脑机接口基础学习14---Epochs数据可视化

这篇文章主要介绍epoched数据的可视化

这里介绍的所有函数基本上都是高级matplotlib函数，所有方法均返回matplotlib图形实例的句柄
mne.Epochs.plot()提供了一个交互式浏览器，当与关键字block=True结合使用时，运行手动拒绝。这将阻止脚本执行，直到关闭浏览器窗口

#加载工具包

import os
import os.path as op
import mne
import matplotlib.pyplot as plt

#加载数据
'''
加载数据，如果本地无该数据，
则从网络下载

'''
sample_data_folder=r'E:\脑机接口资料\MNE-sample-data'
sample_data_raw_file=os.path.join(sample_data_folder,'MEG','sample',
                                 'sample_audvis_filt-0-40_raw.fif')
raw=mne.io.read_raw_fif(sample_data_raw_file,verbose=False,preload=True)

#设置 event ID

event_id={'auditory/left':1,'auditory/right':2,'visual/left':3,
         'visual/right':4,'smiley':5,'button':32}
events=mne.find_events(raw)
epochs=mne.Epochs(raw,events,event_id=event_id,tmin=-0.2,tmax=0.5,preload=True)

del raw

输出结果：

#绘制epochs
epochs.plot(block=True)
plt.show()

顶部的数字表示epoch的事件id，底部的数字是各个epoch的运行编号
因为这里没有进行人为的伪影校正或剔除，所以有一些epoch数据被眨眼或扫视污染。例如，epoch 1似乎被眨眼污染了（滚动到底部查看EOG通道）。单击浏览器窗口的顶部可以将这个epoch标记剔除。单击时，epoch应该变为红色。这意味着当浏览器窗口关闭时，它将被删除。

通过将events关键字传递给epochs绘图仪，可以在epoched数据上绘制事件标记。这些事件被绘制为竖线，它们遵循与mvc.viz.plot_events()相同的着色方案。由于颜色相同，事件绘图仪也可以作为epochs绘图仪事件的图例。也可以通过event_colors关键字传递自己的颜色。在这里，我们可以绘制看到笑脸和按下按钮之间的反应事件（事件32）。

在传递事件时，默认情况下，底部的epoch编号是关闭的，以避免重叠。你可以通过设置对话框通过按o键重新打开它。

#绘制events
events=mne.pick_events(events,include=[5,32])
mne.viz.plot_events(events)

# 绘制smiley的epochs

epochs['smiley'].plot(events=events)
plt.show()

为了一眼就可以看到所有的epoch，可以使用函数mne.epoch.plot_image()将各个通道绘制为图像。它可以显示信号在所有时间点上的振幅，加上激活的平均（诱发响应）。

显式地将交互式colorbar设置为on（默认情况下也是on，以使用topo绘图以外的colorbar来绘制函数）。在交互模式下，可以通过鼠标滚动和上下箭头键来缩放和改变颜色图。也可以用鼠标左右拖动颜色栏。按下空格键会重置比例

epochs.plot_image(278,
                 cmap='interactive',
                 sigma=1,
                 vmin=-250,vmax=250)

这里还可以通过计算全局字段功率（或其他聚合方法）来概述所有通道。但是，以这种方式组合多个通道类型（例如MEG和EEG）是不明智的，因此，如果未指定特定的通道选择，默认情况下plot_image()方法将为每个通道类型生成单独的图形。

epochs.plot_image(combine='gfp',sigma=2.0,cmap='YlGnBu_r')

这里还可以使用一些函数来绘制按通道排列成通道阵列形状的信息，图形绘制时默认情况下使用自动播放，但是有噪声的通道和不同类型的通道类型会导致缩放有点小

epochs.plot_topo_image(vmin=-250,
                      vmax=250,
                      title='ERF images',
                      sigma=2.,
                      fig_facecolor='w',
                      font_color='k')

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