生信
文章平均质量分 89
dpsh_6
这个作者很懒,什么都没留下…
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【水环境病原菌数据库开发心得】
DPiWE数据库收录了人类疾病、鱼类疾病及跨宿主共患病等六类疾病中的13个门(包括4个变形菌纲),116个科,221个属和1097个种下的9070株细菌病原信息(主要为细菌分类学、侵染途径和宿主信息等)和对应的16S rRNA基因序列数据。这些信息均在web端公开(dayuz.com或http://pathogen.umehd.com/),并且通过内置NoSQL数据库、Rserve和Usearch全局搜索软件实现了对病原菌信息检索、序列比对和注释结果可视化等功能。原创 2022-11-08 23:45:00 · 929 阅读 · 2 评论 -
利用BLAST进行序列比对和寻找同源基因
NCBI BLAST是最常用的短序列局部比对软件之一,学习一下软件参数,并这记录一下我的软件操作的命令行。NR 库分割参考Gu Kai老师的笔记:http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/6731. 软件版本 我部署在服务器上的是version 2.8.1 ,因为其支持物种注释以及分割的NR子库的索引作为比对的库,使用比较方便,但...原创 2019-03-10 21:46:04 · 38628 阅读 · 7 评论