gavin_cdc的博客

#先贴一下总的代码，后面有重点！# https://www.jianshu.com/p/f768cbf5ee0c# 判断网页编码library(rvest)f <- tempfile()#创建临时文件download.file("https://list.tmall.com/search_product.htm?q=%B5%CDGI&type=p&vmarket=&spm=a2156.1676643.a2227oh.d100&from=mallfp..p.

p1 <- ggplot(data = DNA_result, mapping = aes( x= num, y = nd)) + geom_point(colour = "red") + xlab( "样本序号") + ylab("浓度")+ theme(plot.caption = element_text(hjust = 0))+ theme_bw()p1p2 <- ggplot(data = DNA_result, mapping = aes( x= nu..

dummyVars函数:dummyVars creates a full set of dummy variables (i.e. less than full rank parameterization----建立一套完整的虚拟变量survey<-data.frame(service=c("very unhappy","unhappy","neutral","happy","ve...

原文来源：1：https://www.sohu.com/a/199698358_4893122：https://blog.csdn.net/qq_42458954/article/details/86694980在构建回归模型时，如果自变量X为连续性变量，回归系数β可以解释为：在其他自变量不变的条件下，X每改变一个单位，所引起的因变量Y的平均变化量；如果自变量X为二分类变量，例如是否饮酒（...

R 相关性分析1. 相关性矩阵计算：加载mtcars数据> setwd("E:\\Rwork")> data("mtcars")> head(mtcars) mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carbMazda RX4 21.0 6 160 110...

xx <- data.frame(t(data.frame(c(0:20,0:3,0:5),c(0:10,0:5,0:13))))aa <- xx[1,]==0length(which(aa==TRUE))

Corrplot软件包简介介绍所述corrplot包是相关矩阵，置信区间的图形显示。它还包含一些进行矩阵重新排序的算法。另外，corrplot擅长细节，包括选择颜色，文本标签，颜色标签，布局等。可视化方法有七个可视化方法（参数method中）corrplot包，命名"circle"，"square"，"ellipse"，"number"，"shade"，"color"，"pie"。...

转载：https://blog.csdn.net/Candle_light/article/details/84374814场景1我现在有一个数据框datexpr，里面的数字都是以字符型表示的,像这样> datexpr[1,1][1] " 1.143773961"12现在我想把这个数据框中的字符型数字全部转为数值型数字使用下面语句即可datexpr2=as.data...

https://github.com/knausb/vcfR_win-builder/issues/1mclapplyrequire("parallel")

转载：http://www.sohu.com/a/200219694_278730也可以看一下这篇文章。接触这么多组学数据，大家肯定做过各种相关性分析。大到几个转录组样本的整体相关性分析，小到挑选了一些候选基因看它们在不同样本中的表达模式相关性。当我们做完了相关性分析的时候，常常会用下面这种图形来展示：那么问题来了，有没有别的方法，可以让我的相关性分析展现方式更高大上呢？请出今...

Ubuntu安装bioconductor,当biocLite()时显示不能写入，几个包不能更新？这时，可以在终端打开R(sudo R)，然后运行source（“　　”）biocLite()这时会显示是否更新all/some/no选择all即可完成更新现在使用的是：(2017 /7 /25改)sudo Rupdate.packages()if (!require...

Moving Averages inR示例：require(smooth)require(Mcomp)sma(M3$N2457$x, h=18, silent=FALSE)sma(M3$N2568$x, h=18, interval=TRUE)x <- c(1,3,6,10,20,22,16,12,18,24,42,8,16,15)x <- data.frame(...

---title: "mixed effect model"author: "gavin"date: "2019年8月16日"output: html_document---```{r setup, include=FALSE}knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)``````{r}library(lme4)politeness=read....

图１：性别变量设置为１，２且为数值型；图２：性别设置为０，１，也是数值型。两者没有变化！

ref: 在R学习过程中，遇到了ifelse、which、%in%，下面分别举例，说明他们的用法。1、ifelseifelse(test, yes, no)test为真，输出yes值，否则输出no值。举例如下：> x <- c(1,1,1,0,0,1,1)> ifelse(x != 1, 1, 0) #若果x的值不等于1，输出1，否则输出0[1] 0 ...

卸载rstudio，参考Rstudio的终极安装 | 关于ubuntu安装最新Rstudio后闪退的问题卸载Ｒstudiosudo apt-get remove rstudio安装下载rstudio安装包放到Downloadssudo apt-get install gdebi-corecd Downloads/sudo gdebi rstudio-1.1.463-a...

1.在安装R之前在source.list的最前面加上源（例如清华的源）2.在最后面加上 .deb的文件To obtain the latest R 3.5 packages, add an entry likedeb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/ordeb https://cloud.r...

散点图：x轴为分类变量# 创建示例数据集a <- rnorm(1:10,5)b <- rnorm(1:10,6)c <- rnorm(1:10,7)abc <- data.frame(matrix(rnorm(1:30,5),nrow = 30))bj <- data.frame(rep(c("a","b","c"),each=10))bj2 &lt...

https://github.com/davidcarslaw/worldmethttps://blog.csdn.net/kMD8d5R/article/details/81160916worldmet - R包，用于访问NOAA综合地面数据库（ISD）气象观测worldmet提供了一种从NOAA集成表面数据库（ISD）访问数据的简便方法。 ISD包含来自世界各地的35,000多...

## ref: A very basic tutorial for performing linear mixed effects analyses## 分类变量pitch = c(233,204,242,130,112,142)sex = c(rep("female",3),rep("male",3))my.df = data.frame(sex,pitch)my.dfxmdl =...

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552316-Configuring-the-ServerRStudio Server: Configuring the ServerOverviewRStudio is configured by adding entries to two configuration files (no...

参考1#查看是否安装正确 sudo rstudio-server verify-installation ## 启动 sudo rstudio-server start ## 查看状态 sudo rstudio-server status ## 停止 sudo rstudio-server stop ## 重启sudo rstudio-server restart## 查...

Rstudio-server网站下载的显示：Debian 8 / UbuntuTo download and install RStudio Server open a terminal window and execute the following commands (corresponding to the 32 or 64-bit version as appropriate). ...

RStudio install on Ubuntu 16.10 fails due to libgstreamerhttps://stackoverflow.com/questions/40413323/rstudio-install-on-ubuntu-16-10-fails-due-to-libgstreamer/43586708#43586708Rstudio的下载网站：从中可以看出...

1. 卸载sudo apt-get remove rstudio2. 卸载配置文件sudo apt-get remove --purge rstudio3. 更新sudo apt-get updateref1ref2

# 安装Rstudio下载Rstudio后将安装包放到home文件夹中，然后点击直接进行安装。在终端里直接输入rstudio运行。# 安装bioconductorsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()遇到以下问题：>biocLite()BioC_mirror: https://bioco...

https://blog.csdn.net/gpwner/article/details/69048465leadership[c(TRUE, FALSE, FALSE),]

R中的merge函数类似于Excel中的Vlookup，可以实现对两个数据表进行匹配和拼接的功能。merge(x, y, by = intersect(names(x), names(y)), by.x = by, by.y = by, all = FALSE, all.x = all, all.y = all, sort = TRUE, suffixes = c(".x",".y"), ...

https://cloud.tencent.com/developer/ask/73453注意summary(fit)生成包含所需所有信息的对象。β，Se，t和p向量存储在它中。通过选择系数矩阵的第4列(存储在摘要对象中)获得p值：summary(fit)$coefficients[,4] summary(fit)$r.squared试一试str(summary(fit))若要查看...

转：https://blog.csdn.net/blackrosetian/article/details/782220831.回归的多面性回归类型 用途 简单线性 个量化的解释变量来预测一个量化的响应变量（一个因变量、一个自变量） 多项式 一个量化的解释变量预测一个量化的响应变量，模型的关系是 n阶多项式（一个预测变量，但同时包含变量的幂） 多元线性...

转：https://zhuanlan.zhihu.com/p/24884324本文主要阐述如何使用R Markdown写报告。与本文配套的文献 Introduction to interactive documents, 将像你展示如何通过将R Markdown 报告转变成为带有Shiny组件的交互式文档。R MarkdownR Markdown是通过R语言制作动态文档的文件格式。...

$ wget http://ikuya.info/tmp/fcitx-qt5-rstudio.tar.gz$ tar xf fcitx-qt5-rstudio.tar.gz$ cd fcitx-qt5-rstudio$ sudo apt install ./fcitx-frontend-qt5-rstudio_1.0.5-1_amd64.deb ./libfcitx-qt5-1-rstud...

转：https://blog.csdn.net/kelanj/article/details/80945540总结（区别）：1、sort是直接对向量排序，返回原数值；2、order先对数值排序，然后返回排序后各数值的索引；3、rank返回原数据各项排名；4、arrange是plyr包中的，可对数据框按列排序，仍返回数据框；5、reorder用在绘图中，比如ggplot中绘条...

参考1：. 表示当前目录.. 表示当前目录的上一级目录。./表示当前目录下的某个文件或文件夹，视后面跟着的名字而定../表示当前目录上一级目录的文件或文件夹，视后面跟着的名字而定。例如：文件夹 a下面有 文件夹b c 和文件 d。文件夹b下面有e.php 和文件f。则e中的 . 表示 文件夹b./f 表示b下面的文件f。.. 表示a文件夹。../d 表示a文件夹下...

来源绘制横跨整个坐标系的直线：因为y轴是连续的，所以在这里我们使用 geomhline, 当然在x轴是连续的情况下也可以使用 geomvline (加入 xintercept参数) 。为不同分类变量绘制独立的辅助线为了给每个条形图绘制不同的辅助线，我们需要用到geom_errorbar命令。我们的辅助线实际上是一个没有高度的误差带，需要指定一系列y值来使它...

https://www.statmethods.net/management/operators.htmlOperatorsR's binary and logical operators will look very familiar to programmers. Note that binary operators work on vectors and matrices as we...

2018.9.10​configure: error: in `/tmp/Rtmp79GfU8/R.INSTALL56a968302bf8/units':configure: error:--------------------------------------------------------------------------------libudunits2.so n...