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RSS订阅转载 Molecular Dynamics
First]前处理Second]运行MDThird]后处理一、获得结构文件-来自实验数据或者某些化学软件工具1】第一步: 获取并处理pdb文件从Protein Data Bank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载). 在Linux下你可使用如下命令:wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1OMB.pdb二、选择...
2019-09-26 19:26:00
577
转载 分子动力学-概念、安装、实例运行
一、概念二、安装三、实例运行nohup:即 no hang up，使执行的指令在SSH链接断开后也能继续运行；&：使执行的指令后台运行；搭配使用：当执行的指令运行时间太长时，搭配使用，即 nohup YourCommandHere &转载于:https://www.cnblogs.com/ljd4you/p/11517691.html...
2019-09-13 21:22:00
273
转载 N2RR
一、背景氨（NH3）是一种新兴的能量载体，在液氨中含有17.6％（重量）的氢，而在甲醇中的含量为12.5％（重量），很可能成为未来氢能经济的有希望的候选者。然而，如果基于NH3的肥料不足以养活世界上快速增长的人口，那么进一步的发展将是不可能的。不断增加的氨需求刺激了上个世纪人工NH3大规模生产技术的深入研究。在现有的选项中，Haber-Bosch工艺是最受欢迎的工艺之一，因为从...
2019-04-26 10:53:00
208
转载 Linux常用命令
一、Linux 查看机器的cpu，操作系统等命令看cpu信息：核数，name，型号，频率[root@f3 ~]# cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d:| uniq -c 16 Intel(R) Xeon(R) CPU E5520 @ 2.27GHz看操作系统的发行版...
2019-04-14 17:41:00
101
转载 嵌锂电压计算
嵌锂化学势定义为：EV=−(ET−E0−nELi)/ne，其中e是电子电荷，ELi是Li体相中一个Li原子的能量，E0是所研究体系的能量，ET是n个Li原子吸附的相应体系的能量。转载于:https://www.cnblogs.com/ljd4you/p/10611470.html...
2019-03-27 22:23:00
1148
转载 理论容量计算
一、C=nF/3.6M （mAh/g）二、活性物质的理论容量=26.8*反应中价态变化数/活性物质的分子量（Ah/g）三、理论容量：1mol电子电量为96485C，假设材料发生的是n个电子的电化学反应，1mol活性物质发生电化学反应产生的电量则为96485n C=96485n A*s，所以单位质量的活性物质发生电化学反应产生的电量为96485n/M （A*s/g）。一般电池材...
2019-03-27 22:19:00
9351
转载 VASP表面计算步骤小结
原文链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-478347-374981.html一、概述vasp用“slab”模型来模拟表面体系结构。vasp计算表面的大概步骤是：材料体性质的计算；表面模型的构造；表面结构的优化；表面性质的计算。二、分步介绍1、材料体性质计算：本步是为了确定表面计算时所需的一些...
2019-02-26 21:22:00
7998
转载 第一性原理
一、背景第一性原理计算方法即从头算（ab initio）被广泛应用在化学、物理、生命科学和材料学等领域。它的基本思想是将多个原子构成的体系看成是由多个电子和原子核组成的系统，并根据量子力学的基本原理对问题进行最大限度的“非经验性”处理。它只需要5个基本常数（m0，e，h，c，kB）就可以计算出体系的能量和电子结构等物理性质。第一性原理计算可以确定已知材料的结构和基础性质，并实现原子级...
2019-02-18 12:12:00
8044
转载 Bader分析
一、背景理查德·贝德（Richard Bader）开发了一种将分子分解为原子的直观方法。他对原子的定义纯粹基于电子电荷密度。Bader使用所谓的零磁通表面来划分原子。零通量表面是2D表面，其上电荷密度垂直于表面。通常在分子系统中，电荷密度在原子之间达到最小值，这是将原子彼此分开的自然位置。除了作为分子中原子可视化的直观方案外，Bader的定义通常也可用于电荷分析。例如，Bader体积...
2019-02-17 11:25:00
2868
转载 VASP计算参考
1.VASP 结构优化、静态自洽、非自洽计算：https://blog.csdn.net/kyang_823/article/details/591108482.VASP贋势：https://blog.csdn.net/kyang_823/article/details/56277201转载于:https://www.cnblogs.com/ljd4you/p/10103990....
2018-12-11 18:25:00
671
转载 VASP学习笔记--简单的VASP运行实例：CrI3做非磁的优化
一、总体思路1）写入INCAR； 2）写入POSCAR，就是坐标文件； 3）写入KPOINTS文件，就是K点的选择； 4）写入POTCAR，写入POTCAR（找到势文件，然后按照POSCAR中的元素顺序把Cr和I元素的POTCAR写在一起） 命令如下：（会生成一个POTCAR的势文件） cat Cr/POTCAR>>POTCAR cat I/P...
2018-11-22 22:17:00
2186
转载 VASP学习笔记--输入输出文件
一、VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package，是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。二、输入文件VASP一般来说最简单的输入文件有：INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS；如果是在服务器上计算的，那么还需要一个提...
2018-11-14 21:41:00
1837
转载 MS入门学习笔记
1.建立晶体：选择晶系，添加原子；2.导入系统晶体文件；3.建立分子molecule，画原子；4.计算简单分子molecule：注意事项： 1）做了一个H2O分子，接下来要做一个“立体壳子”，因为CASTEP计算的是周期性的结构，必须有一个周期性的晶胞： 工具栏 build--crystals--Build crystal，点击 build，使用默认的晶格参数就...
2018-11-12 11:08:00
3183
转载 数据结构之树
一、树的定义 有且只有一个称为跟的结点；由若干个互不相交的子树，这些子树本身也是一棵树。 解释：1.树是有结点和边组成的 2.每个结点只有一个父节点，但是可有多个子节点 3.但是有一个节点例外，给节点没有父节点，此节点成为根节点二、树的术语节点、父节点、子节点 子孙、堂兄弟 度：子节点的个数 深度：从根节...
2018-09-08 18:01:00
97
转载 递归
一、递归定义：一个函数自己直接或者间接调用自己程序调用自身的编程技巧称为递归（ recursion）。递归做为一种算法在程序设计语言中广泛应用。 一个过程或函数在其定义或说明中有直接或间接调用自身的一种方法，它通常把一个大型复杂的问题层层转化为一个与原问题相似的规模较小的问题来求解，递归策略只需少量的程序就可描述出解题过程所需要的多次重复计算，大大地减少了程序的代码量。递归的能力在于...
2018-09-04 14:29:00
67
转载 数据结构之队列
一、队列定义（实现“先入先出”的存储结构）队列是一种特殊的线性表，特殊之处在于它只允许在表的前端（front）进行删除操作，而在表的后端（rear）进行插入操作，和栈一样，队列是一种操作受限制的线性表。进行插入操作的端称为队尾，进行删除操作的端称为队头。二、队列分类链式队列：类似栈中定义的pTop&pBottom，在链式队列中定义pFront（队列头）&pRe...
2018-09-04 14:07:00
86
转载 数据结构之栈
一、栈栈（stack）又名堆栈，它是一种运算受限的线性表。其限制是仅允许在表的一端进行插入和删除运算。这一端被称为栈顶，相对地，把另一端称为栈底。向一个栈插入新元素又称作进栈、入栈或压栈，它是把新元素放到栈顶元素的上面，使之成为新的栈顶元素；从一个栈删除元素又称作出栈或退栈，它是把栈顶元素删除掉，使其相邻的元素成为新的栈顶元素。--百度百科（类似于子弹夹，先压入的子弹最后才被发射...
2018-08-22 20:42:00
91
转载 数据结构之链表
一、定义--离散存储【链表】n个节点离散分配；彼此通过指针相连；每个节点只有一个前驱节点， 每个节点只有一个后续节点；首节点没有前驱节点，尾节点没有后续节点。二、专业术语： 首节点：第一个有效节点 尾节点：最后一个有效节点 头节点：第一个有效节点前面的那个节点；头节点不存放有效数据； 加上头节点是为了方便对链表的操作 头指针：指向头节点的指针变量 ...
2018-08-20 18:34:00
77
转载 数据结构之数组
一、学习一波数据结构数据结构是计算机存储、组织数据的方式。数据结构是指相互之间存在一种或多种特定关系的数据元素的集合。通常情况下，精心选择的数据结构可以带来更高的运行或者存储效率。数据结构往往同高效的检索算法和索引技术有关。--百度百科二、学习一波数据结构之C语言回顾1.指针--C语言的灵魂指针： 重要性：C语言的灵魂 定义： 地址（内存单元的编号） 指针：就...
2018-08-15 12:29:00
90
转载 使用wxpy模块了解微信好友
网上看了一篇python文章，内容简单有趣，正好可以练习一下。原文连接：http://mp.weixin.qq.com/s/oI2pH8uvq4kwYqc4kLMjuA一、环境：Windows+python3+eclipse二、用到的package：首先就是 wxpy ，cmd控制台使用 pip install wxpy 即可安装。 还需要安装几个后面统计数据和画图的pac...
2018-03-30 17:18:00
176
转载 Java基础回顾
一、this；类变量/类方法1.this：用于区分构造方法中的属性（只能在内部使用）2.类变量：（访问修饰符） static 数据类型 变量名 访问方法：类名 . 变量名 （或者 对象名 . 类变量名）3. 类方法：（访问修饰符） static 数据类型 变量名 访问方法：类名 . 类方法名 （或者 对象名 . 类方法名）二、封装：访问修饰...
2018-03-17 23:38:00
63
转载 Django连接MySQL出错
错误一：No module named 'MySQLdb'原因：python3连接MySQL不能再使用mysqldb，取而代之的是pymysql。解决方法：在python的MySQL包中，即路径：C:\Users\adong\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Lib\site-packages\Django-2.0.3-py3.6.eg...
2018-03-17 21:07:00
142
转载 Django 安装配置
一、安装1.从Django官网：http://www.djangoproject.com下载安装包，Django-2.0.3.tar.gz；2.将安装包解压到python的根目录：C:\Users\adong\AppData\Local\Programs\Python\Python363.cmd 进入django目录下，即C:\Users\adong\AppData\L...
2018-03-10 21:01:00
75
转载 python文件操作错误解决
1.python读取文件时提示"UnicodeDecodeError: 'gbk' codec can't decode byte 0x80 in position 205: illegal multibyte sequence"解决办法1. OBJECT= open('account.html','r', encoding='UTF-8')解决办法2. OBJE...
2018-03-10 15:52:00
170
转载 Redis 简介，安装，卸载
一.Redis简介 redis是一个key-value存储系统。和Memcached类似，它支持存储的value类型相对更多，包括string(字符串)、list(链表)、set(集合)、zset(sorted set --有序集合)和hash（哈希类型）。这些数据类型都支持push/pop、add/remove及取交集并集和差集及更丰富的操作，而且这些操作都是原子性的。在此基础上，re...
2017-12-19 14:16:00
84
转载 Ubuntu中几个字符小玩意儿
1.黑客帝国特效：打开终端，输入 sudo apt install cmatrix 即可。安装完成后，在终端输入 cmatrix 即可出现特效。2.奔跑的小火车：终端输入：sudo apt install sl 即可。安装完成后，在终端输入 sl 即可出现奔跑的小火车。3.字母的字符画：终端输入：sudo apt install figlet 即可。安装完成后...
2017-12-16 23:53:00
87
转载 使用xshell连接Ubuntu虚拟机
1.下载安装VMware软件，可以试用。2.新建虚拟机，选择典型安装，这里安装Ubuntu16.04 LTS，注意选择网络连接时设置为 桥接模式，在“编辑”--“虚拟网络编辑器”中将DHCP 池中的IP改为与物理主机同一网段的地址。3.打开Ubuntu虚拟机，打开终端，安装openssh-server，输入sudo apt install openssh-server 即可，安装...
2017-12-16 23:30:00
295
转载 eric6 中 designer 无法启动的解决办法
1.安装环境：win10+python3.6+Eric62.问题：使用 pip install PyQt5 安装 PyQt5.9 版本后，发现 Eric6 中无法打开 designer.exe 工具，在 ./Python/Lib/site-packages/PyQt5 目录下没有designer.exe工具。3.解决办法： 1）方法一：安装缺少的 PyQt5 tools ，...
2017-12-05 22:17:00
927
转载 win下搭建python3+PyQt5+eric6环境
一、安装python31.下载python3的安装包，默认安装即可，注意勾选 Add Python 3.6 to Path 。但是这样默认安装的路径太长，不太方便找到，可选择定制安装，自己定义安装路径。我是选择默认安装，安装路径：C:\Users\adong\AppData\Local\Programs\Python\Python36\ （python的根路径）。二、安装P...
2017-12-04 18:17:00
139
转载 MySQL .msi 安装失败改用.zip安装步骤
一开始官网下载.msi安装包，安装到配置server时无法启动，长时间卡在这里，无法继续下去。上网看了一下解决办法，发现用.zip安装包进行安装比较简单可靠。一、利用.msi安装包安装失败后的处理1.首先，卸载MySql相关组件；2.清理之前安装过的MySQL安装目录，（我的安装目录是在C盘）把 C:\Program Files\MySQL 和 C:\Program ...
2017-12-02 17:21:00
132
转载 JavaSE学习入门
Java基础：1.安装JDK1.7（JDK 包括JRE,Java工具包，Java的类库）2.编写Hello，world 程序1 public class Hello{2 public static void main(String[] args){3 System.out.println("Hello,world!");4 }5 }...
2017-04-03 18:32:00
77
转载 51单片机入门（五）
用LCD1602来显示一个二十四小时的时钟和以0.1秒计时的秒表1.时钟代码：//use Lcd1602 to make a clock #include<reg52.h>#define uchar unsigned charsbit K1=P3^1; //select hour /minute /secondsbit K2=P3^0; //add onesbit ...
2017-04-01 22:18:00
163
转载 51单片机入门（四）
用数码管实现一个二十四小时的时钟：定义三个按键K1（选择时分秒）,K2（加一）,K3（进入设置，再按一次则退出）。代码：//功能：用数码管二十四小时制的时钟//作者：刘建东//日期：2017.4.1#include<reg52.h>#define uchar unsigned charsbit K1=P3^1; //select hour /minute /seco...
2017-04-01 22:06:00
125
转载 51单片机入门（三）
数码管显示，定时器中断；键盘检测：1.数码管：分共阳极和共阴极数码管。我的实验板是共阴极，多位数码管的公共端叫做“位选线”，连接在一起的段线叫做“段选线”。位选是独立控制的，而段选是连接在一起的。段选数据由P0口发送，位选由P2口的2.3.4控制。（消影用P0=0x00）2.中断：为使单片机具有对外部或内部随机事件发生的时间实时处理而设置的，中断功能的存在，很大程度上提高了单片机...
2017-03-05 17:42:00
121
转载 51单片机入门笔记（二）
二.Keil软件使用及流水灯设计1.建立Keil工程。2.点亮第一个发光二极管（代码）：#include<reg52.h>sbit led1=P2^5;void main(){led1=0;}在keil中，编译，然后在【project】->【options for Target 'Target1' 】->【output】->选中【Create...
2017-02-25 15:39:00
210
转载 51单片机入门笔记
一：基础知识1.型号：STC89C52RC 40I-PDIP，其中STC-STC公司生产，8-该芯片为8051内核，9-内部含Flash EEPROM存储器，C-该器件为CMOS产品，5-固定不变，2-该芯片内部ROM=8KB，RC-该芯片内部RAM=512B，40-该芯片外部晶振最高可接入40MHz，I-工业级产品，PDIP-该芯片为双列直插式封装。2.芯片封装技术：DIP...
2017-02-23 22:32:00
154
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