P1140 相似基因

题目背景

大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了44种核苷酸，简记作A,C,G,TA,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9(−3)+5+5+(−2)+(−3)+5+(−3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14(−3)+5+5+(−2)+5+(−1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入输出格式

输入格式：

 

共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,TA,C,G,T四个字母。1 \le1≤序列的长度\le 100≤100。

 

输出格式：

 

仅一行，即输入基因的相似度。

 

输入输出样例

输入样例#1： 复制

7 AGTGATG
5 GTTAG

输出样例#1： 复制

14

状态定义可以很快想出来.即用 f[ i ][ j ] 表示匹配到前一个DNA序列的 第 i 个和第二个DNA串的 第 j 个的最大相似度.

然后前导状态也很容易想:

1.  f [ i-1 ][ j-1 ]  此时即用当前两个DNA排在一起. 加上这两个的相似度.

2.  f [ i-1 ][ j ] 此时即 前一个DNA序列的第 i 个和空格匹配.

3.  f [ i ][ j-1 ] 此时即 后一个DNA序列的第 j 个和空格匹配.

 

#include<iostream>
#include<vector>
#include<climits>
#include<queue>
#include<string>
#include<algorithm>
using namespace std;
string s1 = "";
string s2 = "";
int a[26][26];
int res[105][105];
int main()
{
	int n, m;
	cin >> n >> s1 >> m >> s2;
	for (int i = 0; i < n; i++)
	{
		for (int j = 0; j < m; j++)
		{
			res[i][j] = -1000000;
		}
	}
	a[0][0] = a['C' - 'A']['C' - 'A'] = a['T' - 'A']['T' - 'A'] = a['G' - 'A']['G' - 'A'] = 5;
	a['G' - 'A']['C' - 'A'] = a['C' - 'A']['G' - 'A'] = -3;
	a['A' - 'A']['C' - 'A'] = a['C' - 'A']['A' - 'A'] = -1;
	a['A' - 'A']['G' - 'A'] = a['G' - 'A']['A' - 'A'] = -2;
	a['A' - 'A']['T' - 'A'] = a['T' - 'A']['A' - 'A'] = -1;
	a['C' - 'A']['T' - 'A'] = a['T' - 'A']['C' - 'A'] = -2;
	a['G' - 'A']['T' - 'A'] = a['T' - 'A']['G' - 'A'] = -2;

	a['Z' - 'A']['A' - 'A'] = a['A' - 'A']['Z' - 'A'] = -3;
	a['G' - 'A']['Z' - 'A'] = a['Z' - 'A']['G' - 'A'] = -2;
	a['Z' - 'A']['T' - 'A'] = a['T' - 'A']['Z' - 'A'] = -1;
	a['Z' - 'A']['C' - 'A'] = a['C' - 'A']['Z' - 'A'] = -4;
	res[0][0] = a[s1[0] - 'A'][s2[0] - 'A'];
	int tmp[105];
	tmp[0] = a[s1[0] - 'A']['Z' - 'A'];
	for (int i = 1; i < n; i++)
	{
		res[i][0] = max(tmp[i-1] + a[s1[i] - 'A'][s2[0] - 'A'], res[i][0]);
		res[i][0] = max(res[i - 1][0] + a[s1[i] - 'A']['Z' - 'A'], res[i][0]);
		tmp[i]=tmp[i-1]+ a[s1[i] - 'A']['Z' - 'A'];
	}
	tmp[0] = a[s2[0] - 'A']['Z' - 'A'];
	for (int i = 1; i < m; i++)
	{
		res[0][i] = max(tmp[i - 1] + a[s2[i] - 'A'][s1[0] - 'A'], res[0][i]);
		res[0][i] = max(res[0][i-1] + a[s2[i] - 'A']['Z' - 'A'], res[0][i]);
		tmp[i] = tmp[i - 1] + a[s2[i] - 'A']['Z' - 'A'];
	}

	for (int i = 1; i < n; i++)
	{
		for(int j=1;j<m;j++)
		{
			res[i][j] = max(res[i][j], res[i - 1][j - 1] + a[s1[i] - 'A'][s2[j] - 'A']);
			res[i][j] = max(res[i][j], res[i][j - 1] + a['Z' - 'A'][s2[j] - 'A']);
			res[i][j] = max(res[i][j], res[i - 1][j] + a[s1[i] - 'A']['Z' - 'A']);
		}
	}
	cout << res[n - 1][m - 1] << endl;
	return 0;
}