ADAM 开源项目安装与使用教程

最新推荐文章于 2024-09-09 08:34:54 发布

杭律沛Meris

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ADAM 开源项目安装与使用教程

adam ADAM is a genomics analysis platform with specialized file formats built using Apache Avro, Apache Spark, and Apache Parquet. Apache 2 licensed. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ad/adam

1. 项目的目录结构及介绍

ADAM 项目的目录结构如下：

adam/
├── adam-apis/
├── adam-assembly/
├── adam-cli/
├── adam-codegen/
├── adam-core/
├── adam-distribution/
├── adam-python/
├── adam-r/
├── bin/
├── docs/
├── scripts/
├── .gitignore
├── CHANGES.md
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── KEYS
├── LICENSE.txt
├── LICENSE_header.txt
├── README.md
├── SUPPORT.md
└── pom.xml

目录介绍：

adam-apis: 包含 ADAM 的核心 API 代码。
adam-assembly: 用于构建 ADAM 的 JAR 文件。
adam-cli: 包含 ADAM 的命令行接口代码。
adam-codegen: 代码生成器，用于生成 ADAM 的某些部分代码。
adam-core: ADAM 的核心功能实现。
adam-distribution: 用于构建 ADAM 的发布包。
adam-python: ADAM 的 Python 接口。
adam-r: ADAM 的 R 接口。
bin: 包含一些可执行脚本。
docs: 项目文档。
scripts: 包含一些辅助脚本。
.gitignore: Git 忽略文件配置。
CHANGES.md: 项目变更日志。
CODE_OF_CONDUCT.md: 项目行为准则。
CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
KEYS: 项目密钥文件。
LICENSE.txt: 项目许可证文件。
LICENSE_header.txt: 许可证头文件。
README.md: 项目介绍和使用说明。
SUPPORT.md: 支持信息。
pom.xml: Maven 项目配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

ADAM 项目的启动文件主要位于 adam-cli 目录下。主要的启动类是 org.bdgenomics.adam.cli.ADAMMain，它负责解析命令行参数并启动 ADAM 的各项功能。

启动命令示例：

$SPARK_HOME/bin/spark-submit --class org.bdgenomics.adam.cli.ADAMMain adam-cli/target/adam-cli-*.jar [options]

主要启动选项：

--input: 输入文件路径。
--output: 输出文件路径。
--transform: 执行的转换操作。
--saveAsParquet: 将结果保存为 Parquet 格式。

3. 项目的配置文件介绍

ADAM 项目的主要配置文件是 pom.xml，它是一个 Maven 项目配置文件，定义了项目的依赖、构建配置、插件等信息。

`pom.xml` 主要配置项：

dependencies: 定义了项目所需的各种依赖库。
build: 定义了项目的构建配置，包括插件、资源文件等。
properties: 定义了一些全局属性，如编译器版本、依赖版本等。

示例配置片段：

<dependencies>
    <dependency>
        <groupId>org.apache.spark</groupId>
        <artifactId>spark-core_2.12</artifactId>
        <version>3.2.0</version>
    </dependency>
    <!-- 其他依赖 -->
</dependencies>

<build>
    <plugins>
        <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
            <version>3.8.1</version>
            <configuration>
                <source>1.8</source>
                <target>1.8</target>
            </configuration>
        </plugin>
        <!-- 其他插件 -->
    </plugins>
</build>

通过 pom.xml 文件，可以配置项目的构建过程、依赖管理等，确保项目能够正确编译和运行。