Datawhale AI 夏令营 task 1 笔记打卡

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• [[siRNA]]学习 #ai4science
  • 基本概念

    • RNA干扰（RNAi）
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      • RNA干扰（RNAi）是一种天然存在的基因表达调控机制，通过小干扰RNA（siRNA）等分子来沉默特定基因的表达。这一机制在细胞中起着重要作用，能精确地抑制目标基因的表达，从而减少相应蛋白质的产生。siRNA通过与靶mRNA结合，诱导RNA诱导沉默复合物（RISC）切割mRNA，最终导致mRNA降解和基因沉默。在基因治疗和疾病治疗中，RNAi技术有望通过沉默致病基因来发挥治疗作用。

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      化学修饰siRNA

      • 化学修饰siRNA是指在siRNA分子中引入化学修饰，以增强其稳定性、靶向性和有效性。这些修饰可以增加siRNA在体内的稳定性，减少其毒性和副作用，提高其基因沉默效率。常见的化学修饰包括磷酸酯骨架修饰、核苷酸修饰和末端修饰等。这些修饰不仅能提高siRNA的药效，还能减少非特异性沉默，提升siRNA药物的临床应用潜力。
  • 背景知识
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    • 长期以来，药物研发领域流传着“双十定律”，即从新药研发开始到产品获批上市，平均耗时十年，投入成本约十亿美元。所幸的是，大数据与人工智能（Artificial Intelligence，AI）的兴起，有望新药的研发走出这个“双十”困局，使药物研发的进度得以加速，成功率得以提高，同时成本也得以大大降低。如提升候选药物品质（改善靶点确证和先导分子优化流程、调整药物用途），优化临床试验设计（基于生物标志物的筛查、患者分级）等。AI制药企业英矽智能通过生成式人工智能筛选靶点并设计的小分子TNIK抑制剂候选药物INS018_055已完成Ⅱ期临床试验首例患者给药，给数以百万计特发性肺纤维化（IPF）病人群带去福音，其从靶点发现到人体临床开启仅用了18个月。AI辅助制药与生命科学研究已经成为一种新的范式。
    • 小干扰RNA (small interfering RNA,siRNA)生物学最重要生物技术之一，是发现能够通过一种被称为RNA干扰(RNA interference, RNAi)的现象来调节基因的表达。siRNA可用作研究体内和体外单基因功能的工具，是一类有吸引力的新型疗法，特别是针对治疗癌症和其他疾病的不可成药靶点。2018年，在结合靶向递送系统和经过高级化学修饰之后，全球首个siRNA药物Patisiran获批上市。如今，越来越多siRNA逐渐进入试验阶段甚至步入临床，这标志着临床领域实现精准医疗将不再只是一句口号，最终惠及更多患者。
    • RNAi作用机制
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      • 生物体内，RNAi首先将较长的双链RNA加工和切割成 siRNA，通常在每条链的3’末端带有2个核苷酸突出端。负责这种加工的酶是一种RNase III样酶，称为Dicer。形成后，siRNA与一种称为RNA诱导的沉默复合物（RNAinduced silencing complex, RISC）的多蛋白组分复合物结合。在RISC复合物中，siRNA链被分离，具有更稳定的5′末端的链通常被整合到活性RISC复合物中。然后，反义单链siRNA组分引导并排列在靶mRNA上，并通过催化RISC蛋白（Argonaute family（Ago2））的作用，mRNA被切割，即对应基因被沉默，表达蛋白能力削弱。

  • 传统siRNA设计原则与知识

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    • siRNA的沉默效率与众多因素相关，例如siRNA的稳定性、修饰、转染方法等。一些经验的生物知识可用于特征构建和AI模型的设计。在siRNA一般设计过程中有以下知识和原则：
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      • siRNA序列（一般为反义链）与靶向RNA互补。
      • siRNA序列长度一般在19～29nt之间。研究表明21nt相比27nt对靶基因的最大抑制率更容易达到。
      • 一般来说，从靶基因起始密码子AUG下游50～100个核苷酸，或位于终止密码子50-100个核苷酸范围内的序列（确保转录基因为沉默状态）搜寻理想的siRNA序列，越靠近靶基因的3′端，其基因沉默效果可能越好。
      • 一般设计好的潜在siRNA序列，会在GenBank数据库进行BLAST，去掉其他基因有显著同源性的靶序列（错误靶向）。
      • 具体序列而言，最好为AA+(Nn)UU(N代表任意碱基，n为碱基数目)，其次是NA(Nn)UU和NA(Nn)NN。
      • 一般情况下，siRNA的稳定性直接影响其最终在细胞中的敲低效率。在siRNA的反义链5’端第一个碱基尽量可能是为A或U; siRNA正义链的5’端第一个碱基尽量为G或C。
      • 一般情况下，3′端的2个碱基使用突出的dTdT（deoxythymidine dinucleotide）取代，能够增强siRNA 双链复合体的稳定性，进而增加siRNA的敲低效率。
      • G/C含量在30%～52%的siRNA序列，其沉默基因效果较好。研究表明40–55％ GC的含量敲低效率高于GC含量高于55%的。
      • 一般来说，siRNA序列中连续2个及以上G/C能够降低双链RNA内在稳定性，从而降低siRNA在细胞中的敲低效率；而连续3个以上的A和U可能终止由RNA Polymerase III介导的转录作用。siRNA序列中的重复序列或回文结构可能形成发夹状结构，这种结构的存在可以降低siRNA敲低效率。