使用非负最小二乘回(NNLS)归进行细胞类型转移
2019年发表在Nature上的文章【The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis】在方法部分提到,使用NNLS(non-negative linear-square)回归的方法分析两个细胞图谱数据集中相关细胞类型。这个方法,在我搜索的中文教程中都没有出现过,所以这里以两个pbmc的数据集为例进行介绍,如何复现文章的方法。10x的细胞数据集的预处理部分不做过多介绍, 如下代码以10x官网提供的数据为例libra