聚簇索引并不是一种单独的索引类型，而是一种数据存储的方式。聚簇索引表（InnoDB）的数据是放在叶子节点，而非聚簇索引（MyISAM）的的叶子节点是存放指向数据行的指针。
要是每个索引列都存放着数据，那么将产生巨大的存储消耗，故一般只有在主键列的索引（主键索引）的叶子节点存放着数据，其它非主键索引叶子节点将指向主键索引，如果没有主键，将会选择一个唯一非空作为聚簇索引，如还是没有则会隐式定义一个主键作为一聚簇索引。如图：
在InnoDB，当使用主键索引进行查找时，性能会相当的高，因为数据就在索引上，找到了索引的位置以为着也找到了数据。而使用非聚簇索引的查找，将会根据找到的主键索引值进行二次查找，故效率相对低一些。
在MyISAM，主键索引和其它索引并没有什么区别。
当然这并不表示，只要是用主键索引查找，InnoDB就比MyISAM快，实际的环境测试中，单纯的CRUD操作，MyISAM效率远远高于InnoDB
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