Seurat3.0小提琴图腰围的参数

最新推荐文章于 2023-04-14 12:09:38 发布

玥落塵寰

最新推荐文章于 2023-04-14 12:09:38 发布

阅读量1.1k

点赞数

分类专栏：微信测序

本文链接：https://blog.csdn.net/Demomwu/article/details/115023809

版权

在Seurat3.0中，当0值比例过高时，小提琴图可能只显示点而缺少小提琴形状。解决这个问题的关键在于设置参数`scale = "width"`和`adjust`。`scale = "width"`用于调整小提琴的宽度，而`adjust`可以控制腰围的粗细。若要确保每个群都有完整的小提琴图，数据过滤也是一种有效的方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

小提琴图没有有些群没有出现小提琴只有点点，是由于0值比例太多，

一个关键的参数scale = "width"导致了这种局面，应加上上述参数

ggplot(p$data,aes(ident,CD4)) + geom_violin(scale = "width", adjust =1, trim = TRUE)  + geom_jitter()+ theme_bw()

adjust参数可以调整腰的粗细，eg：

ggplot(p

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

玥落塵寰

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

专栏目录

R语言ggplot2可视化小提琴图（violin plot）并使用ggsignif添加分组显著性（significance）标签

data+scenario+science+insight

12-05

2072

R语言ggplot2可视化小提琴图（violin plot）并使用ggsignif添加分组显著性（significance）标签

单细胞测序分析（4）——Seurat（3.0）包学习笔记

leo12354的博客

09-20

9835

参考：跟着大神学单细胞数据分析 10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记 10×单细胞测序分析练习（一）首先，我们需要从网上下载数据，应该是一个表达矩阵，比如我们要使用的这个demo,PBMC matrix. 接下来就是在Rstudio 中的操作。 ...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

Seurat小提琴图为什么有的只有点儿如何给vlnplot加上肚子常看小提琴图vlnplot有多少个点细胞加p值加显著性zsf seurat对某个基因表达加显著性jitter抖动

生信小博士的博客

03-29

2733

library(Seurat) library(SeuratData) levels(pbmc3k.final) [1] “Naive CD4 T” “Memory CD4 T” “CD14+ Mono” “B” “CD8 T” [6] “FCGR3A+ Mono” “NK” “DC” “Platelet” VlnPlot(pbmc3k.final, “CD4”,slot = “data”) 作为一个生物信息工程师，看到这样的图，请解释。

单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图

qq_45478665的博客

07-07

1万+

质控和数据过滤准备工具：R。准备数据：上期经过整理的数据geneMatrix。注意事项：R的安装目录和文件所在位置都不可有英文。 R 语言所需安装的包： #if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") #BiocManager::install("singscore") #BiocManager::install("GSVA") #BiocManager::insta

R 语言画多个合并在一起的小提琴图

weixin_46021869的博客

08-11

4008

R 语言，Seurat object，想要实现多个小提琴图在一个图的效果，想要实现的效果如下所示： library(Seurat) library(SeuratData) library(ggplot2) library(ggpubr) ## remove the x-axis text and tick ## plot.margin to adjust the white space between each plot. ## ... pass any arguments to VlnPlot in

ggplot绘制小提琴图

dege857的博客

05-25

4705

我们既往已经讲过使用ggplot绘制箱型图，今天我们来聊聊ggplot绘制小提琴图，小提琴图在SCI论文中非常常见，特别是基因类的文章。 小提琴图其实可以算是箱型图的变种（等于：箱型图+核密度图），箱型图展示了数值和分位，小提琴图则是在这个基础上增加不同方位的密度，使得数据一目了然。这种图表结合了箱形图和密度图的特征，主要用来显示数据的分布形状。中间的黑色粗条表示四分位数范围，从其延伸的幼细黑线代表 95% 置信区间，而白点则为中位数。我们今天来说说怎么使用R语言绘制小提琴图，继续使用我们的汽车销售

单细胞基因可视化之小提琴图

qq_42090739的博客

03-03

1万+

完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。 小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。 VlnPlot(scedata, features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"), pt.size = 0, ncol

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）

羊羊的博客

10-06

3万+

生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）文章目录生信入门（六）——单细胞分析（Seurat）一、数据导入1、数据来源2、数据导入二、标准预处理1、QC和选择细胞进行进一步分析2、规范化数据3、识别高度可变的特征（特征选择）4、缩放数据三、主成分分析（PCA）1、线性降维2、确定数据集的“维度”四、聚类细胞五、非线性降维（UMAP/tSNE）六、寻找差异表达的特征（簇生物标志物）一、数据导入 1、数据来源点击此处下载数据数据说明：分析10X Genomics提供的外周血单细胞（PBMC）数据集，有

R语言|绘制简单小提琴图

weifanbio的博客

10-14

4920

小提琴图 (Violin Plot) 用于显示数据分布及其概率密度。这种图表结合了箱形图和密度图的特征，主要用来显示数据的分布形状。而小提琴图中间的黑色粗条表示四分位数范围，从其延伸的幼细黑线代表 95% 置信区间，中间的点则为中位数。长话短说，下面就来画一画简单的小提琴图吧~ 代码如下： 1.下载并导入vioplot包 BiocManager::install("vioplot") 2.使用随机数据 C2 <- rnorm(10, 1, 30) C3 <- rnorm(10, 0, 10)

在R中我有一个seurat对象，里面只有一种细胞类型，我想使用一个小提琴图展示这类细胞的多个基因表达量

热门推荐

ac540101928的专栏

02-02

7万+

一、箱形图box plot 1）箱型图概念箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。箱形图于1977年由美国著名统计学家约翰·图基（John Tukey）发明。它能显示出一组数据的最大值、最小值、中位数、及上下四分位数。 2）箱形图包含内容 "盒式图"或叫"盒须图""箱形图"boxplot（也称箱须

统计图之小提琴图解析

weixin_41580067的博客

03-18

3万+

Python数据可视化的例子——小提琴图（violin）

Fo*(Bi)的博客

09-07

3万+

小提琴图是比较有意思的统计图形，它将数值型数据的核密度图与箱线图融合在一起，进而得到一个形似小提琴的图形。尽管matplotlib模块也提供了绘制小提琴图的函数violinplot，但是绘制出来的图形中并不包含一个完整的箱线图，所以本节将直接使用seaborn模块中的violinplot函数绘制小提琴图。首先，带领读者了解一下有关violinplot函数的语法和参数含义： sns.violinplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_

matplotlib.pyplot.violinplot()绘制小提琴图

Yangyuqing_的博客

04-20

3578

一、matplotlib.pyplot.violinplot()语法 violinplot(dataset, positions=None, vert=True, widths=0.5, showmeans=False, showextrema=True, showmedians=False, quantiles=None, points=100, bw_method=None, *, data=None) 二、绘制小提琴图 ①绘制简单小提琴图 import matplotlib.pyplo

这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图

悟道西方

11-30

540

今天有好友在微信群问起是不是生信宝典之前出过一个绘制这个图的教程？想了下，免费在线绘图平台ImageGP应该可以绘制！每次如果不提免费总有人问是否收费？测试了下，效果如下，跟上面的不...

seaborn系列 (11) | 小提琴图violinplot()

脑机接口社区

10-02

7303

目录小提琴图函数原型参数解读案例教程案例地址 小提琴图该函数是用来绘制箱形图和核密度估计组合图。 小提琴形图(violin plot)的作用与盒形图(box plot)和whidker plot的作用类似，它显示了一个或多个分类变量的几个级别的定量数据的分布，我们可以通过观察来比较这些分布。与盒形图不同，因为盒形图的所有绘图组件都对应于实际数据点,小提琴形图具有底层分布的核密度估计。函数原型 ...

Seurat 源码学习之VlnPlot

qq_45759229的博客

04-14

1960

aaa。

seurat提取表达矩阵_单细胞数据分析神器——Seurat

weixin_32943417的博客

12-20

5367

近年来，单细胞技术日益火热，并且有着愈演愈烈的趋势。在2015年至2017年，甚至对某细胞群体或组织进行单细胞测序，解析其细胞成分就能发一篇CNS级别的文章。近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。测序手段也从早期的10X Genomics、 Drop-seq等，发展为现在的多种多样个性化的方法。研究内容更不仅仅局限于...