模序联配问题

模序联配问题

寻找一条穿过编辑图的最长的块路径。

输入：两条序列u和v，并划分成大小为t的模序

输出：u和v的具有最大联配得分的模序联配，即：穿过编辑图的最长块路径。

考虑(n/t) * (n/t) 块对，每对块定义编辑图中的一个正方形区域，同时对每对模序计算联配得分βi,j。

Si,j表示U的前i个模序与v的前个模序之间的最优模序联配得分。那么：

σblock  是插入或删除整个模序的罚分。

Si,j=max{ Si-1,j - σblock   ,Si,j-1 - σblock       ,Si-1,j-1 +βi,j }

 当t大约为logn时，通过四个俄罗斯人技术，代替构建来自于U和V中所有模序对的(n/t)*(n/t)最小联配，同时我们将构建所有成对的由t个核苷酸组成序列的(4^t)*(4^t)的最小联配，同时将它们的联配得分储存到大查找表中，笔者理解为核苷酸只有4种，将长度为t的4种核苷酸所有可能组合列入查找表中。则：

Si,j=max{ Si-1,j - σblock   ,Si,j-1 - σblock       ,Si-1,j-1 +Sorce(V的第i模序,U的第j模序) }