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1.文件管理主要函数：
setwd( )：设定R软件当前工作目录。
getwd( )：查看R软件当前工作目录。
list.files( ): 查看当前目录下文件。
file.show( ): 显示文件。
file.access( ): 查看文件是否可读可写。
file.create( ): 创建一个文件。例如：file.create(“D:/lesong.xls”).
dir.create( ): 创建一个目录。例如：dir.create(D:/lesong).
file.remove( ):删除一个文件。
File.choose( ):选择一个文件。
2.读数据函数read.table( ) 主要参数解释：
read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'",
header:逻辑参数。指定是否文件第一行为变量名。
na.strings:指定缺失文字。
skip:指定读数据跳过的行数。
nrows:指定数据读入最大的行数。
dec：指定小数点记号。
sep：指定数据分割字符。
row.names与col.names:赋予数据行名和列名。
3.读入数据其他相关函数：
readLines():按行读入数据文件。类似perl读数据方式。
scan( ):将数据读作一行向量形式。
read.delim("educ_scores.txt"):读入文本文件(制表符分隔)。
read.csv("educ_scores1.csv")：读入CSV(逗号分割)。
readBin( ):读入二进制数据。
readChar( ):读入字符型数据。
attach( ): 把数据框的变量链接到内存中.
4.一般作图函数plot（）主要参数解释：
plot(x, y = NULL, type = "p",
type:设置图形类型。具体为：
type=“p“
type=“l“
type=“b“
type=“c“
type=“o“
type=“h“
type=“s“
type=“S“
type=“n“
xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。比如xlim(0,30).
log：数据取对数。
main:设置图形的上标题。比如说：main=”Genomics analysis”
sub: 设置图形的小标题。比如说：sub=”another title”.
ann: 逻辑参数。设置是否将系统默认的图形标签显示出来。比如：ann=F.
lty: 设置线的类型。比如：lty=4.
xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。比如xlab=”sample one”.
frame.plot:逻辑参数。设置图形是否输出外框。比如：frame.plot=F.
axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴和y轴。比如：axes=F.
asp:设置图形屏幕高宽比（y/x）.
lwd:设置线条的粗细。比如：lwd=4.
bg:设置数据点的填充颜色。比如：bg=”pink”.
col:设置数据点的外圈颜色。比如：col=”blue”.
cex:设置数据点的大小。比如：cex=2.7。
pch:设置数据点的形状。具体为：
- pch=19: solid circle,
- pch=20: bullet (smaller solid circle, 2/3 the size of 19),
- pch=21: filled circle,
- pch=22: filled square,
- pch=23: filled diamond,
- pch=24: filled triangle point-up,
- pch=25: filled triangle point down.
add：逻辑参数。设置图形是否重合。
font.main与font.sub：设置上标题和小标题的字体格式。
col.main与col.sub :设置上标题和小标题的字体颜色。
实例演习：
使用给定数据（testfile.txt）用R软件作出以下图形并保存为PDF格式和jpg格式。
参考程序：
setwd('E:/')
file=read.table('testfile.txt')
attach(file)
jpeg(file='plot one.jpg')
plot(V1,V2,type='l',xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2,
dev.off()
pdf(file='plot one.pdf')
plot(V1,V2,type='l',xlim=c(30,75),frame.plot=F,lwd=2,
dev.off()
5.饼图函数pie( )主要参数解释：
pie(x, labels = names(x), edges = 200, radius = 0.8,
lty = NULL, main = NULL, ...)
x: 指定作饼图的数据。
labels:设置各个分割区的标签。
edges:设置多边形的边数（圆的轮廓是具有很多边的多边形近似）。
radius:设置饼图的半径。特别是在字符标签过长的情况。
clockwise:逻辑参数。设置饼图是否顺时针作出分割区。
init.angle:设置开始画分割区的角度。即对饼图进行旋转。
density:底纹的密度。默认值为NULL。
angle：设置底纹的斜率。
col:设置各个分割区的填充颜色。
main：设置饼图的总标题。
实例演习：
本年度某商品在中国的销售额占其总销售额的12%，在美国为30%，在日本为16%，在欧洲为26%，在台湾为4%，在其他地区为16%。用饼图描述以上数据，作出以下饼图：
参考程序：
pie.sales <- c(0.12, 0.3, 0.26, 0.16, 0.04, 0.12)
names(pie.sales) <- c("China", "USA",
pdf(file='plot two.pdf')
pie(pie.sales,
dev.off()
6.直方图函数hist()主要参数解释：
hist(x, breaks = "Sturges",
x：作直方图所需的数据。
breaks:用一个向量指定各个单元格的断点；用单个值指定单元格个数；用字符串命名的算法来计算单元格的数量；用函数计算单元格的数量。
density:底纹的密度。默认值为NULL。
angle：设置底纹的斜率。
col:设置各个条形的填充颜色。
border：设置条形的轮廓颜色。
axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴与y轴。比如：axes=F
main：设置直方图的主标题。
xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。
labels:在各个条形上面添加标签。
plot:逻辑参数。设置是否画出直方图或者只输出各项作图参数。
xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。
实例演习：
使用R软件自带数据文件islands，作出以下直方图：
参考程序：
hist(sqrt(islands), breaks = 12, col="lightblue", border="pink")
7.条图函数barplot()主要参数解释：
barplot(height, width = 1, space = NULL,
density:底纹的密度。默认值为NULL。
angle：设置底纹的斜率。
xlim和ylim:设置图形x轴与y轴的范围。
xlab和ylab：设置x轴与y轴的lable。
axes:逻辑参数。设置图形是否显示x轴或y轴。
plot:逻辑参数。设置是否显示条形图。
beside:逻辑参数。如果FALSE，那么将绘画堆叠式的条形；如果是TRUE，将绘画并列式条形。
cex.axis:设置坐标轴数值的膨胀率。比如cex.axis=1.5。
cex.names:设置条形标签（bar labels）的膨胀率。比如cex.axis=1.5.
col:设置条形底纹或者填充颜色。
border：设置条形边缘颜色。如果设置为NA，则消除了边缘。
width：设置条形的宽度。
axis.lty:设置x轴的类型（类似lty）。默认axis.lty=0.
names.arg:设置条形标签（bar labels）。
horiz：逻辑参数。设置图形是水平或是垂直。
space：设置各个条形间的宽度。相当于各个条形宽度的一部分。
axisnames：逻辑参数。设置是否显示条形标签。
实例演习：
使用R软件自带数据VADeaths，作出以下图形：
参考程序：
barplot(VADeaths, beside = TRUE,
title(main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4)
8.图例函数legend()主要参数解释：
legend(x, y = NULL, legend, fill = NULL, col = par("col"),
x和y:设置图例在图片上的位置。
title：设置图例标题。（在图例盒子里）。
title.col：设置图例标题的颜色。
text.col: 设置图例中文本文字的颜色。比如说：text.col=’red’。
text.width: 设置图例文本文字的宽度。宽度比例与x轴相关。
trace：逻辑参数。如果设置为TRUE，那么显示出函数计算过程。
fill: 设置一个填充了指定颜色的盒子放在文本旁边。
border：指定该盒子的边缘颜色。
lty与lwd：设置图例中线条的类型以及粗细。
density与angle:设置图例中小盒子的底纹密度和角度。
bty:设置图例盒子的类型。只能选择o或者n。
bg：设置图例盒子的背景颜色。
box.lty/box.lwd/box.col：设置图例盒子边缘线类型，粗细，颜色。
pt.bg：设置图例中点的背景颜色。
pt.cex：设置点的膨胀率。
pt.lwd：设置点的边缘线的粗细。
xjust与yjust:上下调整图例的位置。
x.intersp与y.intersp：设置图例盒子空间大小。
ncol:设置图例显示的列数。
horiz:设置水平方式显示图例。默认为垂直方式显示。
实例演习：
使用R程序可以作出以下图形（自己尝试调整参数改变图形）：
参考程序：
x <- 0:64/64
y <- sin(3*pi*x)
plot(x, y, type="l", col="blue",
points(x, y, pch=21, bg="pink")
legend(.4,1, c("sin(c x)",'cos(c,x)','tan(c,x)'), pch=21, pt.bg="green", lty=1, col = "blue",
9.作图其他相关函数（具体参数使用查看帮助文档）：
abline( ):在原有的图上加直线。
points( ):在原有的图上加点。
lines():在原有的图上加线。
arrows():在原有的图上加带箭头的线。
text():在原来的图上某坐标位置上加文本标签。
title():给原有的图形添加标题。
legend():在原有的图形上加图例。
frame()与plot.new():建立新的图形窗口。
heat.colors(
在同一张图片上作多个图可以用：op=par(mfrow=c(2,2))
保存图形可以使用savePlot()/png()/jpeg()/bmp()/tiff()等函数。比如：jpeg(‘file=lesong.jpg’) plot(…)
op=par(bg=’pink’) ; par(op) :设置图片参数。
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