MNE-BIDS-Pipeline 使用教程

MNE-BIDS-Pipeline 使用教程

mne-bids-pipelineAutomatically process entire electrophysiological datasets using MNE-Python.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mn/mne-bids-pipeline

项目介绍

MNE-BIDS-Pipeline 是一个用于处理 MEG 和 EEG 数据的全功能处理管道。它基于 Brain Imaging Data Structure (BIDS) 标准存储的数据进行操作，并使用 MNE-Python 作为底层处理工具。该管道能够自动化地从原始数据处理到逆解，支持通过简单的文本文件进行配置，并生成详尽的处理和分析报告。

项目快速启动

安装

首先，确保你已经安装了必要的依赖项，包括 MNE-Python 和 MNE-BIDS。然后，通过以下命令克隆并安装 MNE-BIDS-Pipeline：

git clone https://github.com/mne-tools/mne-bids-pipeline.git
cd mne-bids-pipeline
pip install -r requirements.txt

配置和运行

创建一个配置文件 config.py，并根据你的数据和需求进行配置。以下是一个简单的配置示例：

# config.py
bids_root = 'path/to/your/bids/dataset'
deriv_root = 'path/to/output/derivatives'
subjects = ['sub-01', 'sub-02']
task = 'yourtask'

运行管道：

python run.py config.py

应用案例和最佳实践

案例一：多参与者数据处理

假设你有一个包含多个参与者的 BIDS 格式数据集，你可以通过配置文件指定所有参与者的 ID，并一次性处理所有数据：

# config.py
bids_root = 'path/to/your/bids/dataset'
deriv_root = 'path/to/output/derivatives'
subjects = ['sub-01', 'sub-02', 'sub-03']
task = 'experiment1'

最佳实践

1. 数据验证：在运行管道之前，使用 mne-bids 工具验证你的 BIDS 数据集，确保数据格式正确。
2. 配置优化：根据你的具体实验需求，调整配置文件中的参数，例如滤波器设置、ICA 参数等。
3. 并行处理：利用集群或高性能服务器进行并行处理，加快处理速度。

典型生态项目

MNE-Python

MNE-Python 是一个用于处理和分析 MEG、EEG 和 fNIRS 数据的 Python 库。它是 MNE-BIDS-Pipeline 的核心依赖项，提供了丰富的数据处理和分析功能。

MNE-BIDS

MNE-BIDS 是一个用于将 MEG、EEG 和 iEEG 数据转换为 BIDS 格式的工具。它帮助用户将原始数据组织成标准化的 BIDS 结构，便于后续处理和共享。

BIDS-Validator

BIDS-Validator 是一个用于验证 BIDS 数据集的工具。它可以帮助用户确保数据集符合 BIDS 标准，避免在处理过程中出现格式错误。

通过这些生态项目的配合使用，可以构建一个完整的数据处理和分析流程，从数据采集到最终的统计分析。

mne-bids-pipelineAutomatically process entire electrophysiological datasets using MNE-Python.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mn/mne-bids-pipeline