TreeFam数据库

最新推荐文章于 2023-09-21 23:09:35 发布
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分类专栏： BioInfo
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TreeFam: Home page http://www.treefam.org/

[博士论文] Treefam数据库的建立_百度文库 http://wenku.baidu.com/link?url=4NR5N6TwlUyynORtiK_FrXkxPMQbm5BxKBYOx5cdSDOCWxXAuE24Dr3nrEcifgcJkHSFAf0Ihl8SBtfFDXEmAepSe3ya8icaHv1POePu3AK

算法：
1.约束邻接法：高效重构整个进化树而不改变子树的拓扑结构 可保留人工校正结果
2.叶节点重排算法：保证叶节点以接近指定的顺序在平面排列 可让相似的树实现相似的平面视觉效果
3.推断基因倍增和缺失算法：物种树多分岔的情况
4.树合并算法：结合多棵从同一序列集构造的基因树 通过减少可推断出倍增，缺失事件和选择较高的自展支持 构建出一棵超越所有备选树的最优树

简约法和最大似然法不能取代距离法

Cs_mary
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同源基因查找软件OrthoMCL的使用
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Imitation- Seahorse genome
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orthofinder直系同源蛋白分析及结果处理
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生物序列处理神器--bioawk
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Mean ± SEM or Mean(SD)
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