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本人从事生物信息分析工作2年,专注于微生物基因组分析领域。
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python和R的方法对比 - 相同功能的命令差异
python和R的命令对比比较执行相同或近似功能下,python和R的命令对比数字操作pythonR功能说明备注输入输出输入输出功能1+231+2[1] 3加法1-2-11-2[1] -1减法2*242*2[1] 4乘法17/82.12517/8[1] 2.125非整除除法(python3中的用法)17//8217%/%8[1] 2整除除法(python3中的用法)21%41(原创 2020-06-03 11:47:14 · 317 阅读 · 0 评论 -
python:14:类(2)-- 多态和继承
第一章:python第14节:类1,类的特性类的三大特性包括,封装、多态和继承 类的多态是指同一个方法在不同类当中会有不同的功能 下面着重讲一下类的继承2,子类和派生创建子类的语法为:一个类名,后跟一个或多个需要从其中派生的父类: >>> class SubClassName(ParentClass1 [, ParentClass2, ....原创 2018-04-06 19:09:29 · 279 阅读 · 0 评论 -
python:14:类(1)-- 类的属性和方法
第一章:python第14节:类1,类与对象,类的简单介绍1)类表示一类实物的集合,类与实物的相互关系表示为,类是对象的定义,而实物存放了类中所定义的对象的信息。 2)面向对象编程的设计思路为: ····1> 确定对象的属性和方法 ····2> 抽象具有共同特征的对象为一类 ····3> 设计类和类之间的关系 ····4> 实例化对象 3)类...原创 2018-04-05 17:27:17 · 885 阅读 · 0 评论 -
python:16:多进程编程
第一章:python第16节:多进程编程多进行变量的两种写法1,函数apply_async具体写法如下: from multiprocessing import Pool #首先要导入模块,进程池的模块导入方式可以这样编写 import time #时间用于检测运行程序的运行状态 import osdef exonerate(name): #这个函数时程序运行内容,主...原创 2018-04-09 10:23:28 · 319 阅读 · 0 评论 -
python:15:正则表达式
第一章:python第15节:正则表达式1,正则表达式正则表达式(RE)为高级文本模式匹配,以及搜索-替代等功能提供了基础。 Python通过标准库的re模块支持正则表达式(RE) >>> import re2,正则表达式中常见的符号和字符《python核心编程(第二版)》书中443页记录了常见的正则表达式符号和字符 表15.1 ...原创 2018-04-08 21:14:00 · 998 阅读 · 0 评论 -
python:9:os模块与sys.argv
第一章:python第八节:执行非python程序的os模块及命令行参数sys.argv1,命令行参数:sys.argv的用法sys模块通过sys.argv属性提供了对命令行参数的访问。 命令行参数是调用某个程序时除程序名以外的其他参数。 在python中,sys.argv代表命令行输入列表的长度,而该列表的第一项sys.argv[0]永远是程序的名称,即该脚本的文件名(例如:原创 2017-10-19 08:08:22 · 779 阅读 · 0 评论 -
python:脚本:1:AdapterRemoval_statistics_sample.py
#!/usr/bin/env python #coding:utf8 #author:zhounanfrom __future__ import division import os, string, sysif len(sys.argv) != 2: ····print u'python AdapterRemoval_statistics_sample.py name,name,原创 2017-11-22 17:31:04 · 665 阅读 · 0 评论 -
python:10:错误与异常
第一章:python第九节:错误与异常,try语句1,try-except语句try-except语句可对一段代码进行异常监控,并提供处理异常的机制。 >>> try: ... ····try_suite #监控这里的异常 ... except Exception [, reason]: #监测异常类型 ... ····except_suite #异常处理代码 实例: >>> try:原创 2017-10-21 09:57:38 · 468 阅读 · 0 评论 -
python:8:文件的输入与输出
第一章:python第八节:文件的输入与输出1,文件的读写形式文件使用模式’r’,’w’及’a’分别表示文件的读取,写入和追加;而’r+’表示以读方式打开。文件的输入(文件内容读取):read():将文件中的所有内容看成一个字符串,并将其读取出来,包括换行符,制表符等,这些字符都算在这一个字符串当中; readline():以行为单位读取文件内容,每次输入readline()读取文件的一行,当所有原创 2017-11-27 20:10:53 · 639 阅读 · 0 评论 -
python:13:python及第三方库的安装
第一章:python第13节:第三方库的安装Python模块的查找和下载;(网址) pypi.python.org Python内置模块的功能查看;(网址) docs.python.orgPython的模块可以按照目录组织成为包 创建一个包的步骤如下: -建立一个包名字的文件夹 -在该文件夹下创建一个__init__.py文件(这个文件内可以没有内容) -根据需要在该......原创 2017-10-28 10:32:11 · 1809 阅读 · 0 评论 -
python:12:模块和包
第一章:python第12节:模块1,模块的概念一个文件被看作是一个独立模块,一个模块也可以被看作是一个文件。模块的文件名就是模块的名字加上扩展名(.py)。2,模块导入及路径导入模块不在搜索路径内,会导致路径搜索失败,模块导入失败; 所以要添加导入模块的搜索路径,在添加的搜索路径下添加模块; 搜索路径保存在sys模块的sys.path变量里,它包含每个独立路径的列表。 >>> import原创 2017-10-25 19:34:07 · 365 阅读 · 0 评论 -
python:11:函数
第一章:python第11节:函数1,函数的简单表现形式:1,用def来创建函数,如def foo():>>> def panduan(): ... ····if raw_input('please input a number:') == 1: ... ········print '1' ... ····else: ... ········print '0' >>> panduan()2原创 2017-10-22 14:21:40 · 430 阅读 · 0 评论 -
python:7:循环与迭代
第一章:python第七节:循环与迭代1,循环for循环迭代选取序列元素的三种方式 1.序列项迭代 >>> list1=[1, 2, 3] >>> for a in list1: ... ····print a 1 2 3 2.序列索引迭代 >>> for x in range(len(list1)): ... ····print list1[x] 1 2 3 3.序列项原创 2017-09-09 20:48:15 · 373 阅读 · 0 评论 -
python:6:集合
第一章:python第六节: 集合1,集合基本概念和用法集合对象是一组无序排列的可哈希的值,即集合当中的每个元素均不重复出现; 可变集合称为:set,不变集合称为:frozenset 即,set()和frozenset() 集合支持in和not in的成员关系,len()函数可查看集合元素个数,for循环可迭代集合成员。1.创建集合 >>> l=['length', 'age', 'leng原创 2017-09-09 12:01:27 · 291 阅读 · 0 评论 -
python:5:字典
第一章:python第五节: 字典及相关函数1,字典基本用法字典是键值的映射关系;在字典中,必须存在键值对,键和值之间必须用冒号分隔 >>> d={} #创建一个空字典 >>> d={'name': 'earth', 'port': 80} #存在两个键值对 可以用内建函数fromkey原创 2017-09-08 20:46:10 · 308 阅读 · 0 评论 -
python:1:数字类型相关函数
第一章:python第一节:数字类型相关函数type():类型对象 cmp():比较两个对象 str():将数字转换成为字符串 eval():将字符串转化成数字 isinstance():比较两种type类型 del():删除一个对象 +(数字类型表示加法,字符串类型表示合并) * (数字类型表示乘法,字符串类型表示重复) int():转换为整型 float():转换为浮点型,地原创 2017-09-05 23:31:42 · 489 阅读 · 0 评论 -
python:2:字符串基本用法及相关函数
第一章:python第二节:符串类型相关函数1,字符串基本用法成员关系,适用于字符串、元组和列表,成员关系分为in、not in 0 <= index <= len(sequence)-1 -len(sequence) <= index <= -1 切片从起始索引到结束索引 包括开始索引,不包括结束索引 (不包括结束索引对应的元素) 字符串格式转化符: %s字符串,原创 2017-09-06 00:00:45 · 577 阅读 · 0 评论 -
python:3:列表基本用法及相关函数(1)
第一章:python第三节: 列表类型相关函数1,列表基本用法及相关函数列表成员关系(in, not in) 连接操作符,将两个列表合并 重复操作符,列表多次重复 列表内建函数,序列类型函数len(list):列表元素个数 max(list):返回列表元素中的最大值 #对于纯数字的列表 min(list):返回列表元素中的最小值 #对于纯数字的列表 sorted(lis原创 2017-09-06 20:38:07 · 517 阅读 · 0 评论 -
python:4:列表基本用法及相关函数(2)
第一章:python第四节:内建函数,列表字符串转换1,列表类型的内建函数list.append(obj) 向列表中添加一个对象,可以向列表中添加数字,变量,字符串,列表或元组 >>> l=[1,1,2,2,3,3,4,4,5,5] >>> l.append(6) >>> l [1,1,2,2,3,3,4,4,5,...原创 2017-09-06 22:53:45 · 343 阅读 · 0 评论