dujidan的博客

原创 python 性能瓶颈统计

memory_profiler 是一个简单易用的工具，适用于 Python 开发中的内存分析和优化。通过详细的内存使用报告，开发者可以快速定位问题并优化代码，从而提升程序的性能和稳定性。

原创 GIT报错：Connection to git. closed by remote host.

这说明虽然连接成功了，但物理机的 SSH 客户端对服务器使用的 ssh-rsa 签名算法表示了“怀疑”或“不完全信任”，这在执行复杂的 Git 数据流传输时可能会导致连接被意外重置。核心对策：避免使用 ssh:// 格式在 GitLab 这种非标准端口环境下，ssh:// 格式对路径的解析非常敏感。有时 /etc/ssh/ssh_config 和 ~/.ssh/config 中的配置会产生冲突。通过 -o HostKeyAlgorithms=+ssh-rsa 解决了日志中提到的算法信任问题。

原创 Rust静态编译

【代码】Rust静态编译。

原创 绘制火山图 R、python

原创 python 自动数据拟合 预测（2）使用分段函数

原创 python 自动数据拟合 预测（1） 多种函数

使用函数拟合：线性拟合、多项式拟合、指数函数拟合、对数拟合、正弦函数拟合评估说明：结果图片：多种拟合结果最优模型残差

原创 psutil 获取计算机资源cpu、memory

可以看到，磁盘’/'的总容量是998982549504 = 930 GB，使用了39.1%。参考：https://liaoxuefeng.com/books/python/third-party-modules/psutil/index.html。返回的是字节为单位的整数，可以看到，总内存大小是8589934592 = 8 GB，已用7201386496 = 6.7 GB，使用了66.6%。获取一个root用户的进程需要root权限，启动Python交互环境或者.py文件时，需要sudo权限。

原创 docker 更新layer

【代码】docker 更新layer。

原创 shapely 计算几何

Shapely 是一个 Python 包，用于对平面特征进行集合论分析和操作，使用了著名且广泛部署的 GEOS 库中的函数。JTS 和 GEOS 的设计主要遵循开放地理空间联盟的简单特征访问规范 1，而 Shapely 主要遵循同一套标准类和操作。因此，Shapely 深深植根于地理信息系统 (GIS) 领域的惯例，但同时也致力于为处理非常规问题的程序员提供同样的帮助。

原创 python填充多边形，获取所有内部点

简单示例。

原创 单细胞格式转换 rds 转成 h5ad

这样，文章数据里的细胞信息就能最大程度地保留啦~但是如果细胞数很多的话，比如我引用的这个13万个细胞（虽然我觉得还好。），scanpy.read_loom转换成Anndata慢的要死，建议写成脚本扔到后台进行。ps.开着spyder或者IPython读取loom文件记得关掉。否则容易引发OS错误，比如我这样。然后各种pip install --user 以及 pip install -U loompy 后成功。

原创 如何查看当前的网络运行商

打开在线网站www.speedtest.cn ，在左下角就有会显示上网电脑的 IP地址，运营商，浏览器，操作系统。

原创 HTTP 状态码

参考：

原创 gdu：磁盘使用情况分析

这是一个用 go 编写的开源磁盘使用情况分析器。Gdu 的灵感来自 godu、dua、ncdu 和 df。gdu 工具是为可以使用并行处理的 SSD 驱动器创建的。与 SSD 驱动器相比，该工具还可以与性能较低的 HDD 一起使用。您还可以查看基准测试结果。还有许多其他类似的工具，您必须先使用 gdu 才能满足您的需求。

原创 查看USB设备信息，重命名label

【代码】查看USB设备信息，重命名label。

原创 Rust 基础大纲

版本开始支持稀疏索引：不再需要完整克隆 crates.io-index 仓库，可以加快获取包的速度。2.1 cargo 版本>= 1.68 支持稀疏索引。中国区，可能连接 crates.io 会有问题。rust 官方文档中文网站。

原创 R语言安装包

【代码】R语言安装包。

原创 计算DNA序列的编辑距离（Levenshtein Distance）

本文介绍了使用动态规划方法计算DNA序列编辑距离的Python实现。编辑距离(Levenshtein Distance)衡量两个字符串之间的相似度，通过插入、删除或替换操作的最小次数计算。代码构建(m+1)×(n+1)的DP矩阵，初始化边界值后，通过状态转移方程填充矩阵：当字符相同时直接继承左上角值，否则取左、上、左上最小值加1。还提供了序列反向互补、距离矩阵计算等功能模块，可用于生物信息学分析。该实现时间复杂度O(mn)，空间复杂度O(mn)，适用于DNA序列比对等场景。

原创 Rustup 升级国内源

注：rustup 在判断是否需要更新时依赖于 toml 的 sha256，由于 toml 内容中相关链接被替换为镜像源，第一次切换到镜像源时各个 channel 会被认为需要更新。镜像站只会保留一段时间的 nightly，如果在安装时出现错误，请用 RUSTUP_DIST_SERVER= rustup …Rustup 是 Rust 官方的跨平台 Rust 安装工具。

原创 vscode 调试 Rust 中 luanch.json 设置

【代码】vscode 调试 Rust 中 luanch.json 设置。

原创 使用Crypto 加密文件

本文介绍了使用Python的Crypto库实现文件加密的方法，包含AES和RSA两种加密方式。AESCrypt类提供了AES加解密功能，使用EAX模式进行文件加密/解密；RSACrypt类则实现了RSA密钥生成及文件加解密，采用PKCS1_OAEP填充和AES-256加密。代码示例展示了如何生成RSA密钥对，以及如何使用会话密钥进行混合加密。两种方法都支持文件读写操作，其中AES使用固定密钥，RSA结合了非对称加密和对称加密的优点。

原创 python 放大图

【代码】python 放大图。

原创 plotnine基础 python调用ggplot

【代码】plotnine基础 python调用ggplot。

原创 plotline 绘图 在python中使用ggplot

【代码】plotline 绘图 在python中使用ggplot。

原创 Linux记录

vmstat命令，是 Virtual Meomory Statistics（虚拟内存统计）的缩写，可用来监控 CPU 使用、进程状态、内存使用、虚拟内存使用、硬盘输入/输出状态等信息[root@localhost ~] vmstat [-a] [刷新延时 刷新次数][root@localhost ~] vmstat [选项]-a 的含义是用 inact/active（活跃与否） 来取代 buff/cache 的内存输出信息。

原创 python 雷达图

【代码】python 雷达图。

原创 python 环状图 (pycirclize)

【代码】python 环状图 (pycirclize)

原创 perf 性能瓶颈统计

script工具将上步采集的信息转换成文本。

原创 多线程的 分层 进度条

【代码】多线程的 分层 进度条。

原创 python实现 基因组组装算法 De Bruijn Graph

【代码】python实现 基因组组装算法 De Bruijn Graph。

原创 读取str转换为时间单位

【代码】读取str转换为时间单位。

原创 F1R2 和 F2R1 的定义

在双端测序中，每个 DNA 片段的两端都会被测序，生成两个读取（Reads），分别称为 Read 1 (R1) 和 Read 2 (R2)。对于链特异性文库，这两个读取不仅包含序列信息，还携带了关于原始转录本链方向的信息。含义：表示第一个读取（Forward Read 1, R1）是从正链（+ strand）测序而来，而第二个读取（Reverse Read 2, R2）是从负链（- strand）测序而来。应用场景：当构建链特异性文库时，F1R2 是指 R1 来自正链，R2 来自负链。

原创 VSCode 报错：rust-analyzer requires glibc ＞= 2.28 in latest build

【代码】VSCode 报错：rust-analyzer requires glibc ＞= 2.28 in latest build。

原创 python 柱状图 标签

【代码】python 柱状图 标签。

原创 seq logo

2种绘制seqlogo 的方法。

原创 boxplot 绘制箱线图，添加数据点

【代码】boxplot 绘制箱线图，添加数据点。

原创 VS Code 配置 Rust-Analyzer 报错

最后偷梁换柱的方式成功了，用自己下载rust-analyzer 替换了VSCode 的 rust-analyzer ，成功了。是把rust-analyzer 安装上了，但设置路径这一步一直不起效果。

原创 python class类中的装饰器 各种@

classmethod: 不用实例化，可以直接调用。直接使用示例进行说明演示，更为直观。

原创 txt 转成 xlsx

【代码】txt 转成 xlsx。

原创 probit的LOD计算

【代码】probit的LOD计算。