Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装

主题简述

Gromacs是研究生物大分子体系的动力学模拟软件，在国内外有着广泛的应用。目前Gromacs只发布了基于Linux/Unix的安装程序包，本教程将介绍在VMware虚拟机上安装Gromacs正式版本2019.6。

工具/原料

• VMware 虚拟机容器和Linux系统CentOS7对应镜像文件——官网下载

• Cmake和Gromacs程序包——官网下载（Gromacs官网和cmake官网下载安装程序包(http://manual.gromacs.org/documentation/ 以及 https://cmake.org/download/）

• Xshell和Xftp工具——自己学习建议去某宝上买一个永久激活的版本

方法/步骤

首先确保已安装好VMware虚拟机和CentOS操作系统(如下图，无关键要的地方做了打码)。

Gromacs详细安装教程

检查和安装C/C++

• 检查C/C++:

$ gcc -v

• 安装C/C++:

$ sudo yum install gcc  (这里sudo是获取临时root权限，需要管理员密码；另外用"su"命令进行root操作也可以)

• 检查和安装Cmake

检查cmake:

$ cmake -version

如果没有安装cmake或版本过低，需要到网上下载，yum资源库中的cmake版本一般较低:

下载安装包: https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz
(用系统自带的下载工具下载)

• 安装过程:

$ tar zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz  (解压安装包)

$ cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64  (进入目录)

$ ./bootstrap

$ make

$ sudo make install

Gromacs详细安装教程

安装Gromacs

官网下载

下载安称耍装包: http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.6.tar.gz
(用辞泥系统自带的下载工具下载) (如下图)

• 开始安装gromacs

$   tar xfz gromacs-2019.6.tar.gz  (解压安装包)

$   cd gromacs-2019.6   (进入目录)

$   mkdir build    (新建文件夹build)  (如下图)

$   cd build     (进入目录)

$   cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2019.6  (要求安装过程中自动下载FFTW库文件，指定程序安装到目录/usr/local/gromacs-2019.6)

$   make   (编译时间比较长)

$   make check 

$   sudo make install   (安装)

• 设置私有环境变量

安装好后，需要设置环境变量，以便bash调用:

$  cd   (回到个人目录，例如:/home/user/)

$  vi .bash_profile   (用vi 编辑.bash_profile文件) (如下图)

在.bash_profile文档的末行添加(如下图): source /usr/local/gromacs-2019.6/bin/GMXRC 。添加完后按"Shift"+":"并输入"wq!"保存退出。

重新启动bash:

$  logout    (注销并重新登录)

• 安装后查看

查看gromacs是否正确安装(如下图)

$ gmx -version (可以看到刚才安装的Gromacs版本)

查看动力学程序mdrun是否可用:

$ gmx mdrun -h

以上总结是由本人一整套从安装VMware——安装Linux系统——CentOS7系统——Gromacs安装失败后的解决办法。

• 有计算机基础的友友可以自行安装虚拟机以及根据教程自己来研究：
• 有经济基础的或者不行走麻烦路的友友可以根据下面的搜索去找对应的技术人员安装即可

通过搜索“Gromacs 远程安装 Linux系统 布朗动力学模拟 分子动力学模拟分析”或者“虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Win Linux Ubunto”找到一家可以通过安装虚拟机解决问题的小店。

下期会提供一份Linux虚拟机安装的教程。