生物信息学
文章平均质量分 87
fhqdddddd
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
天南星科系统发育及全基因组复制事件的研究取得新进展
无原创 2022-06-09 14:54:49 · 631 阅读 · 0 评论 -
使用 GCE 进行基因组大小评估
使用 GCE 进行基因组大小评估1. GCE 简介GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件,其参考文献为:Estimation of genomic characteristics by analyzing k-mer frequency in de novo genome projects。下载地址:ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/gce。GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和转载 2022-03-31 14:55:46 · 2358 阅读 · 0 评论 -
jellyfish的安装和使用
JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小。该软件只能运行在64位的Linux系统下。其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上。JELLYFISH安装$ wget http://www.cbc.转载 2022-03-30 15:46:50 · 7024 阅读 · 2 评论 -
Identity, Positive, 和Similarity的区别
identity和similarity有什么区别,发现自己对这几个概念也不甚了了,于是做了点功课,如下。第一反应 去查了BLAST的glossaryIdentityThe extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant.SimilarityThe extent to which nucleotide or protein sequences are related. The extentof s.转载 2021-11-24 11:18:34 · 2869 阅读 · 0 评论 -
其他blast使用方法
程序名 搜索序列 数据库 内容 备注blastp Protein Protein 比较氨基酸序列与蛋白质数据库 使用取代矩阵寻找较远的关系,进行SEG过滤blastn Nucleotide Nucleotide 比较核酸序列与核酸数据库 寻找较高分值的匹配,对较远的关系不太适用blastx Nucleotide ...转载 2021-11-24 11:05:33 · 998 阅读 · 0 评论