python:脚本:1:AdapterRemoval_statistics_sample.py

本文档详细介绍了使用Python编写的AdapterRemoval_statistics_sample.py脚本,探讨了其在生物信息学中可能的应用,并提到了优化执行速度的Cython和PyPy技术。
摘要由CSDN通过智能技术生成

#!/usr/bin/env python
#coding:utf8
#author:zhounan

from __future__ import division
import os, string, sys

if len(sys.argv) != 2:
····print u'python AdapterRemoval_statistics_sample.py name,name,name'
····print u'每个样本名需要用逗号进行分隔,只有一个样品也要加逗号,*.settings文件名需要与样本名对应'
····print u'在使用AdapterRemoval的时候要加入--basename name这个参数'
····print u'需要做Q20 Q30的summary统计,因为要统计原始的碱基数目'
····sys.exit()
name=sys.argv[1]
sample_list=filter(lambda x: x.strip(), name.split(','))
opt_list=[]
for x in range(len(sample_list)):
····summary=[y.strip() for y in open('%s.summary'%sample_list[x])]
····raw_reads=int(summa

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