MIMIC-III Benchmarks 项目教程

MIMIC-III Benchmarks 项目教程

mimic3-benchmarks Python suite to construct benchmark machine learning datasets from the MIMIC-III 💊 clinical database. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/mimic3-benchmarks

1. 项目目录结构及介绍

MIMIC-III Benchmarks 项目的目录结构如下：

mimic3-benchmarks/
├── mimic3benchmark/
│   ├── scripts/
│   ├── readers.py
│   ├── evaluation/
│   └── ...
├── mimic3models/
│   ├── ...
│   └── ...
├── LICENSE
├── README.md
├── changelog.md
├── requirements.txt
└── statistics.md

目录结构介绍

• mimic3benchmark/: 包含用于创建基准数据集的工具、读取数据集的工具、评估脚本等。

  • scripts/: 包含用于处理 MIMIC-III 数据集的脚本，例如提取患者数据、验证事件、生成数据集等。
  • readers.py: 用于读取基准数据集的工具。
  • evaluation/: 包含用于评估模型性能的脚本。

• mimic3models/: 包含基准模型和一些辅助工具，如离散化器、归一化器和计算指标的函数。

• LICENSE: 项目的开源许可证文件。

• README.md: 项目的介绍文档，包含项目的基本信息、使用方法和引用信息。

• changelog.md: 项目的更新日志。

• requirements.txt: 项目所需的 Python 库列表。

• statistics.md: 项目的统计信息。

2. 项目的启动文件介绍

MIMIC-III Benchmarks 项目没有明确的“启动文件”，因为它的主要功能是通过脚本和工具来处理和分析 MIMIC-III 数据集。以下是一些关键的启动脚本：

• mimic3benchmark/scripts/extract_subjects.py: 用于从 MIMIC-III CSV 文件中提取患者数据。
• mimic3benchmark/scripts/validate_events.py: 用于验证事件数据，修复一些问题并移除无效事件。
• mimic3benchmark/scripts/extract_episodes_from_subjects.py: 用于将患者数据分割成不同的 ICU 停留时间（episodes）。

这些脚本是项目的主要入口点，用户可以通过运行这些脚本来处理和准备数据。

3. 项目的配置文件介绍

MIMIC-III Benchmarks 项目没有明确的“配置文件”，但用户可以通过修改以下文件来配置项目：

• requirements.txt: 列出了项目所需的 Python 库及其版本。用户可以通过修改此文件来安装或更新依赖库。

• mimic3benchmark/scripts/ 目录下的脚本文件：用户可以通过修改这些脚本中的参数来调整数据处理的方式，例如数据路径、输出路径等。

• mimic3models/ 目录下的模型文件：用户可以通过修改这些文件中的参数来调整模型的训练和评估方式。

通过这些配置和脚本，用户可以自定义项目的运行方式，以适应不同的需求和环境。

mimic3-benchmarks Python suite to construct benchmark machine learning datasets from the MIMIC-III 💊 clinical database. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/mimic3-benchmarks