Seurat3.0小提琴图腰围的参数

最新推荐文章于 2024-01-15 23:30:46 发布
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小提琴图没有有些群没有出现小提琴只有点点，是由于0值比例太多，

一个关键的参数scale = "width"导致了这种局面，应加上上述参数

ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =1, trim = TRUE)  + geom_jitter()+ theme_bw()

adjust参数可以调整腰的粗细，eg：

ggplot(p
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玥落塵寰
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scrnaseq_celltype_prediction:根据Seurat FindMarker数据预测集群的细胞类型
04-07
cPred：根据标记物质量预测细胞类型 根据表达式值预测群集的单元格类型。 用法（Seurat） 下载analyseMarkers.py脚本并在您的输出文件上运行它。 如果您有一个包含每个簇的标记基因的列表（ list(clusterID0=..., clusterID1=...) ），那么获取表达值和兼容数据框的最佳工作流程是：在R / Seurat中运行以下命令生成包含标记基因值和表达数据（代码尚未测试...）的数据框的脚本： makesummary = function(a, suffix) { out = {} out["num"] = length(a) if (length(a) == 0) { f = c(0,0,0,0,0) meanA = 0 } else { f = fivenum(a) meanA = mean
在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程
09-14
主要介绍了在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程，本文给大家介绍的非常详细，具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下
Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南
05-28
苏拉特对RNA的速度 罗勒·库德（Basil Khuder） 介绍 本指南将演示如何结合RNA Velocity分析使用已处理/标准化的Seurat对象。 请记住，尽管Seurat是基于R的，但是所有可用的RNA Velocity软件/软件包都是Python，因此我们将在两者之间来回移动。 我们将使用以下程序： scVelo （用于RNA速度） Velocyto或Kallisto Bustools （产生我们最初的RNA Velocity Object） Anndata （用于操纵我们的RNA Velocity对象） 苏拉特 Samtools-可选（Velocyto将在未排序的.bam上运行Samtools排序） 生成Loom文件 首先，我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件（一种为基因组数据集（例如单细胞）设计的文件格式）。 织机文件不同于您在Seura
cellxgene_VIP：使cellxgene能够以高分辨率SVGPNG格式生成小提琴，堆叠的小提琴，堆叠的条形图，热图，火山，嵌入，点，轨迹，密度，2D密度，sankey和双基因图。 它还执行差异基因表达分析，并提供命令行界面（CLI），供高级用户使用python和R执行分析
02-10
cellxgene VIP释放了数百万个细胞规模的交互式可视化，绘图和分析scRNA-seq数据的全部功能 自2009年首次进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究以来[1]，迄今已发表了1050多个scRNA-seq研究。 至少有25项研究报道了200k或更多细胞的概况[2]。 最大的scRNA-seq研究报道了250万小鼠细胞[3]。 可以预见，在scRNA-seq研究中，细胞大小将增加500k或更多。 庞大的数据量给科学家，甚至是精通计算的专家，在可视化和交互式探索这样的大数据集方面带来了挑战。 Cellxgene [4]是最近的评估中推荐的领先的开源scRNA-Seq数据可视化工具[5]，它通过利用具有交互功能的现代Web技术在数百万个细胞中很好地缩放并在用户体验中获得很高的评分。 我们在一个大型的生物学家社区进行了测试，cellxgene在满足自身数据处理需求方面发挥了最
seurat:基于ncurses的图像查看器
05-22
塞拉特 使用例 试试看 将仓库复制到您喜欢的文件夹中 git clone https://github.com/gciruelos/seurat.git cd seurat 编译 make 用 ./seurat < args> 指令 命令 钥匙 选择 放大 + ž 缩小 -- ž 移动 箭 图片信息 一世 改变配色方案 C C 改变抖动 d 放弃 q 致谢 了stb_image.h
Seurat小提琴图为什么有的只有点儿如何给vlnplot加上肚子常看小提琴图vlnplot有多少个点细胞 加p值 加显著性zsf seurat对某个基因表达加显著性jitter抖动
生信小博士的博客
03-29 2041
library(Seurat) library(SeuratData) levels(pbmc3k.final) [1] “Naive CD4 T” “Memory CD4 T” “CD14+ Mono” “B” “CD8 T” [6] “FCGR3A+ Mono” “NK” “DC” “Platelet” VlnPlot(pbmc3k.final, “CD4”,slot = “data”) 作为一个生物信息工程师，看到这样的图，请解释。
单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图
qq_45478665的博客
07-07 1万+
质控和数据过滤 准备工具：R。 准备数据：上期经过整理的数据geneMatrix。 注意事项：R的安装目录和文件所在位置都不可有英文。 R 语言所需安装的包： #if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") #BiocManager::install("singscore") #BiocManager::install("GSVA") #BiocManager::insta
ggplot绘制小提琴图
dege857的博客
05-25 4556
我们既往已经讲过使用ggplot绘制箱型图，今天我们来聊聊ggplot绘制小提琴图，小提琴图在SCI论文中非常常见，特别是基因类的文章。 小提琴图其实可以算是箱型图的变种（等于：箱型图+核密度图），箱型图展示了数值和分位，小提琴图则是在这个基础上增加不同方位的密度，使得数据一目了然。 这种图表结合了箱形图和密度图的特征，主要用来显示数据的分布形状。中间的黑色粗条表示四分位数范围，从其延伸的幼细黑线代表 95% 置信区间，而白点则为中位数。 我们今天来说说怎么使用R语言绘制小提琴图，继续使用我们的汽车销售
单细胞基因可视化之小提琴图
qq_42090739的博客
03-03 9275
完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。 小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。 VlnPlot(scedata, features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"), pt.size = 0, ncol
生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）
羊羊的博客
10-06 2万+
生信入门（六）——单细胞分析（Seurat） 文章目录生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）一、数据导入1、数据来源2、数据导入二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征（特征选择）4、缩放数据三、主成分分析（PCA）1、线性降维2、确定数据集的“维度”四、聚类细胞五、非线性降维（UMAP/tSNE）六、寻找差异表达的特征（簇生物标志物） 一、数据导入 1、数据来源 点击此处下载数据 数据说明：分析10X Genomics提供的外周血单细胞（PBMC）数据集，有
斯坦福 Stats60：21 世纪的统计学：第十五章到第十八章
最新发布
龙哥盟
01-15 1615
第十五章：比较均值 原文：statsthinking21.github.io/statsthinking21-core-site/comparing-means.html 译者：飞龙 协议：CC BY-NC-SA 4.0 我们已经遇到了许多情况，我们想要询问样本均值的问题。在本章中，我们将更深入地探讨我们可以比较不同组均值的各种方法。 15.1 测试单个均值的值 我们可能想要询问均值是否具有特定值的最简单的问题。假设我们想要测试 NHANES 数据集中成年人的舒张压均值是否高于 80，这是根据美国心脏病
python数据科学系列：seaborn入门详细教程
wy122222222的博客
07-01 4514
01 初始seaborn seaborn是python中的一个可视化库，是对matplotlib进行二次封装而成，既然是基于matplotlib，所以seaborn的很多图表接口和参数设置与其很是接近。相比matplotlib而言，个人认为seaborn的几个鲜明特点如下： 绘图接口更为集成，可通过少量参数设置实现大量封装绘图 多数图表具有统计学含义，例如分布、关系、统计、回归等 对Pandas和Numpy数据类型支持非常友好 风格设置更为多样，例如风格、绘图环境和颜色配置等 正是由于seaborn的这些特
seaborn
abc1234564546的博客
07-23 1397
关于python的seaborn库的一些内容
R 语言 画多个合并在一起的小提琴图
weixin_46021869的博客
08-11 3650
R 语言，Seurat object，想要实现多个小提琴图在一个图的效果，想要实现的效果如下所示： library(Seurat) library(SeuratData) library(ggplot2) library(ggpubr) ## remove the x-axis text and tick ## plot.margin to adjust the white space between each plot. ## ... pass any arguments to VlnPlot in
箱形图box plot 和 小提琴图violin plot
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ac540101928的专栏
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一、箱形图box plot 1）箱型图概念 箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。 箱形图于1977年由美国著名统计学家约翰·图基（John Tukey）发明。它能显示出一组数据的最大值、最小值、中位数、及上下四分位数。 2）箱形图包含内容 "盒式图"或叫"盒须图""箱形图"boxplot（也称箱须
统计图之小提琴图解析
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Python数据可视化的例子——小提琴图（violin）
Fo*(Bi)的博客
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小提琴图是比较有意思的统计图形，它将数值型数据的核密度图与箱线图融合在一起，进而得到一个形似小提琴的图形。尽管matplotlib模块也提供了绘制小提琴图的函数violinplot，但是绘制出来的图形中并不包含一个完整的箱线图，所以本节将直接使用seaborn模块中的violinplot函数绘制小提琴图。首先，带领读者了解一下有关violinplot函数的语法和参数含义： sns.violinplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_
matplotlib.pyplot.violinplot()绘制小提琴图
Yangyuqing_的博客
04-20 3041
一、matplotlib.pyplot.violinplot()语法 violinplot(dataset, positions=None, vert=True, widths=0.5, showmeans=False, showextrema=True, showmedians=False, quantiles=None, points=100, bw_method=None, *, data=None) 二、绘制小提琴图 ①绘制简单小提琴图 import matplotlib.pyplo
这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图
悟道西方
11-30 512
今天有好友在微信群问起是不是 生信宝典之前出过一个绘制这个图的教程？想了下，免费在线绘图平台ImageGP应该可以绘制！每次如果不提免费总有人问是否收费？测试了下，效果如下，跟上面的不...
seurat dotplot
08-23
Seurat is a popular R package used for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data analysis. The "dotplot" function in Seurat is used to visualize gene expression patterns across different cell types or clusters. It creates a dot plot where each dot represents a cell, and the color and size of the dot represent the gene expression level in that cell. To use the dotplot function in Seurat, you need to have a Seurat object that contains your scRNA-seq data. Here's an example of how you can create a dot plot using Seurat: ```R # Load the required library library(Seurat) # Create a Seurat object seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = your_count_matrix) # Perform preprocessing steps (e.g., normalization, scaling, dimensionality reduction) # Identify cell clusters (e.g., using FindClusters function) # Generate dot plot DotPlot(seurat_obj, genes.plot = c("gene1", "gene2", "gene3"), group.by = "cell_type") ``` In the above code, "your_count_matrix" refers to the matrix containing the gene expression counts for each cell. Replace "gene1", "gene2", and "gene3" with the names of the genes you want to visualize. "cell_type" is the metadata column that contains the cell type or cluster information. This dot plot will show the gene expression patterns of the specified genes across different cell types or clusters in your scRNA-seq data.

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