R语言函数使用心得与防坑笔记（一）

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R匹配函数pmatch

tumor_data[,pmatch(clin_data[,1],colnames(tumor_data),nomatch = 0)]

注意啊，后面的才是你要留下的目标index！如果搞反了就会导致返回结果不正确，报错“超区间”还好，没报错继续往下做才是真的大坑！下面举个例子：

（1）一不小心少掉数据系列：

tumor <- paste(rep("tumor",55),1:55)
clin <- paste(rep("tumor",66),c(1:33,56:66,34:55))
clin [pmatch(tumor ,clin ,nomatch = 0)]
length(clin [pmatch(tumor ,clin ,nomatch = 0)])
tumor [pmatch(tumor ,clin ,nomatch = 0)]
length(which(tumor [pmatch(tumor ,clin ,nomatch = 0)] != 0))

结果展示：

就酱紫漏掉11个样本了【手动滑稽】

（2）报错系列：

tumor <- paste(rep("tumor",22),1:22)
clin <- paste(rep("tumor",35),c(1:6,23:35,12:34))
tumor <- as.matrix(tumor )
tumor [pmatch(tumor ,clin),]
tumor [pmatch(clin,tumor ),]

结果展示：

报错类型：
Error in tumor[pmatch(tumor, clin), ] : 下标出界

R语言匹配函数，下次遇到新坑的话，还是会在这里补上~
也欢迎小伙伴在评论区分享自己遇到的问题~