用SimpleITK读取dicom格式的图像

最新推荐文章于 2023-09-07 22:00:00 发布

neu_wyn

最新推荐文章于 2023-09-07 22:00:00 发布

阅读量2.8k

点赞数 4

分类专栏：编程文章标签： pytorch 深度学习神经网络

本文链接：https://blog.csdn.net/eyetr/article/details/123353114

版权

本文介绍如何利用SimpleITK库读取单张及 DICOM 图像序列。通过简短的代码示例展示了如何加载元数据，并强调元信息的获取需通过reader而非直接从image3D中读取。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、读取单张dicom图像

file = sitk.ReadImage(filepath) #读取dicom文件
file.GetSize() # 大小
file.GetOrigin() # 坐标原点
file.GetSpacing() # 像素间距
file

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

neu_wyn

关注关注

4
点赞
踩
9

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

专栏目录

python simpleitk 读取dicom数据

sdhdsf132452的博客

05-10

255

【代码】python simpleitk 读取dicom数据。

SimpleITK学习（二）图像读取

weixin_30765577的博客

03-08

2713

通常我会用simpleitk来读取dicom文件，主要是为了将dicom文件转换为numpy矩阵，便于输入神经网络，读取dicom文件可分为两种情况，一.单独的dicom文件二.一系列dicom文件，前者只是一张切片，通常是X光片，后者是很多张切片，合在一起通常代表CT图像。一. 读取dicom文件 file = sitk.ReadImage(filepath) 获取基本信息，...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列

JianJuly的博客

07-26

1万+

医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。下面的教程展示，如何读取一个包含多张切片的dicom序列，并将其转换为单个3D的dcm文件 import SimpleITK as sitk # Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起） file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219...

simpleitk 读数据图像 dicom nii 处理数据

热门推荐

愿十四亿神州尽舜尧

10-09

1万+

1. 用SimpleITK读取dicom序列： import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' rea...

SimpleITK、Slicer读取图像信息

huihui__huihui的博客

04-08

462

SimpleITK读取图像信息 image = sitk.ReadImage("/home/jack/test/T1.nrrd") #图像的大小 iamge.GetSize() #原点 image.GetOrigin() #空间 image.GetSpacing() #方向 image.GetDirection() 结果 Slicer读取图像信息

python读取dicom_python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

weixin_39558317的博客

12-17

942

1. 用SimpleITK读取dicom序列：import SimpleITK as sitkimport numpy as npimg_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'reader = si...

python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

09-18

1. **使用SimpleITK读取DICOM序列** SimpleITK是一个轻量级的Python接口，用于Image Processing Package (ITK)。它可以方便地处理多帧DICOM序列。以下是一个读取DICOM序列的示例： ```python import SimpleITK ...

使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例

09-16

本实例主要涉及如何使用SimpleITK来读取和保存NIfTI和DICOM格式的文件。 NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）是一种常见的神经影像存储格式，通常用于MRI或fMRI数据。`.nii.gz`是NIfTI文件的...

python读取dicom序列_python读取dicom图像（SimpleITK和dicom包实现）

weixin_31992501的博客

02-21

1260

1. 用SimpleITK读取dicom序列：import SimpleITK as sitkimport numpy as npimg_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'reader = si...

SimpleITK读取医学影像文件

我是托蜜的博客

06-12

7456

原文：https://blog.csdn.net/songchunxiao1991/article/details/79074604 SimpleITK ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。 Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文 X射线图像对应的读取 import SimpleITK as sitk filename = ...

SimpleITK Dicom序列数据读取

whunamikey的专栏

12-07

882

Python中利用SimpleITK读取DICOM文件 - 简书

利用SimpleITK读取同一个目录下的多个dicom序列

Oath4Love的博客

03-18

2905

当一个目录下存在多个dicom序列的时候（如下图），该如何利用python进行自动读取呢？下面展示利用SimpleITK的方法进行读取。 python代码如下： # -*- coding: utf-8 -*- import os import numpy as np import SimpleITK as sitk dir_path = r"E:\pet_lung_cancer\all_dat...

Ubuntu中python调用SimpleITK来显示图像

mjiansun的专栏

02-28

6205

转自：http://blog.csdn.net/jiandanjinxin/article/details/53232440 misc.imshowipython import os from scipy import misc dataDir = os.environ["HOME"] + "/Downloads/SimpleITK-MICCAI-2001-Tutorial-master/D

SimpleITK学习

Kint的博客

03-22

1300

SimpleITK工具包入门学习

simpleitk read dicom

fanre的专栏

07-01

2615

参考：https://www.kaggle.com/kmader/3d-lung-volumes-using-simpleitk dcm_file_names = r'C:\Users\datu\Desktop\180510' dicom_names = sitk.ImageSeriesReader().GetGDCMSeriesFileNames(dcm_file_names) itk_img = sitk.ReadImage(dicom_names)

simpleITK保存读取nii文件

07-27

使用SimpleITK库可以方便地进行NIfTI格式图像的保存和读取。下面是一个示例代码，演示了如何使用SimpleITK保存和读取NIfTI文件： ```python import SimpleITK as sitk # 读取NIfTI文件 image = sitk.ReadImage('input.nii') # 修改图像数据或进行其他操作... # 保存为NIfTI文件 sitk.WriteImage(image, 'output.nii') ``` 首先，使用`sitk.ReadImage`函数读取NIfTI文件，将其加载为SimpleITK图像对象。然后，您可以对图像进行任何必要的操作，例如修改数据、应用滤波器等。最后，使用`sitk.WriteImage`函数将图像保存为NIfTI文件。指定要保存的图像对象和输出文件路径即可。需要注意的是，SimpleITK支持各种图像格式，包括DICOM、NIfTI、MHA等。因此，您可以根据需要选择适当的函数进行读取和保存。希望这可以帮助到您！如有任何疑问，请随时提问。