分子对接
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小德乐乐
前端开发工程师
全栈工程师
熟悉前后端
熟悉基本的生物信息软件使用以及分子对接技术服务
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AutoDock 分子对接Map文件闪退出错 Run AutoGrid报错 Run AutoGrid生成不了map文件 AutoDock 中Run AutoGrid操作生成map文件为0KB
在AutoDock的对接里,打开AutoDockTools以后,一般分为两大步骤,map文件生成前的预处理和对接盒子配置以及map文件生成后的核心对接配置!!!!这就是典型的Run AutoGrid操作生成map文件失败:AutoDockMap出错。原创 2024-02-29 16:47:08 · 880 阅读 · 0 评论 -
AutoDock分子对接教程 小分子对接 AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件(亲测有效)
AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 runautogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件AutoDock安装闪退Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOsUbuntu系统适用(详细讲解)原创 2024-01-17 00:10:59 · 3963 阅读 · 0 评论 -
AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run autogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退
关于很多的人分不清AutoDock这个对接工具以及Vina对接工具的区别以及他们安装以后的样子等等,导致大家在安装的时候频频犯难!下面就给大家详细的讲解以下他们二者的区别疑惑:他们二者有什么关联呢。原创 2024-01-16 00:32:20 · 3850 阅读 · 3 评论 -
Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOs Ubuntu系统适用(详细讲解)
linux系统Centos7 | Ubuntu系统安装分子对接软件AutoDockTools并实现分子对接原创 2023-09-10 17:00:38 · 1986 阅读 · 3 评论 -
SailVina 使用教程 Autodock Vina分子对接全套整合软件 MGLTools闪退 作用力分析 MOE 薛定谔 Gromacs 全网最全分子对接教程
SailVina只是一个带界面的脚本,批量调用Autodock Vina,openbabel等来便捷的进行分子对接。下载受体;自动准备受体。配体格式转换;根据取代基批量生成配体。验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。将对接的多个配体提取出来。提取对接的分数;批量提取分数,并选择性的提取结果。将配体和受体合并成一个文件。计算两个/多个小分子之间的RMSD值。原创 2023-08-11 00:59:40 · 3775 阅读 · 4 评论 -
Schrodinger Maestro分子对接详细教程 薛定谔软件 薛定谔 Maestro对接
chrodinger是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式;基于受体结构及配体极性的对接模式;基于受体结构及溶液环境性质的对接模式;组合化学库设计及基于组合库的对接模式;基于配体结构的药物设计,药效团和3D-QSAR;生物分子结构模拟,蛋白、糖、核酸、小肽等;基于靶点的药物设计;ADME性质预测;原创 2023-08-08 12:14:38 · 7751 阅读 · 1 评论 -
AutoDock对接流程 AutoDockTools AutoDock对接总流程 AutoDock Vina 分子对接软件
AutoDock是一款广泛用于分子对接的自动化软件,下面将自己个人总结的对接流程做出如下分享,希望能帮助到AutoDock刚安装上的友友,如果安装出现问题或者闪退可以看我这篇文章——以上就是本人解决问题的全过程了,后续会更新其他有关的教程。有问题的友友,可以关注私聊我哦。原创 2023-08-06 01:22:55 · 545 阅读 · 0 评论 -
Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装
Gromacs是研究生物大分子体系的动力学模拟软件,在国内外有着广泛的应用。目前Gromacs只发布了基于Linux/Unix的安装程序包,本教程将介绍在VMware虚拟机上安装Gromacs正式版本2019.6。原创 2023-08-06 00:14:01 · 723 阅读 · 0 评论 -
【Discovery Studio安装问题处理】没有prepare ligand如何解决?网上安装的功能缺失?无prepare protein板块?没有BLAST Search(NCBI Server
是因为缺少了服务端的Server,只含客户端所以功能不全;原创 2023-03-14 22:14:00 · 3345 阅读 · 6 评论