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RSS订阅原创 OTU分析和作图
韦恩图 Venn venn 图可用于统计多个样品中所共有和独有的OTU 数目，可以比较直观的表现环境样品的OTU 数目组成相似性及重叠情况。通常情况下，分析时选用相似水平为97%的OTU 样品表。参考文献： Fouts DE, Szpakowski S, Purushe J, Torralba M, Waterman RC, et al. (2012) Next GenerationSequencing to Define Prokaryotic and Fungal Diversity
2020-11-26 19:49:14
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原创 Bioinfo Overview | 生物信息学从哪里来？又往哪里去？
什么是生物信息学Bioinformatics is a data science that investigates how information is stored within and processed by living organisms.生物信息学是面向计算的新生命科学领域。它的主要目标是了解活生物体内存储的信息。生物信息学依赖并结合了生物学，计算机科学和数据分析的概念和方法。生物信息学家主要根据他们通过数字解析基因组信息对生物过程产生的新见解来评估和定义其成功。Bioinfo
2020-11-11 20:58:48
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原创 存在哪些生物信息学子领域？
存在哪些生物信息学子领域？DNA测序最初的价值是用来揭示细胞的DNA含量。然而，可能令许多人感到惊讶的是，生物信息学未来的最重大希望可能在于其他应用上。一般而言，大多数生物信息学问题属于以下四类之一：1.分类：确定生物群的物种组成2.装配：确定基因组的核苷酸组成3.重测序：确定基因组中的突变和变异4.定量：使用DNA测序来测量细胞的功能特征DNA sequencing as initially valued for revealing the DNA cont...
2020-11-11 20:45:46
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转载 Nginx + Django 部署网站服务器
作者：一许青衫一链接：https://www.jianshu.com/p/36ef6557c910来源：简书一、概述在本地搭建好了个人博客之后，接着需要将其部署到服务器上面。在此之前，我们需要做一些准备工作。1.1 准备工具部署网站到服务器之前，我们需要拥有一个云主机与域名，这两者都需要购买。目前已经拥有。1.2 相关基础概念在部署网站到服务器上面的过程中，涉及到一些新的东西，要理解其作用。参考文章《web建站过程中流程》。现在基本知道了部署网站所需要的各项东西，这个个人博客.
2020-11-07 22:37:54
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原创 python数据可视化，生成动画 | plotly
利用plotly快速实现数据的动态可视化，生成一定顺序的动画## 安装plotlypip install plotly ## 或者 conda install plotlyimport plotly.express as pxgapminder = px.data.gapminder() # 导入需要使用的数据集gapminder.head() country continent year lifeExp pop gdpPercap is.
2020-11-04 21:17:07
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原创 Python构建系统发生树，以冠状病毒基因组序列为例（COVID-19，SARS，MERS，EBOLA），最大似然估计法（ML）
系统发生树定义系统发生树（phylogenetic tree）是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树分类是否有根？- 有根树：具有方向的树- 无根树：没有方向，其中线段的两个演化方向都有可能基因树和物种树构建方法计算的精度和时间均依次增大非加权分组平均法：UPGAM（Unweighted pair group method with arithmetic mean）矩阵法：邻接法 neighbor-joining (NJ)简约法：最大简约法 maximu
2020-11-04 19:56:47
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原创 安装qiime2可以添加清华源了，从此无须等待
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2/linux-64/
2020-11-04 17:40:42
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原创 使用Biopython比较基因组相似度：新冠(COVID19)与非典(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)
序列比对定义序列比对（alignment）：运用特定的算法找出两个或多个序列之间产生最大相似度得分的空格（空位）插入或序列排列方案。分类多序列比对：两条以上序列的序列比对双序列比对：分为全局比对和局部比对全局比对：用于比较两个长度近似的序列，常用Needleman-Wunsch算法局部比对：用于比较一长一短两条序列用途确定：一个未知序列是否属于某个家族建立：系统发生树，查看物种间或序列序列间的关系模式识别：一些特别保守的序列片段往往对应重要的功能区域，通过多序列比对，可以
2020-11-04 11:20:37
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原创 win10子系统(wsl 2)安装图形界面，显示桌面，win+linux，是时候告别虚拟机了
一、安装VcXsrv下载地址：https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/二、配置防火墙如图：三、启动VcXsrv下一步-》确定。软件启动完成，暂时不会显示窗口。四、安装xfce在linux环境中运行：sudo apt install xfce4-terminalsudo apt install xfce4输入命令ifconfig，查看子系统的ip地址，比如我的是172.23.112.1，记住这个ip修改bas...
2020-10-30 18:58:56
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原创 Brython中文网
http://www.brython.cnBrython（Browser Python）旨在替代Javascript作为Web的脚本语言， 您可以在HTML5环境下编写、导入和执行python3脚本，创建和操作DOM等。
2020-10-30 18:03:17
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空空如也
空空如也
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