使用3D CNN跟踪冠状动脉——PyTorch实现领先技术

使用3D CNN跟踪冠状动脉——PyTorch实现领先技术

在这个PyTorch实现的开源项目中，我们拥有了一个强大的3D卷积神经网络（CNN）追踪器，它能以最新的技术水平在心脏CT血管造影（CCTA）图像中提取冠状动脉中心线。这个方案最初发表于论文"Coronary artery centerline extraction in cardiac CT angiography using a CNN-based orientation classifier"。

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1、项目介绍

项目的核心是一个3D膨胀CNN，该网络能够基于局部图像区域预测当前点最可能的血管方向和半径。利用3D斐波那契球模型作为CNN追踪器，球的半径表示当前位置处血管的半径，而球上的点则代表可能的移动方向。从手动或自动放置的单个种子点出发，追踪器沿着血管中心线双向移动，依赖于CNN的预测结果。追踪会在无法确定高置信度方向时停止。

通过训练三个神经网络，项目可以自动构建完整的血管树：

1. 中心线网络：预测当前位置可移动的两个方向（d0, d1）和血管半径。
2. 入口点网络：寻找冠状动脉的两个入口点。
3. 种子点网络：负责在图像中定位种子点。

2、项目技术分析

中心线网架构

网络结构由一系列卷积层组成，其中部分层采用膨胀操作以扩大感受野。输出通道数等于潜在方向的数量加上一个用于半径估计的通道。

层配置

| 层号 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | | 卷积核宽度 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 1 | 1 | | 膨胀率 | 1 | 1 | 2 | 4 | 1 | 1 | 1 | | 通道数 | 32 | 32 | 32 | 32 | 64 | 64 | D+1 | | 感受野宽度 | 3 | 5 | 9 | 17 | 19 | 19 | 19 |

种子点网和入口点网与中心线网类似，只是最后一层仅执行回归，不进行分类和回归相结合的操作。

3、项目及技术应用场景

这项技术适用于医学影像处理领域，特别是心血管疾病的诊断和治疗。通过自动化提取冠状动脉中心线，医生可以更快速地分析患者的CT扫描，识别出可能存在的阻塞或其他异常情况，从而提高诊断效率并为患者提供更精准的治疗方案。

4、项目特点

1. 先进的性能：该3D CNN跟踪器在提取冠状动脉中心线方面的表现达到业界领先水平。
2. 自动化处理：整个流程涉及多个神经网络协同工作，实现从种子点到完整血管树的自动化构建。
3. 灵活可扩展：项目的代码结构清晰，易于理解和修改，可用于其他相似的血管追踪任务。
4. 方便的安装和训练：只需运行简单的命令即可安装所需依赖和训练模型。

要开始使用这个项目，首先确保获取并处理好CAT08数据集，然后按照项目文档的指示安装依赖、准备数据，并启动训练。

如果你对心血管疾病诊断或深度学习应用于医学影像有兴趣，这个项目绝对值得尝试。让我们一起探索如何利用先进技术改善医疗诊断过程吧！