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于 2018-10-06 17:13:53 发布
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分类专栏： 生物信息
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版权

Tophat –> Cufflink –> Cuffdiff

cufflinks 是做什么分析的

对每个样本进行转录组装

将所有样本进行转录组装

获得基因表达文件

cufflinks还有cuffdiff

根据文章设立的阈值，挑选出差异基因

 

 

 featureCounts 进行定量

采用DESeq2进行差异分析

 

应该是还有一个进行整合的文件脚本，以方便计算TPM值

 

 

 

 

 

 

 

 

fengleqi
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