学习笔记
毒鸡蛋
这个作者很懒,什么都没留下…
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数据分析-相关性
Pearson相关系统适合正态分布、连续随机变量、线性相关程度高的情况。对于非线性相关的数据,Spearman相关系数要比Pearson相关系数更显著肯德尔秩相关系数对样本量小,有极端值的情况也更适用下图直观的体现了三种相关系数的有效性。可以看出,在相关性极为明显(极相关或极不相关)的情况下,三者效果是无差异的。而对于相关性不太明确的情况(图3),Kendall相关系数更为保守一些。相关链接:相关性分析的五种方法参考。原创 2024-06-19 17:06:33 · 1447 阅读 · 0 评论 -
Linux 学习笔记---if else for
Linux 学习笔记---if elseIFS=_ sample_flag_arr='111PCR_g_12' # IFS 指定分隔符 if [[ ${sample_flag_arr} =~ .*PCR.* ]]; then pcr_name=`echo ${sample_flag_arr[0]} | sed 's/PCR/MPCR/g'` echo "${pcr_name}"else echo "${sample_flag_arr}M"fi另一种形式for ip in {160..1原创 2021-05-28 13:57:55 · 126 阅读 · 0 评论 -
HTML学习记录:(一)、基础语法
HTML学习记录:(一)、基础语法<html><body><h1>我的第一个标题</h1><p>我的第一个段落。</p></body></html><!-- <html> 与 </html> 之间的文本描述网页<body> 与 </body> 之间的文本是可见的页面内容<h1> 与 </h1> 之间的文本被显原创 2021-04-26 14:24:09 · 155 阅读 · 0 评论 -
生信分析学习笔记:(1)火山图
生信分析学习笔记:(1)火山图背景知识介绍:代码展示由于一直没认真学习,经常性三天打鱼两天晒网的,导致自己落后于他人太多【大哭】,所以要立个flag,争取早日追上大家。今天第一天,先从最简单的 火山图 开始学起。现在看一下效果图背景知识介绍:1、每个点代表一个检测到的基因。2、横轴和纵轴用于固定点在空间的位置。一般横轴是Log2(foldchange),点越偏离中心,表示差异倍数越大。纵轴是-Log 10 (adjusted P-value),点越靠图的顶部表示差异越显著。3、点的大小和原创 2021-04-16 22:34:28 · 2969 阅读 · 0 评论 -
统计学 学习笔记:常见统计学检验概念
统计学 学习笔记:常见统计学检验概念Bonferroni 校正LSDS-N-K法Bonferroni 校正FDR错误控制法是Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值。假设你挑选了R个差异表达的基因,其中有S个是真正有差异表达的,另外有V个其实是没有差异表达的,是假阳性的。实践中希望错误比例 Q=V/R 平均而言不能超过某个预先设定的值(比如0.05),在统计学上,这也就等价于控制FDR不能超过5%;对所有候选基因的p值进原创 2021-04-09 19:52:09 · 862 阅读 · 0 评论 -
Linux 学习笔记:grep 的多种用法
linux 统计两个文件中相同或不同的行#一整行内容都相同# 打印文件222 / 中和文件111中相同的行grep -Ff 111 222# 打印文件111 / 中和文件222中相同的行grep -Ff 222 111# 打印文件111 / 中和文件222中不相同的行grep -vFf 222 111# 打印文件222 / 中和文件111中不相同的行grep -vFf 111 222# 部分内容相同的情况grep -wf TEXT1 TEXT2匹配制表符、换行符grep $'\原创 2021-04-06 16:41:12 · 199 阅读 · 1 评论 -
Linux 学习笔记:Linux 下的解压命令 tar zip gz bz2 rar 等
Linux 学习笔记:Linux 下的解压命令 tar zip gz bz2 rar 等解压命令gunzip hg38.refGene.txt.gz总结:1、*.tar 用 tar -xvf 解压2、*.gz 用 gzip -d或者gunzip 解压3、*.tar.gz和*.tgz 用 tar -xzf 解压4、*.bz2 用 bzip2 -d或者用bunzip2 解压5、*.tar.bz2用tar -xjf 解压6、*.Z 用 uncompress 解压7、*.tar.Z 用tar -原创 2021-04-06 16:33:23 · 132 阅读 · 1 评论 -
Linux 学习笔记: shell中${} 的用法,删除&替换
学习笔记: shell中${} 的用法,删除&替换字符串的删除echo${i##*/} 删除 / 前的所有内容## 删除tt=$iecho{tt:22} #取的22位以后的所有字符file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt${file#*/}:删掉第一个/ 及其左边的字符串:dir1/dir2/dir3/my.file.txt${file##*/}:删掉最后一个/ 及其左边的字符串:my.file.txt${file#*.}:删掉第一个. 及其左原创 2021-04-02 13:39:31 · 1163 阅读 · 1 评论 -
Excel 学习笔记:拼接、替换、判断
Excel 学习笔记:拼接、替换、判断单元格合并-拼接替换替换最后一个字符判断(单元格是否为空)联合使用实例单元格合并-拼接 =J1&"+"&K1&"+"&L1格式:=单元格 & 单元格 & “字符”解释:&:连接符" ":固定字符替换=Replace(old_text, start_num, num_chars,new_text)格式:=replace(要替换的字符串/单元格,开始位置,替换个数,新的文本)替换最后一个原创 2021-04-06 15:46:42 · 378 阅读 · 0 评论 -
Linux 学习笔记:shell 中 $* 的各种含义
shell 中 $* 的各种含义$0: 脚本本身文件名称$1: 命令行第一个参数,$2为第二个,以此类推$*: 所有参数列表$@: 所有参数列表$#: 参数个数$$: 脚本运行时的PID$?: 脚本退出码$! 执行上一个背景指令的PID(后台运行的最后一个进程的进程ID号)$? 执行上一个指令的返回值 (显示最后命令的退出状态。0表示没有错误,其他任何值表明有错误)$- 显示shell使用的当前选项,与set命令功能相同$@ 跟$*类似,但是可以当作数组用∗与@的区别当命令行原创 2021-04-02 13:42:27 · 3353 阅读 · 0 评论 -
Linux 学习笔记:AWK 命令
AWK 命令用法与举例取列删除列添加列(添加一列自增数据)按tab键分割及输出重复的取第一个按照统一ID合并2个文件内容根据序列ID提取fastq序列参数含义awk '{[pattern] action}' {filenames} # 行匹配语句 awk '' 只能用单引号awk -F #-F相当于内置变量FS, 指定分割字符awk -v # 设置变量awk -f {awk脚本} {文件名} '{print $1}' 指定打印第几元素awk的默认输入和输出分隔符:FS : 输入字原创 2021-04-02 13:23:53 · 250 阅读 · 1 评论