Demomwu的博客

这一次的问题是：分析单细胞转录组一定要用R包吗？之前在 差异分析及可视化 中使用monocle的plot_cell_clusters函数画出了PBMC的第4和第10群两种不同T细胞的差异。那么这个分析一定要用包装好的R包吗？不是的，即使不使用别人做的R包，自己也能利用作图原理画出来图片问题的重点不在使用什么包，而是做出这个图的原理是什么就上面这个图而言，为了分群，首先要有一个表达矩阵，还要设置分群信息（例如上面我们就明确知道要分成两群），然后还要进行PCA的线性降维和tSNE进一步非线性降维。有了这

小提琴图没有有些群没有出现小提琴只有点点，是由于0值比例太多，一个关键的参数scale = "width"导致了这种局面，应加上上述参数ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =1, trim = TRUE) + geom_jitter()+ theme_bw()adjust参数可以调整腰的粗细，eg：ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale