OneAPI 编译cp2k 9.1和cp2k 2023.1

环境信息：

Rocky Linux 8.6 Linux server 4.18.0-425.19.2.el8_7.x86_64

gcc version 8.5.0 20210514 (Red Hat 8.5.0-16) (GCC)

OneAPI 2023

        Intel(R) oneAPI DPC++/C++ Compiler 2023.0.0 (2023.0.0.20221201)

        ifort version 2021.8.0

一、编译cp2k 9.1

这里用的是gcc编译器编译串行的依赖和cp2k，然后并行版本依赖和cp2k还是用到Intel的工具mpiifort，mpiicc。且用了Intel的MKL。

首先要载入Intel OneAPI的module或者用source的方法载入环境变量。

module load compiler mkl mpi 

然后解压cp2k，并进入toolchain目录

# wget https://github.com/cp2k/cp2k/releases/download/v9.1.0/cp2k-9.1.tar.bz2
tar -xvjf cp2k-9.1.tar.bz2
cd cp2k-9.1/tools/toolchain

然后运行toolchain自动编译工具

./install_cp2k_toolchain.sh \
--with-gcc=system \
--math-mode=mkl \
--with-mkl=system \
--with-intelmpi=system \
--with-scalapack=no \
--with-sirius=no \
--with-plumed=install

一切正常会提示成功

Done!

Now copy:

  cp /home/xxx/cp2k/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/arch/* to the cp2k/arch/ directory

To use the installed tools and libraries and cp2k version

compiled with it you will first need to execute at the prompt:

  source /home/xxx/cp2k/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup

To build CP2K you should change directory:

  cd cp2k/

  make -j 48 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"

按照上边的操作，拷贝相关文件，添加环境变量，然后编译。这里先编译ssmp 和 psmp。

cp install/arch/* ../../arch/
source install/setup
cd ../../
make -j 48 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"

小编自己测试ssmp 和 psmp通过。pdbg 没有编译通过，而sdbg有一个依赖库liblsan需要安装

sudo yum install -y liblsan 
make -j 48 ARCH=local VERSION="sdbg"

成功之后可以看到在exe/local目录里边有这么一些文件

lrwxrwxrwx 1 sam sam     9 May  5 23:32 cp2k.popt -> cp2k.psmp
-rwxrwxr-x 1 sam sam  509M May  5 23:32 cp2k.psmp
-rwxrwxr-x 1 sam sam  339M May  6 00:16 cp2k.sdbg
lrwxrwxrwx 1 sam sam     9 May  5 23:32 cp2k_shell.psmp -> cp2k.psmp
lrwxrwxrwx 1 sam sam     9 May  6 00:16 cp2k_shell.sdbg -> cp2k.sdbg
lrwxrwxrwx 1 sam sam     9 May  6 06:57 cp2k_shell.ssmp -> cp2k.ssmp
lrwxrwxrwx 1 sam sam     9 May  6 06:57 cp2k.sopt -> cp2k.ssmp
-rwxrwxr-x 1 sam sam  292M May  6 06:57 cp2k.ssmp

 可以看到popt是连接到psmp的，这是我们常用的版本。

如果要测试编译的文件是否正常运行，可以

make test

不得不提的问题是：libint的问题，在编译依赖库（运行toolchain）时，libint编译会报错使得libint的mod（fortran模块）文件没有被正确安装（脚本里边的make install没有执行）。

报错信息如下：

/home/sam/cp2k/cp2k-9.1-oneapi2023/cp2k-2023.1/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib/.libs/libint2.a(libint2_static_init.o): In function `__st                                                                                                                          i__$E':

libint2_static_init.cc:(.text+0xc): undefined reference to `std::ios_base::Init::Init()'

libint2_static_init.cc:(.text+0x21): undefined reference to `std::ios_base::Init::~Init()'

/home/sam/cp2k/cp2k-9.1-oneapi2023/cp2k-9.1/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib/.libs/libint2.a(libint2_static_init.o):(.gnu.linkonce.d.D                                                                                                                          W.ref.__gxx_personality_v0+0x0): undefined reference to `__gxx_personality_v0'

………………………….

………………………………….

OSVRRP0InBra_aB_p__0__pp__1___TwoPRep_unit__0__s__1___Ab__up_0.cc:(.text+0x23ec): undefined reference to `std::ios_base::Init::Init()'

OSVRRP0InBra_aB_p__0__pp__1___TwoPRep_unit__0__s__1___Ab__up_0.cc:(.text+0x2401): undefined reference to `std::ios_base::Init::~Init()'

make[1]: *** [Makefile:35: fortran_example] Error 1

make[1]: Leaving directory '/home/sam/cp2k/cp2k-9.1/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/fortran'

make: *** [Makefile:38: fortran] Error 1

解决方法如下：

先进入目录（根据实际情况）

cd /home/sam/cp2k/cp2k-9.1/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/fortran

将fortran/Makefile.in 改成如下

fortran_example: fortran_example.o libint_f.o         $(LTLINK) $(CXX) $(CXXFLAGS) $(LDFLAGS) $(COMPUTE_LIB) $(SYSLIBS) $(FCLIBS) -o $@ $^

变成

fortran_example: fortran_example.o libint_f.o         $(LTLINK) $(CXX) $(CXXFLAGS) $(LDFLAGS) $(COMPUTE_LIB) $(SYSLIBS) $(FCLIBS) -lstdc++ -o $@ $^

然后

make
make install

然后再去编译cp2k。

二、编译cp2k 2023.1

这里串行和并行用的都是OneAPI的编译器以及MKL。基本步骤一致，toolchain的参数要稍微变化一下。

module load compiler mkl mpi 
cd tools/toolchain
./install_cp2k_toolchain.sh \
--math-mode=mkl \
--with-intelmpi=system \
--with-scalapack=no \
--with-sirius=no \
--with-plumed=install

成功后进行编译

cp install/arch/* to the ../../arch/
source install/setup
cd ../../
make -j 48 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"

这里也有一个不得不提到的错误：

在最终make ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg" 时，

/home/sam/cp2k/cp2k-2023.1/src/fm/cp_fm_types.F(2261): error #6780: A dummy argument with the INTENT(IN) attribute shall not be defined nor become undefined.   [FM]

         READ (unit) fm%local_data(:, j)

---------------------^

使得  ssmp和sdbg 没产生。这个应该是代码里边的一个问题，串行代码对一个INTENT(IN) 的变量进行了赋值，暂时的办法就是把INTENT(IN) 改成INTENT(INOUT) ，这实际上不会改变程序的运行，INTENT实际上应该在代码编译时能让编译器检查代码的错误（告诉编译器，在向一个函数里传入一个“地址”，但是这个地址对应的值不应该在这个函数里边被改变）。具体修改：

 vi src/fm/cp_fm_types.F

把cp_fm_types.F里边的函数cp_fm_read_unformatted里边的声明

YPE(cp_fm_type), INTENT(IN)          :: fm

改成

YPE(cp_fm_type), INTENT(INOUT)          :: fm

三、一些Tips

首先， tools/toolchain里边的scripts目录，是install_cp2k_toolchain.sh要调用的脚本，这些脚本里边包含下载的依赖代码的版本和下载地址。在运行install_cp2k_toolchain.sh时，代码压缩包被下载到build目录，并在里边进行编译。且，下载前会检测build里边是否有这个包，如果已经有了，就会跳过下载进行解压。对于下载未完成的包会提示解压报错，这时需要删除这个未完成的包重新来过。如果下载太慢，可以自己手动下载然后拷贝到build里边，但是要注意版本和文件名要严格对应。另外一种方法是给wget添加代理参数：

cd ./tools/toolchain
vi scripts/tool_kit.sh

将(两处)

local __wget_flags='--quiet'

改成

local __wget_flags='--quiet -e use_proxy=yes -e http_proxy=http://192.168.1.99:8090'

另外，install文件夹是依赖软件包的安装目录，如果要重新编译这个依赖包，需要将install里边相应的文件夹删除。

最后，可以将下载好的依赖，修改掉“bug”连同cp2k的源码一起打包，以便下次使用。如有需要小编打好的包，请mail我(Email:  fangjzh#foxmail.com , 将#改成@)。