linux下简单软件安装

1、VESTA

VESTA（Visualization for Electronic and STructural Analysis）是一款用于晶体结构与电子结构可视化的软件，它可以用来将cif格式的晶体结构文件转换为POSCAR的形式以便进行VASP计算，除此以外，该软件还具有非常丰富的功能，包括但不限于编辑、获取各类晶体结构信息，绘制电荷密度、ELF图像（等值面）及二维切面等等

下载地址：https://jp-minerals.org/vesta/en/download.html，注意下载gt的

解压后执行./VESTA就可以了

注意：有可能会报找不到libGLU.so.1库，这时候直接yum install mesa-libGLU安装就可以。

2、ovito

OVITO是一个针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。它帮助科学家更好地了解材料现象和物理过程。该程序在开源许可下可在所有主要平台免费使用。作为分析、理解和说明仿真结果的有力工具，它已在越来越多的计算仿真研究中发挥作用。

官网下载https://www.ovito.org/

下载后解压，到bin目录中执行./ovito就可以了

3、VMD

在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型，所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子，还有各种原子之间的成键关系与成键类型等。这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了，这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用、功能也非常强大的一款软件。

在官网https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD下载

tar解压安装包，进入主目录后运行./configure

然后进入src直接make install

直接执行vmd就可以打开窗口了。

4、CPMD

是一种第一原理分子动力学（ab initio molecular dynamics）方法，该方法利用了赝势、平面波基矢和密度泛函理论（DFT）对原子（分子）间作用力进行计算

下载cpmd安装包，并解压进入目录

行执行 sh configure.sh，会打印出各种配置文件，都在configure文件夹中。

选择自己需要的配置文件，我这里用的是

sh configure.sh LINUX-INTEL-INTELMPI

执行make

直接执行cpmd下的bin的cpmd.x就可以 了。

5、module

yum install tcl-devel -y
tar -zxvf modules-5.1.0.tar.gz
cd modules-5.1.0/
./configure --prefix=/opt/module/5.1.0 --modulefilesdir=/opt/module/5.1.0/modulefiles
make -j64
make install
ln -s /opt/module/5.1.0/init/profile.sh /etc/profile.d/module.sh

6、linux挂载本地yum源

        1、将iso文件传到linux上，mount /home/XX.iso /mnt/redht

        2、cd /etc/yum.repos.d         vim my.repo，将以下内容输入

                [my]
                name=my
                baseurl=file:///mnt/redht
                enabled=1
                gpgcheck=0

        3、yum clean all        yum repolist

7、python3安装

        1、安装依赖sudo yum -y install zlib-devel bzip2-devel openssl-devel ncurses-devel sqlite-devel readline-devel tk-devel gdbm-devel db4-devel libpcap-devel xz-devel libffi-devel
        2、wget https://www.python.org/ftp/python/3.7.2/Python-3.7.2.tgz
        3、解压并进入./configure prefix=/usr/local/python3.7

        4、make && make install
        5、sudo ln -s /usr/local/python3.7/bin/python3.7 /usr/bin/python3
                sudo ln -s /usr/local/python3.7/bin/pip3.7 /usr/bin/pip3

8、anaconda3安装

        1、下载wget --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh ，自己选择想要的版本

        2、执行安装

9、virtualbox

yum localinstall -y VirtualBox-6.1-6.1.34_150636_el8-2.x86_64.rpm

10、yum

https://www.cnblogs.com/yangp/p/8506264.html