虽然使用Ports Collection编译和安装软件非常简便，然而仍有两个理由来使用手工编译安装方式。一方面是Ports Collection中并不能涵盖所有的软件，有很多软件没有收入Ports Collection中。有很多原因使得一些很优秀的软件没有被收集入Ports Collection，例如，版权因素，或者没有志愿者对它移植到FreeBSD进行维护。另一方面，即使是通过Port来定制软件，仍需要了解了手工编译安装的过程和各种编译工具的使用，才能正常进行定制工作。
通常在FreeBSD下编译并安装应用程序并不困难，因为FreeBSD是一种非常标准的Unix，为Unix开发的标准C程序很容易就能在它上面编译运行。
编译和软件工具
为了编译和安装一个应用程序，必须要了解编译和运行软件的一般方法。对于大型程序和要求高效率的软件，通常用高级语言C来开发，使用C语言编译器将C源程序编译成执行程序。由于使用高级语言不依赖于硬件结构，这使得软件非常容易移植。Unix不仅提供了编译器，而且还提供了众多的工具来帮助进行编译和维护，最有用的工具为make。
GNU C与编译连接过程
C作为一种编译型的高级语言，这就是说运行C程序之前要将其先编译成可执行的由机器指令构成的执行程序，因此就需要使用一个编译器来对C源代码进行处理，FreeBSD使用的是GNU的C编译器。
$ cc hello.c
$ ./a.out
Hello, world!
UNIX下缺省使用a.out作为生成的文件名，可以使用-o参数指出生成的执行文件名。
事实上前面的编译生成执行文件的过程由两步组成，一是生成目标文件，通常使用.o为后缀，然后进行连接生成执行文件。因此，可以使用ar将多个目标文件组合成一个函数库文件，而可以使用nm来查看库文件的内容。
$ cc -c f1.c
$ cc -c f2.c
$ ar c mlib.a f1.o f2.o
$ nm mlib.a
FreeBSD使用的C语言编译器gcc是一种非常流行的，多平台、高效率的C语言编译器，它提供了多种选项用于生成应用软件。以下为常用的一些选项：
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