传给后代，属于可遗传的变异。 可遗传的变异有三种来源：基因突变，基因重组，染色体变异。由于DNA分子中发生碱基对增添、缺失或改变，而引起的基因结构的改变，就叫做基因突变，特点是普遍，随机，频率低，多有害，不定向基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因的重新组合。基因的自由组合定律告诉我们，在生物体
2017-03-02 09:16:26
15226
原创 Mean ± SEM or Mean(SD)
1. The common descriptive statistics is mean and standard deviation (SD) SD 平均值和标准偏差Data not following the normal distribution, it is median and range 适用的数据不遵循正态分布，是个中位数和范围2. mean and standard erro
2017-03-01 16:10:54
8031
原创 Infinite® M1000 PRO - top class microplate reader with premium Quad4 Monochromators™ 光栅
Infinite® M1000 PROOutstanding flexibility, sensitivity and speed at a glance:Multi-channel absorbance AlphaScreen® and AlphaLISA® technology Fluorescence intensity (FI) top reading, including TRF a
2017-03-01 09:28:58
442
原创 whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记4 变异位点注释数据库
linux下如何使用sftp命令 sftp> get /var/www/fuyatao/index.php /home/fuyatao/ 这条语句将从远程主机的 /var/www/fuyatao/目录下将 index.php 下载到本地 /home/fuyatao/目录下。sftp> put /home/fuyatao/downloads/Linuxgl.pdf /var/www/fuya
2017-02-28 09:07:13
3139
原创 初始化github
1.安装Git，使用命令 “sudo apt-get install git”我的已经安好了，就不用安装了生成key 生成ssh key，使用命令 “ssh-keygen -t rsa -C “[email protected]””，your_email是在github上注册用的email2.检查key是不是已经存在， 打开一个终端，并输入以下命令： $ ls -al ~/.ss
2017-02-27 16:09:39
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原创 R studio server 使用中的问题及解决
1.问题： 安装xlsx packages 时报错： Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R. If in doubt, re-run “R CMD javareconf” as root.ERROR: configuration failed for package ‘rJ
2017-02-27 11:36:31
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原创 linux 下安装python最新版如3.6.0 及调用2.7.6和3.6.0
参考资料 Linux 下编译安装 python3和上一条对照比较使用Linux 下切换 python3.6.0和2.7.6python3.6.0 下载（Linux）
2017-02-27 09:01:55
604
原创 Imitation- Seahorse genome
sourceAbstract report the sequencing de novo assembly of the genome 比较分析得出进化速率 Comparative genomic analysis: identifies higher protein and nucleotide evolutionary rates compared with other teleost
2017-02-27 08:55:38
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原创 Lenovo ThinkStation P710
旗舰机型ThinkStationP910、高端机型ThinkStationP710、P510以及基础级工作站P310。ThinkStationP710 联想ThinkStation P710（E5-2603 V4/16GB/1TB） ZOL报价 RMB16,000产品类型： 塔式工作站 主板芯片组： Intel C612 CPU型号： Xeon E5-2603 V4 标配CPU数量： 1颗
2017-02-26 17:20:02
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原创 whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
test datareference data: hg19<-NCBIGRCH37<-UCSCensembl 75<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &tar
2017-02-25 17:46:42
2379
原创 Imitation: Seahorse genome
sourceAbstract report the sequencing de novo assembly of the genome Comparative genomic analysis: identifies higher protein and nucleotide evolutionary rates compared with other teleost fish genomes
2017-02-22 18:19:32
464
gcc-4.9.3 安装依赖组件 (以此为准)
2018-05-10
gcc-4.9.3 安装依赖组件
2018-05-09
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