OTU分析和作图

韦恩图 Venn

　　venn 图可用于统计多个样品中所共有和独有的OTU 数目，可以比较直观的表现环境样品的OTU 数目组成相似性及重叠情况。通常情况下，分析时选用相似水平为97%的OTU 样品表。

参考文献：

　　Fouts DE, Szpakowski S, Purushe J, Torralba M, Waterman RC, et al. (2012) Next Generation

Sequencing to Define Prokaryotic and Fungal Diversity in the Bovine Rumen. PLoS ONE 7(11): e48289. doi:10.1371/journal.pone.0048289.

例图：

注：不同的颜色代表不同的样本，如果两个不同颜色圆圈重叠的区域标注有数字100，说明这两个样品均有序列被划分入相同的OTU 中，且这样的OTU 有100 个。图中的样品数量一般为2~5 个。

 

工具：R，r-venndiagram

#载入VennDiagram包

library(VennDiagram)

venn.diagram(list(A=1:10,B=3:8,C=6:9), fill=c("red","green","blue"), alpha=c(0.5,0.5,0.5), cex=2, cat.fontface=4, fontfamily=3, filename="VennDiagram.tiff")

稀释性曲线 rarefaction curve

　　稀释性曲线是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计这些个体所代表的物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。它可以用来比较测序数据量不同的样本中物种的丰富度，也可以用来说明样本的测序数据量是否合理。采用对序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表OTU 的数目构建rarefaction curve，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量合理，更多的数据量只会产生少量新的OTU，反之则表明继续测序还可能产生较多新的OTU。因此，通过作稀释性曲线，可得出样品的测序深度情况。

 

参考文献：

　　Katherine R Amato. et al. Habitat degradation impacts black howler monkey (Alouatta pigra) gastrointestinal microbiomes. The ISME Journal (2013) 7, 1344–1353; doi:10.1038/ismej.

 

例图：

注：横坐标：随机抽取的测序数据量；纵坐标：观测到的OTU 数量

软件：R，ggplot2

# 安装和载入相关包和数据文件

#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

#biocLite(c("ggplot2","reshape2")) # 没安装过此类包的请手动运行这两行代码安装包

library("ggplot2") # load related packages

library("reshape2")

design = read.table("design.txt", header=T, row.names= 1, sep="\t")

rare = read.table("alpha_rare.txt", header=T, row.names= 1, sep="\t")

# 提取样品组信息

sampFile = as.data.frame(design$genotype,row.names = row.names(design))

colnames(sampFile)[1] = "group"

# 转换宽表格为ggplot通用长表格格式

rare$x = rownames(rare) # 添加x轴列

rare_melt = melt(rare