R语言函数使用心得与防坑笔记（二）-零零碎碎

1.读取文件

read.table()

(1)

参数check.names会将行列名中奇奇怪怪的符号转变成“.”，但有时我们并不想这样。例如，读取TCGA样本名时，会将“TCGA-OR-A5J1-01 ”读成了 “TCGA.OR.A5J1.01”，这时我们只需要设置：check.names = F

(2)

其实，读取数据，我更多使用的是“data.table”包，里面的fread（）函数读取文件十分便捷，比方说，之前读取TCGA表达谱时，手上这台机器read.table一般得十多分钟，而fread只需要几十秒。

_{PS:fread（）读取数据之后的格式是"data.table"格式的，刚开始用如果觉得不方便的话，可以直接as.data.frame转成"data.frame"格式之后再进行下一步处理。不过还是建议学一下"data.table"格式处理文件的方法，它处理数据运行速度会快很多。我的使用经验："data.table"格式比"matrix"格式快，"matrix"格式比"data.frame"格式快。}

2.PDF输出图片

当按照默认参数输出图形时，可能会出现横纵坐标轴显示不全的情况，设置一下width跟height就好很多啦。

pdf('**/***.pdf',width=15,height=15)
dev.off()